其次，朝鲜对日贸易权由临屯都司、真番备边司接管，朝鲜贸易所得由两司协商分配，日方不得私下与鲜人进行贸易；
再次，开放朝鲜北部的海州、义州、南浦、清津为贸易口岸，又明军驻守保护，明朝、日本之商船，明朝之战船可自由进出；
最后，增设南原、全州、清州、平泽、原州五处内陆通商口岸，方便南部日方军民就近与明军开展贸易。
通过上述四条补约，明朝俨然成为了朝鲜王廷的代理人，进一步巩固了在朝统治，日本也借此机会拓展了贸易通道，实现了与明朝的全面和解，对缓和国内矛盾具有重要意义。
然而对于当事人朝鲜来说，这次补约使得朝廷威信大幅下降，海外贸易完全被明朝褫夺，国家主权进一步沦丧，是明朝吞并朝鲜计划的又一个里程碑，故而这次《仁川补约》和《曾坪和约》一道，在很长一段时间内被朝鲜君臣称为“第一次亡国条约”和“第二次亡国条约”。
由于和约签订成功，秀保决定将大部分军队撤回日本，仅在仁川、釜山、泗川等规定城池保留约两万军势，同时，由于耕作的需要，秀保开始从九州、四国、中国地区调集农民入朝，当然，这一措施首先是得到了明朝的默许，在两年后的《汉城补约》中规定：“汉倭鲜三族可在半岛南部四道自由耕作，但耕作及粮草征收之权交予倭人首领全权负责，且耕作人口须按照五成、三成、两成分配，待《曾坪和约》期满后，大明可收回管理权，但倭人可自由选择去留。”
从七月十三日到八月初一，秀保从釜山开始，依次视察日军驻守的各个要塞，并通知各部军势做好归国准备。船队途径珍岛北面的露梁时，遭遇李舜臣率领的朝鲜水军残部袭击，在损失八艘战船的情况下将李舜臣部尽数歼灭，史称“露梁海战”，这场海战为日军在朝鲜半岛的战斗划上了句号，八月初三，秀保由泗川启程，在高虎等一干重臣以及秀元等人的陪同下返回了日本。