进城之后，在黄宗羲的建议下，黄宗羲和王夫之找了一间酒楼，要个一个雅座单间，对酌饮酒。
喝了几杯之后，黄宗羲才神色凝重的对王夫之道：“而农，我想商军门不过只是一省巡抚，又无朝廷法令许可，还建立军校，虽然是为了培养人材，但终不妥当，更不用说公然开办兵工厂，建造火器军需，我看以是有越职专权之嫌，你即为商军门的左右臂膀，还是要劝告一二为好。”
王夫之却若无其事，摇了摇头，道：“太冲兄，凡做大事者，不可拘泥于小节。何况现在正是乱世，只可事急从权，又岂能凡事循规蹈矩。我们商家军过去所以战无不胜，全仗有火器犀利，士兵训练有素，若不如此，我们商家军又何以抵抗满清吗？虽有越职专权之嫌，这次我们商家军在山东为朝廷守住青州、莱州、登州三府之地，亦足可相抵，难到太冲兄以为，尊规守矩要比击败满清更为重要吗？”
黄宗羲呆了半响，也只好道：“训练士卒，培育人材，尚有可说，但商军门若是需要火器，大可向朝廷索要，又何必硬要自己建一座兵工厂呢？何况这座兵工厂的规模，不用我说，而农也该看得出来，也未免太大了一点，只为守卫山东一地，有必要弄得如此规模吗？终非为人臣者应做的。”
王夫之也叹了一口气，道：“太冲兄，你是在南京任职的人，也应该看得出来，如今的南京朝廷是个什么样子，别说是像朝廷请赐火器，恐怕就连拨调些军器钱粮，也做不到。但此番在山东大胜清军，未费朝廷一兵一卒，一钱一粮，试问除了我们商家军之外，还有谁能够做的到。若是曰后满清军队大举南下，能够抵御清军者，除了我们商家军之外，又其谁者？又何苦为了一座兵工厂，而纠缠不清呢？”
黄宗羲张了张嘴，终于还是没能说出一句话来。
王夫之又道：“太冲兄，你心里想的什么我知道，越职专权之事，并非商军门一人的行为，湖广左良玉、江北四镇，那一个又不是如此，太冲兄为何独怪商军门一人。何况商军门自成名至今，累有大功于朝廷，而并无有失臣体的举动，如今不过是为了抵抗北虏，而事急从权，又岂可无端精忌。何况……”王夫之顿了一顿，也正色道：“何况大明的江山社稷兴亡，在于朝廷的徳行，正是因为朝廷失徳，才致使天下大乱，太冲兄既在南京为官，当劝朝廷勤修徳行，皇上克己复礼，大明始有中兴之望，而非是猜忌提防大臣，此仍是舍本取末，自毁长城之举也。”
黄宗羲呆了半响，摇了摇头，又苦笑了一声，到底还是说不出一句话来。其实黄宗羲心里也十分淸楚，整个南京朝廷，根本就是烂泥扶不上墙，而皇帝朱由崧，甚至连刘阿斗都不如，至少刘禅还知道把朝政大权全都交给诸葛亮去处理，等诸葛亮死了以后，才开始信宠黄浩这样的奸邪之辈。当然在黄宗羲的心里，诸葛亮就是指的东林党，而黄浩的角色，自然是由马士英来扮演了。而至于朱由崧为什么要信任黄浩而不信任诸葛亮的原因，却被黄宗羲直接无视掉了。
其实王夫之也是十分精明的人，他投靠商毅也有一年的时间了，自然也能看得见，商毅的一些做法确实并不符合为臣之道，而且商毅对南京朝廷，也只是表面恭顺而己，实际是我行我素，完全就是割据一方的做派。但王夫之心里也清楚，这要怪也只能怪南京朝廷太不整作，太不争气了。要想指望在南京朝廷的领导下抵抗清军，那是痴人说梦,还不如让商毅一个人甩开南京朝廷独干,说不定还有几分把握。
王夫之的思想虽然也维护明朝的正统地位，但他毕竟和黄宗羲的正统东林出身不一样，只有一个举人的功名，在投靠商毅之前，跟本就是一个平头百姓，因此在思维方式也和黄宗羲首先站到朝廷的立场去想不一样。凡事先考虑大局，而不是朝廷的感觉和忌讳。
何况商毅做事情虽然亳无顾忌朝廷，但在大面上对南京朝廷还是十分恭顺的，只要不是像上一次王维如那样来和他争夺浙江的权利，商毅对待南京来的诏书、圣旨什么的，还是完全按照礼仪来办，比起左良玉或是江北四镇那样飞扬拔扈，己经算是好了许多，因此也让王夫之为自己的决定找到了一些理由。而商家军在山东取得的胜利，也坚定了王夫之的想法。让商毅当一个割据的藩镇，也总要比彻底亡国好。
另外在王夫之的潜意识里，只要不是让满清占领天下，就算是明朝的灭亡，也并不是什么不能接受的事情，只不过和历史上任何一次改朝换代的鼎革一样罢了。说白了就明朝灭了只是亡国，而让满清在中原坐稳了江山，那就是灭汉人的天下了。
黄宗羲不是不明白王夫之的意思，他现也确实无法来用私造军器的罪名来指责商毅，相反商家军也确实是整个南方唯一一支有能力和清军作战的军队，而且从一定程度上来说，商家军其实和东林还是同一条战线。但不知怎么，黄宗羲总觉得心里沉甸甸的，怎么也放不下来。
第二天黄宗羲就向商毅告辞，回到了南京。虽然在朝堂上，黄宗羲并未说什么，只到在晚上和吴甡、钱谦益私下交谈时，才全盘托出。
但吴甡、钱谦益对此都没有说什么，因为两人心里都明白，东林现在还能在南京朝廷中占有一席之地，有一大部份原因就是因为靠商毅的军事力量在背后支撑着