湖东战役爆发时，第二次阿拉木图战役也在如火如荼地进行中。第一次阿拉木图战役是南京军以突袭手段攻占被苏军掌握的阿拉木图，眼下的第二次阿拉木图战役则是苏军全面反扑，此战与湖东战役共同构成了中苏军队在中亚战场上的两场战略性会战。由于阿拉木图在开战初期被南京军突袭占领，使得中亚运输线被拦腰斩断，中亚北部（哈萨克）以及中亚南部（乌兹别克、土库曼、吉尔吉斯、塔吉克）被割裂开，因此中亚地区苏军被分为了北南两路，湖东战役是北路苏军与南京军的交战，第二次阿拉木图战役则是南路苏军与南京军的交战。参战苏军是中亚南部四国境内的驻军，包括3个军以及大批附属部队，总兵力20万，参战南京军是第31军第123师，总兵力3.3万。苏军总指挥即中亚军区司令员托洛费门科中将，因为苏军中亚军区司令部驻地位于中亚南部四国之一的乌兹别克的首都、中亚第一大城市塔什干（阿拉木图是哈萨克第一大城市、中亚第二大城市）。托洛费门科就在中亚南部，他不得不亲自披挂上阵。
南京军总指挥是第31军军长陈明仁，副总指挥是第123师师长王甲本。此战在爆发前，王甲本请求陈明仁以及副军长陈安宝、军参谋长陈济桓乘坐飞机离开阿拉木图，前往迪化（乌鲁木齐），因为迪化是大后方，并且在国内，是南京军对中亚展开军事行动的前线总指挥部，自然要比阿拉木图安全。对此，陈明仁笑了笑，问王甲本：“怎么？你没把握守住阿拉木图？”
王甲本正色凛然地道：“当然能守住！”
陈明仁笑道：“既然阿拉木图并不会丢，我在这里跟在迪化又有什么区别？”
王甲本心头一动，他明白陈明仁的意思，顿时眼含热泪：“军座放心！我们守得住！”
陈明仁点点头：“当然能守住，好了，你去忙吧！”他镇定自若、从容不迫。
随后，陈明仁对第123师全体官兵发表了广播讲话，他十分动情地说道：“我陈明仁也算打了不少仗，在南京打过，在承德也打过，第17师是我的老部队，当初在南京是预备第2师，本是预备部队，但现在是南京军里五个拥有荣誉称号的主力师之一，靠的是什么呢？就是光辉的战绩！光辉的战绩怎么来呢？是用成千上万敌军尸骨堆成的！第17师打得最好一仗就是承德保卫战，拼死守住了承德，没有让承德第二次沦陷。眼下，你们第123师也要面临相同的处境了，第17师做得到的事，你们为什么做不到呢？我当初对第17师充满信心，现在对你们也充满信心，所以我留在这里，你们守得住，我自然性命无忧，你们要是守不住，我就跟你们一起在这里为国成仁。另外，我已经请示过委员长并且得到委员长的批准，如果第123师能在接下来的战斗中坚守住阿拉木图，将授予你们‘天山’的荣誉称号，请努力吧！”
顿时，第123师全体官兵无不士气大振、斗志如虹。
守城战，对于南京军而言是最熟悉也是最擅长的作战模式，因此官兵们迅速在城内外构建起了严密而高效的防御工事，不计其数的环形工事、掩蔽部、火力支撑点、连环地堡群、战壕、堑壕、交通壕、地道...遍地开花。开战前，一个很重要的问题摆在南京军将领的面前：城内居民怎么安置？
阿拉木图是哈萨克第一大城市、中亚第二大城市，城区和附近郊区人口高达五十多万，毋庸置疑，这五十多万当地居民是一个烫手山芋，首先，他们都不是中国人，但其次，他们也不完全是异国人，根据统计，阿拉木图的50多万居民一半是哈萨克族，一半是俄罗斯族，其他民族很少。将其当成本国同胞进行爱护，明显不妥，将其当成敌国居民进行使用，同样不妥。五十多万人，是一股巨大的人力资源，但是，养活五十多万人需要大量的粮食。因此，将领们看法不一。经过反复研究，陈明仁采取了以下对策：
第一，对于俄罗斯族人，留下青壮年男子，将其强征为苦力劳工，老弱妇孺驱逐出城，并且是驱逐向南方的，驱赶到苏军那边，从而节约南京军的物资消耗，加强苏军的物资消耗；
第二，对于哈萨克族等非俄罗斯族的当地居民，南京军宣布，心向苏联的可自行离开，只允许向南离开，前去苏军那边；心向中国、愿意与中国军队联手赶走俄罗斯人并建立新的哈萨克国的，或离开，向北迁移，前去阿拉木图北部的“解放区”，或留下，协助中国军队抗拒苏军，一起战斗，保卫家乡，对于这种居民，南京军会给予丰厚奖励以感谢其忠诚勇敢。
南京军需要当地人力，但也需要赶走或迁走大量人口，从而节约粮食等物资。
南京军在异国他乡作战肯定要拉拢当地人民心，空口无凭的大道理即便说得天花乱坠，也不如切切实实的实惠好处更有效。中国又不是富得流油的国家，自然没办法拿出大笔钞票，因此南京军拉拢哈萨克人的办法很简单，就是在国内的那一套，土地改革。占领阿拉木图后，南京军就与“哈萨克新政府”展开了这项计划，全面地废除苏联的集体制，规定个人可拥有土地等私人财产，把在苏联政府嘴里“属于国家”的土地分给哈萨克居民们，并且是永久性，让个人获得属于自己的土地。说白了，南京军彻底地颠覆了苏联当局原先在哈萨克施行的“布尔什维克主义”，全面地换成了