这封奏折如何写却让他很花了一番功夫。
孔有德之叛，他是绝对第一责任人，在失去登州之后这是没法洗刷的，所以奏折势必要涉及到请罪的内容。
天主保佑！他被教友澳洲人救了出来，抹去了最危险的“陷敌”、“附敌”的罪名，那么余下的左不过是“用人不明”、“失察”、“纵容”之类的问题。不管这么说都不算非常严重的罪名――不是原则性的。
不过，事情远没有这么简单。自己失陷登州这一军事重镇，这一罪名也是相当严厉的。丧师失地被朝廷追究最终乃至掉了脑袋的文武官员也是有得。自己要如何才能避免落到这个下场，是需要好好考虑一番的。
幸好，孔有德哗变不是在他的防区，甚至连山东都不是――他们已经进了直隶的地盘，其次，孔有德兵变的时已经被调拨蓟辽，不属于他的节制。
虽然这多少有强辩的嫌疑，但是起码有了开脱的余地。这方面可以做做文章。
还有一件事他必须尽快和人沟通立场，那就是王家。
在屺母岛上，吕洋和鹿文渊已经将孔有德兵变的全过程一一向他说明，这使孙元化第一次对整个事件的过程有了全面可靠的了解――原本他只有一些零散又互相矛盾的消息。有了可靠的情报也就有了斟酌朝中关系采取不同态度的可能性。
孙元化心想，事情的导火索，虽说是偷鸡，但是说到底，和吴桥县“闭门罢市”有直接的关系。
而闭门罢市的原因他十分清楚：除了士兵纪律太差，屡次骚扰地方之外，吴桥县令毕自寅的主导肯定是主要原因。这位毕县令和自己“素不快”――原因和辽事有关。
毕自寅对辽人有很深的仇恨，其兄毕自肃在担任辽东巡抚的时候，在崇祯元年的宁远兵变中曾经被索饷的辽兵捆绑拷打，以至于事后毕自肃引咎自杀。
他在登莱重用辽人，多次为辽人说话，俨然是辽人利益的代言人，毕家兄弟对自己不满已经是很长时间的事情了。
眼下出了这样的大事，要认真追究起来毕自寅“激乱”、“启釁”的罪名是跑不掉的。
同样的，还有新城王家。孙元化当然知道为什么孔有德要对偷了一只鸡的士兵处以极刑：首先王家科举极盛，在当时是出了名的。
王家在光、之、象连续三辈子弟中，共出进士十四名。其中象字辈就有十个。王象春官至南京吏部考功郎中，从兄象乾曾两任兵部尚书，崇禎元年以少師兼太子太师兵部尚书兼右都御史的身份督师宣大。崇祯二年才告老回籍。象春同父的兄弟當中，亦有多人出任文武官員。
其次，也是最要紧的是，孙元化在万历四十年乡试中举的时候，座师正是王象春。徐光启与王象晋是同年，同教前辈楊廷筠與王象节同年。
从这个角度来说，王象春虽然是东林党，和孙元化徐光启不是同一派，但是双方的关系是相当密切的。尤其是“座师”、“同年”这样的关系。
孔有德知道王家和自己的特殊关系，才会如此下重手处置部下以使得王家满意――这点上，孙元化对孔有德还是比较满意的，认为他“识大体”。孔有德兵变伊始，就不断派人来投书，说明自己的“苦衷”。
王家在这件事上也有很深的牵扯，孙元化心想，王家是同样可以被安上一个“激变”的罪名。眼下朝中的东林党势力开始不稳，肯定会有很多人拿这个作为炮弹。
而且王家和毕家又有类世的姻亲关系。于情于理，王家都要撇清“激变”的罪名。
王家有可能会拿他当替罪羊，把罪名推到他的头上。但是仔细想来可能性并不大。首先王家这样做，只会把徐光启一派的官僚推向对立面――这对东林党自身没有好处。其次，是否“激变”，他作为登莱巡抚显然最有发言权。如果他死咬王家有重大责任，王家也没法把自己洗刷干净。
只要晓以利害，到时候王家纵然不帮忙，亦不会落井下石。
当然此事还得请朝中的大佬尽量开脱才行――少不了得大量的打点花费。
钱，他当然有得。孙元化不是一个中国传统意义上的“清官”，他有任事之能，但是本身并不清廉。他以幕僚受举荐入仕途，不到十年就当上了登莱巡抚这样的要职，除了自身的才干，首先是徐光启这位老师兼姻亲在朝中的庇护，其次是在周延儒身上的花费打点。
跑官、买官这样的事情，孙元化并没有少干。何况，在当时朝廷已经形成的政由贿成的环境下，任何人的政治主张和见解想要得到朝廷的认可和推行，都需要大量的花费。这笔钱当然不是出自他自己的私囊――他也出不起。
尽管登莱巡抚的职位使他宦囊丰厚，但是登州陷落之后大部分钱财也失陷到了城里。现在他的奏折一递进去，就要花费一大笔的活动经费。幸好在这之前他请山西屋子汇了一笔银子到京师。加上在京师和家中的存银，大约也够了。纵然不够，余下得也只能由在京师的师友们代为筹措了。
奏折写好，却不是正式的拜发。而是以私信的方式派遣专人快马加鞭专差送到京师徐光启府上，请他代为斟酌修订之后再发出――他现在对朝中情况一了什么不应的话，反而给自己惹麻烦。
孙元化正在紧张的活动的时候。山东前指同时发出的电报。许可接到电报之后立刻向京师、杭州和南京的情报机构发出指令。在