于是，沙俄军队在城头举起白旗投降！中国军民得到了胜利！
康熙皇帝得到胜利的捷报，很高兴。中国人民是不可欺倭的！
但是，康熙皇帝登高望远，比别人看得远一些。他召集一些重要大臣召开会议。内阁学士熊赐履精通历史，他提醒康熙皇帝：“启奏皇上，俄国原先和我国并不接壤，后来他们一路往南攻击，才知道地球上有个黑龙江。他们是扩张惯了，侵略惯了，现在他们的领土是过去的好几倍，他们尝到了扩张的甜头，雅克萨就是他们又一次扩张的目标。所以臣以为，他们还要来，战争还要继续。”
意味深长地告诫大家：“朕同意熊爱卿的意见，他们是还要来的。现在雅克萨虽然已经被攻克，但是防御不能疏忽。不光是雅克萨城，沿黑龙江沿岸各地都要注意防范，武备不能松弛。，将士必须勤加操练，以防沙俄卷土重来。”
清军完全占领雅克萨城后，按照康熙皇帝的旨意，彭春他们把投降的沙俄军队全部释放。
平时耀武扬威的沙俄军队头目哭丧着脸，带着残兵败将灰溜溜地撤走了。
在外逃难的人们都扶老携幼回到了返回自己的家园，安居乐业。但是，某些官员却麻痹大意，马放南山刀枪入库，一位从天下太平，高枕无忧了。
果然不出康熙皇帝所料，就在雅克萨战役当年，沙俄侵略军的增援部队不甘心失败，趁着清军休整的空隙，沙俄侵略军又越过边境，偷偷地开进了雅克萨城。这使驻守边境的清军防不胜防。
沙俄侵略军一进雅克萨城，就重新修筑城堡，而且修筑得更加坚固，又在城外挖了又深又宽的壕沟，企图长期防守。而且沙俄军队经常出城骚扰周围百姓，然后又返回城里。雅克萨成了他们骚扰中国百姓的基地。
边境的警报一下传到了京城的第二年，康熙皇帝谕令侵略军彻底消灭。这一次，投入战斗的清军数量更多，炮火更加猛烈。打得沙俄军队龟缩城内，不敢露头。受到重创的沙俄军队恼羞成怒，铤而走险，他们几次出城反扑，都被清军打了回去。
清军围困雅克萨城三个月，沙俄军队的损失惨重，他们的头目被击毙，死伤者占百分之九十，几乎失去了战斗力，只好又放弃雅克萨城，狼狈逃走了。
受到惨败的沙皇一看他们的两次侵略都惨遭失败，又故伎重演，慌忙派使者赶到北京，要求谈判。康熙皇帝这才下令停止攻城。
至此，由沙俄侵略引起的两次雅克萨之战，都已清军的胜利而结束。
康熙二十八年（1689年）7月，康熙皇帝派索额图为钦差大臣，率领清朝使团和俄方代表商谈边界问题。最终，双方在对等谈判的基础上签订了第一个中俄条约，即《尼布楚条约》，确定以额尔古纳河、格尔比齐河、外兴安岭至大海为中俄东段边界。这肯定了黑龙江流域和乌苏里江流域的广大地区都是中国领土。
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