当然商毅制定的这些行政机构和明朝最大的不同在于，县级以下还设立了乡镇一级，乡镇下面还设有村一级。而在此前历代，最小的行政单位都是只到县一级。县以下的乡、村虽然沒有里正、乡老、亭长一类的官职，但都只能算民间组织，不属于国家干部。这也造成了中国古代国家对社会最基层，几乎是一片空白，没有任何实质性的管理。也使古代社会基层实际被胥吏、地方豪强勾结把持的局面，不仅使国家的法令难以得到很好的实施，而且还加重的基层人民的负担。
不过商毅在浙江的时候，就己经建立了乡镇——村一级的行政机构，事实也证明，这样的行政机构，对于控制地方基层，确实十分有效，不仅商毅的法令、行政都能够得以比较顺利的实施，征收税赋，征调民役等方面，都比过去有效率得多，而且也有力打击了地方豪强势力，没有了胥吏矇上欺下之后，也减轻了许多百姓不必要的负担。在这战乱的时代，商毅占领地区的百姓们依然能够保持生活充足，可以说乡镇——村一级的行政机构也发挥了相当大的作用。
因此杭州的官员们对此也并不觉得意外，相反还都十分支持这一机构的设置。同时也证明商毅不仅仅是一位兵法大家，在行政治民方面，同样也表现得非常出色。
是众人都通过了自己提出的行政组织结构，商毅也十分高兴，下面就是要确定目前四省的省长人选，然后再层层建立行政机构。而这次商毅打算采用一个新的办法来确定人选，就是投票。
各省的省长人选中，只有山东省是最没有悬念，由原山东布政使孟宏恭出任。说起来孟宏恭是商家军第三军军长杨武丞的岳父，也是最早投向商毅的明朝官员，这几年来一直都在山东地区付责民政工作，和山东地区的军事官员周少桓等人也配合得也很好，因此山东正式建省，他当然是出任省长的不二人选。
而其他三个省的省长，众人经过了一番筛选，确定了六各备选人，然后由行政部的官员进行无记名投票，最后正式确定下来，浙江省的省长由周少卿担任，江西省的省长由原来杭州府的推官兰秉浩出任，湖南省由原来山东沂水县的县丞孙成出任。
这三个人中，周少卿自然不必说，周氏一门已经成为商毅集团中占有举足轻重的地位，深受商毅的信任和重用，而且周少卿一直担任扬州知府，也干得有声有色，政绩斐然。而孙成和兰秉浩原来都是小官，在商毅入主浙江之后，都出任一地的知府，也都是行政官员中的表现得十分出色的人。因为商毅建立了完善的人事制度，也都拿得出有说服力的证据，因此这三个人，基本也是众望所归，而且行政部的各官员投票选举出来，任何人也都无话可话。
这也是商毅第一次在杭州的行政中釆用无记名投票的方式来进行决策。同时各省以下的官员，由省长提名，行政部官员投票确认。