朱由检现在已经不再相信樊一蘅与王应熊这两个文官的军事才能。
因而，他也只能把这两个文官调离云贵，省得他们以自己一个是总督一个是大学士的高官之位干预战事。
而且锦衣卫的奏报里也不止一次提到过樊一蘅与王应熊的瞎指挥导致曾英与杨展失去多次歼敌机会的事。
但调离樊一蘅与王应熊之后，朱由检还是得选一个能统筹诸方兵马的统帅才行。
朱由检本来属意秦良玉，毕竟秦良玉在西南威望极高，文武官员乃至西南各处土司都对其极为尊敬。
由秦良玉挂帅统领云南、贵州、广西、湖广、广东等战事自然是最好。
但现在秦良玉已经年迈，朱由检也不想让她再奔波劳累，便只得退而求其次选择马士英这个兵部尚书兼武英殿大学士为督师，统领云南、贵州、四川、广西、湖广、广东六省军政。
马士英统筹各方力量与协调关系甚至是后方安排都行，但在战术指挥上也还是有些不及，朱由检便决定让李岩以兵部左侍郎兼领云贵总督的身份协助马士英针对张献忠攻略云贵的战事。
李岩在军事战略指挥上无论是实战经验还是个人天赋皆长于马士英，而且李岩在农民军中待的时间较长，此次参与云贵战事的大明主要军队便是农民军出身的灭虏军、近卫军高杰部等，而敌军张献忠部也是农民军出身。
所以，李岩这种应该算是比较了解农民军的官员协助马士英在战术指挥上可以做到知己知彼，在统筹内部力量上可以让高杰部与灭虏军和官军更好的相处。
除此之外，李岩与马士英如今也算是在兵部共事两年的同僚，彼此的性格脾气也磨合得差不多。
不过名义上还是马士英做最高统帅。
樊一蘅和王应熊作为四川地方武装，在四川失陷之前或可有用，如今四川已全部沦落入张献忠之手，朱由检也就用不着他们在四川地方基础的控制力去发动群众抵抗张献忠。
而让樊一蘅去两广筹集粮草，朱由检也有自己的考虑。
在他看来，樊一蘅肯定是很希望官军收复四川的，所以在筹集粮草方面他不可能不尽心。
而王应熊作为崇祯十五年间被罢黜的内阁大学士，如今既然又被重新起用，朱由检自然也不能轻易将他罢黜，只得调回京城做个顾问，也好让他这个皇帝能通过王应熊更清晰地了解云南、贵州、四川这些地方的真正情况。
只不过朱由检有意裁汰冗政，慎用官位，因而便不能让王应熊担任内阁大学士，以后在大明，任内阁大学士者必掌行政实权，而不得过问军事。
兴平高杰部从崇祯十七年开始，除参与了一次剿灭刘良佐的战斗外便一直被朱由检放在苏淞杭一带震慑江南士族未用，如今却要远调贵州，朱由检不知道这把深藏温柔富贵乡近三年的钢刀是否已经生锈。
但无论如何，也只能指望这点人马了，在近卫军主力不能调动的情况下。
朱由检给马士英和李岩的要求是不必在乎损失城池与地盘，但一定要尽可能地拖