皮岛在毛文龙死后历次发动兵变。
崇祯三年（1630年）四月，皮岛将领刘兴治等为战死于蓟镇的兄长刘兴祚治丧，东江镇诸将都前往吊唁，而刘兴治因为仇恨朝廷对其战死的亡兄待遇过差，在追悼会上借机杀害了陈继盛，皮岛遂处在刘兴治的控制之下，后来在皮岛将领沈世魁等人的干涉下，刘兴治被杀，兵乱结束。
崇祯四年（1631年）八月，关宁军祖大寿部被后金受困于大凌河城。明登莱巡抚孙元化急令收入其麾下驻扎登莱的东江将领孔有德、李九成等人赶赴前线增援，然登州辽东兵与山东兵素不和，孔有德抵达吴桥时，因遇大雨春雪，部队给养不足，又部队行抵吴桥时，同当地人发生矛盾，孔有德等骄兵悍将经过商议，勾结另外一名叫李九成的东江将领（此人贪污了孙元化给的市马钱），共同哗变，而在东江的毛文龙侄子副总兵毛承禄也立即叛变响应叛军。叛军在山东境内连陷临邑、陵县、商河、青城诸城，率兵直趋登州。
崇祯五年（1632年）一月登州告失陷，孙元化受到朝廷攻击而被处死，明廷从关外调来祖大弼、张韬等人统帅的关宁大军平叛，在袁崇焕训练出来的关宁铁骑的严厉打击下，叛军节节败退。崇祯六年（1633年）四月，孔有德、耿仲明从镇江堡（临鸭绿江出海口）降后金，皇太极出郊十里迎接，予以厚待，此次降清的孔有德、耿仲明都被封为元帅，后晋升为异姓王，成为清朝开国的“三王一公”中的两王。
尚可喜叛变。
尚可喜是东江镇的重要将领，其父、兄都曾在战场上为明朝英勇奋战而战死，尚可喜本人成为广鹿岛游击，驻守广鹿岛。1631年（明崇祯四年）十月，皮岛发生兵变，东江总兵黄龙被耿仲裕、王应元等拘禁，沈世魁摄其事。尚可喜闻讯后赶回皮岛镇压兵变，杀耿仲裕、王应元等带头者，扶黄龙复出。被提拔为游击。后黄龙战死，沈世魁接任东江总兵，沈氏对他怀恨在心，伺机报复。
公元1633年（明崇祯六年）十月，他欲骗尚可喜至皮岛，意图诬以罪名而谋害。此事为尚可喜部下侦知，1634年（明崇祯七年，后金天聪九年）正月初一，尚可喜借元旦之会，掠广鹿、大小长山、石城、海洋五岛军民万余人，于二月航海归金。四月十日，尚可喜来到盛京，皇太极出城30里相迎，与上年孔、耿归降时同样待遇。
沈志祥叛变。明崇祯九年，皇太极称帝改国号为清，正式建立了大清帝国，随后出兵入侵不承认其称帝的朝鲜，迫使朝鲜屈服。随后，清军兵锋直指皮岛总兵沈世魁驻守的皮岛，经过战斗，东江最终沦陷，沈世魁战死。
此时，腐朽的明朝政府正好处在兵部尚书交替之际，新上任的兵部尚书杨嗣昌迟迟到崇祯十年四月才到任，对东江、朝鲜发生的事情几乎一无所知，而明朝虽然曾令登莱镇将领陈洪范出海援助朝鲜，然而陈洪范由于各种原因迟迟不动，直到次年四月才逼近朝鲜，此时朝鲜、东江已经沦陷，陈洪范退守长山岛。而沈世魁的侄子沈志祥率领一部分东江士兵逃出后金的包围，乘船逃到了长山岛。
此时，沈志祥不仅不想为叔报仇，反而同陈洪范发生矛盾，沈志祥妄图继承他叔叔总兵的地位，未经朝廷命令强行占有了总兵印信，并杀害了副总兵白登庸等人发动兵变，腐朽的明朝军队无力镇压，沈志祥率领全军投降了清朝，随沈志祥来归顺者有九名副将、八名参军、十八名游击、三十一名都司、三十名守备、四十名千总、二名诸生、二千五百军民。皇太极授沈志祥为总兵官，崇德四年正月，封沈志祥为续顺公，是为清初“三王一公”的公。
反正毛文龙是什么心思，他的部下是很了解的，也难怪毛文龙提出要打凤凰城，几个手下将领会这么惊异。
毛文龙没有对王辅置气，知道王辅是粗人，而且粗人有粗人的好处，作战勇猛，打仗还得靠他。
“既然王辅将军这么想，那你明日便领5000甲士袭取凤凰城吧！”毛文龙当即下令道。
“是，大帅！”王辅闻言大喜，本来以为毛文龙只是随口说说，没有想到真的下决心了。
“大帅，建奴虽然守军不多，但是此时正与韦宝军杀的不可开交，咱们是不是再等一等？”耿仲明道。
“再等等的话，整个辽南都要成为韦宝的了！建奴连战连败，这是以前从来没有过的！我不管这是为什么！咱们东江的人不比韦宝少，没有道理将便宜都送给韦宝！”毛文龙道。
一个算盘打的很香的人，做将军，真不如经商。
毛文龙就是这样的人，在利益面前，他两只眼睛已经看不见危险了。
众人见毛文龙主意已定，也都憧憬着地盘扩大，能分半边辽南，甚至能重新在辽南拓展势力，将韦宝赶出辽南！
比较势力地盘扩大，能获得大量人口，最先获利就是这些将领们。
次日，王辅带着几员偏将，以及5000甲士，浩浩荡荡的出征凤凰城。
战斗很顺利，毛文龙的五千大军，战斗力明显要高于韦宝军的万人大队，甚至两万人大队，凤凰城一打就拿下了，而且毛文龙的大军也没有死多少人，他们的策略也很正确，上去就是赶人，并没有围死了往死里逼建奴，只损失不到500人而已。
这个胜利好划算啊，这虽然不是毛文龙第一次直接攻