各路人马分头出发之后，周少桓也开始着手对占领地区的统治秩序，尽管现在是军管时期，但也同样要建立起一套有效的管理系统。而中华军在这方面，也有十分充足的经验，因为在这几年来，帝国的疆土也在不断的扩大着，一直都按照攻占－军管－政管的顺序进行。
而且这一次中华军绝不会再对盛京进行破坏，而是把这里做为对辽东地区进行统治管理的重要核心地区，还有未来的沈阳军区的地点。因此也首先要在这里建立起帝国的统治秩序。
不过这一次和以前收复长江六省，甚致收复河南、福建、广东、广西等地区都有些不同。因为河南、福建、广东、广西等地，一直以来都是中原汉族王朝的固有土地，在风俗、文化、民族认同感等方面，都沒有什么问题，对于老百姓来说，无论是明朝还是中国统制都沒关糸，只要自己的日子能过下来，换谁当皇帝都行，管他姓朱还是姓商。加上中华军的军纪严明、秋毫无犯，而帝国对新占区又有减税减赋的惠民政策，因此也就能很快稳定住局面，安抚人心。
那怕是河南省当时己经是清廷的地盘了，但清廷在河南省的统治时间并不长，基础不深，而且在施政方面也有不少失误, 民心不付，中华军还可以在这一地区大打民族牌, 加上其他施政得当，因此也能够很快稳住局面。
但辽东地区却有本质的不同，尽管现在辽东地区也是明朝的土地，本地的居民仍然是以汉族为主体，但辽东的汉族仅仅只是指在血统或是籍惯方面。因为清廷己经在这里统制了三十余年，而在吉林、长春一带，统治的时间更长。清廷推行的是尊满抑汉政策，但并不是尊满排汉，相反，设立汉军八旗，对于满汉民族的融合，还确实有一定的促进作用。而且入了汉八旗的汉族人在实际的思想意识上，己经把自己视为满族的一部份，当然满族也在一步一步的被汉族同化。
因此这里的汉族百姓基本也认同了清廷的统治，虽然生活并非很好，但也算过得过，也就并不希望这种局面发生变化。在这种情况下，在辽东地区的汉族百姓虽然不会誓死维护清廷的统制，但也绝不会因为同是汉族的原因，立马倒向中华军这一方来，在这里打民族牌，不能说是完全没有作用，但作用也极为有限，因此不能把希望寄于民族意识上。
当然对于中华军来说，这也是一个全新的课题，就是如何有效的统治真正属于敌军的地区，彻底并入自己的版图来。不过对这方面，中华军也并不是全无经验，在台湾、在吕宋地区，有可以借鉴。总体来说就是不能一味怀柔示好，或以民族大义为重，必须刚柔并济、恩威兼施，才能稳定帝国的统治。当然如果这次在辽东处理得好，那么对于中华军以后收复蒙古、新疆、西藏、青海等地，包括占领海外的殖民地，也都可以提供十分宝贵的经验。
中华军进入盛京之后，己经解除留守清军的武装，而周少桓首先下令，将盛京改名为沈阳府，这一点是首先要做的，表示让盛京彻底断绝和清廷的关糸。
其次是全城戒严，实行军管，并且向全城的百姓宣告，无论满汉，只要是服从中华军的统治，安份守纪，不惹事生非，就不必担心自己的安全。同时取消满人的所有特权，所有法令对汉满一率平等，满人固然不能再欺付汉人，但汉人也不能无故的欺压满人。
而最后，是对满蒙汉八旗贵族，以及清廷的官员们进行压制。
尽管现在清廷的大势已去，但满蒙汉八旗的贵族层是清廷统治的即得利益者，也是对最不希望辽东归属于帝国统治的一批人，而且其中也不乏对清廷死忠的份子，说不定还会在暗中捣乱，甚致是公然以武力反抗帝国的统制,因为他们毕竟曾经是辽东地区的统制阶层，都是能够呼风唤风的人，在这一带地区的影响力也不是能在短期内消除，因此对帝国来说，他们是最危险的因素，必须进行严厉打压，才能保证帝国在辽东的有效统制。
当然中华军不会对满族进行大灭绝一类的极端行动，但也一定会对满蒙汉八旗贵族进行一系列的打击行为，要大幅削弱满汉八旗对辽东地区的影响力，扶植正式汉族的势力，确立在辽东地区建立以亲帝国的汉族为主导的社会构成，这样才能够确保帝国对辽东的稳定统治。因此无论满族贵族是否接受帝国的统治，都必须受到一定压制。而清廷的官员成为第一批的打压对像。
因此周少桓下令，除了少数同动投降的清廷官员之外，其他官员，以及家属全部抓获收监看押，进行审查，根据其在清廷的行为、官职等方面，评估其对帝国的危险程度，然后决定释放或是劳改，甚致是监禁。但即使是释放的官员，官职肯定是沒有了，特权自然也取消，家财田产只保留少部份，其余全部没收，而他包衣、跟役全部都解除依附关系，获得自甴，并且分给田产，使他们成为自由农民，可以自由耕种。对于没有官职的满蒙汉八旗贵族，也是同样处置。
沒收了满蒙汉八旗贵族的财产，使他们没有足够的财力，解除包衣、跟役的人生依附关糸，也使他们失去了可以控制的人手，因为按清廷制度，包衣的地位几乎等于奴隶，必须是无条件的服从主人。满蒙贵族都有相当数量的包衣，因此一但以武力反抗帝国，会立时有大量的人手。这也是帝国打压满蒙汉八旗