朱皇帝知道，在当下的环境里头要撼动儒家十分困难，于是他准备先反其道而行之，准备再次名义上拔高一下所谓的性理之学，把门槛弄到一般的儒生都无法触及门径的地步，等到自己的实力够强，就恢复宋制取消举人功名同时打压秀才，抽削弱儒家的基层，在普通人中推广自然科学，等到生产力水平上来了，近现代自然科学的受教育人口数量上来了，到时候要干掉士绅地主这个反动落后的阶级就不会再有大的阻碍。
徐光启闻言不由心神大震，朱皇帝的话，似乎为他开启了一道通往新世界的大门，只是作为一个儒生，他不知道把“物理”和“性命”割裂开之后会带来什么，面对未知他感觉十分惶恐，一时间愣在原地，不知该说些什么。
“徐先生，朕知你在想什么。先生可是忘了少正卯么？”
朱皇帝要让自然科学的归自然科学，也可以说是对这批人的保护，更重要的目的是进一步地降低儒生们对科学的警惕心理。
孔子诛少正卯这事徐光启自然是知道的，稍微想了想他就明白了皇帝的意思，孔圣人那是在消灭异端，他想不明白的是朱皇帝这是要阻止西学对儒学的影响渗透以维护理学的正统地位，还是单纯地要保护他们这批西学爱好者。
徐光启只是个比较纯粹的学者型官僚，揣摩上意方面显然不是他的强项，稍微想了想就放弃了，“皇上所言极是。”
接下来，朱皇帝就开始交代徐光启第一步该怎么做事。
要推动广义的物理学也即是自然科学的进步，首要要解决的问题，自然是思想层面的。朱皇帝很清楚，单纯的科学理论有不适用的时候，比如经典力学理论模型中的一些定量在广义相对论和量子力学的研究领域里就是变量，而科学真正永恒的东西只有其思想和方法。他也不准备一开始就拿出正确的理论，他也明白一个重要的事实，存在一个一贯正确的权威，对需要怀疑精神的科学发展来说绝对不是好事。
对如何打牢科学大厦的地基这个问题，朱皇帝的规划很明确。先拿出现有的西方科学著作，引导这些对科学感兴趣的儒生们用实验去推翻其中的谬误，配合逻辑学的推广，帮助他们掌握科学的方fǎ_lùn。
古代中国有着比较发达的技术，却没有产生科学思想，原因是多方面的，作为科学思想基础之一的逻辑学研究方面的缺失，显然是重要原因之一。来到这个世界之后，他也有自己写一本逻辑学著作的打算，只是以他的学识水平，要完整地将逻辑学的发展在大明补完，这个难度有点大，一直都没动笔。
朱皇帝从前就对逻辑学发展史有一些了解，还记得这个时代他可以搞到手重要书籍，亚里士多德的《工具论》，那些西方传教士带来了7000多本书，没道理会缺了这本。这本《工具论》主要论述了演绎法，该书为形式逻辑奠定了基础，在逻辑学发展史上有着非常重要地位。
他登基后费了番功夫，也没能向传教士传达出想要获得亚里士多德的《工具论》中文译本的意图，毕竟他不懂拉丁语和西班牙葡萄牙语，此时中西双方的接触都不够深入，翻译方面存在的问题太大。
现在朱皇帝手里已经有另一时空现代的《工具论》中文译本，稍加修改之后就可以开始印刷。后续的，朱皇帝也会把另一时空后世诸多学者的大作稍作删改后，搬运到这个时空来，彻底帮助大明补完逻辑学这个重要的思维工具学科。