“可是，我们看到的，却是配合整篇故事氛围的残酷再度袭来，歌音没有挣脱命运的黑线。当她与姬子紧握的双手被命运强制分离时，她脸上绝望的神情令人落泪，当时感受到了只是炸裂般的痛苦，无法承受的感伤不断侵袭，自己已失去思考的能力。前世姬子为自己而逝，可真正的幸福却没有为灵魂做洗礼。现在，到了自己赎罪的时刻，她想让姬子在怨恨中完成救赎，把真正足以永生的幸福留给对方。可姬子想要的幸福，却存活于自己的灵魂之内。与自己期许的结果完全相反。命运的嘲弄，擦肩而过的伤感，她们同样想为对方留下完整的恬静世界，却在月之尾刻下了永恒的遗憾，无法弥补的伤痕。”
“谁都无法解释，谁都无力解释，为什么百合就如此不被宿命允许？那同样是爱恋，同样可以超越生命个体感动的界限，同样是真心付出换回的幸福，为什么它就只能在黑暗中被封印，而比这龌龊肮脏得多的畸恋却可以在社会各处苟活？”
“看到歌音独自步向神社孤寂的背影，静坐在阴影里感伤的泪，我开始怀疑道德存在的价值所在。情感本应是人间最美好的事物，它带来了生命个体的所有幸福，让人类尝到了幸福的滋味。它不应该有被禁止的一面，人类自身选择的道路，就应由自我承担责任，其他生命又有什么资格指手画脚甚至横加干涉？它们都是平等的，只不过在同一领域的不同空间平行存在，没有不应活跃的理由，所谓禁令只是某些灵魂的独裁罢了。”
“不得不谈的男主角：整个故事里男主角是关键人物之一，对于一部百合片看似多余，然而正是他才让整部变成变得更加深刻。他为了姬子可以牺牲一切，包括自己的幸福，亲情哪怕生命。他的爱恋可以说代表了被社会接受的，受道德观庇护的一种存在。那些被普通青梅竹马间的你侬我侬长期娇惯的普通男女们也许希望得到相马与姬子共建美好社会的结局，毕竟这样更符合我们所在的环境，符合所谓正常的道德观可以接受的范畴之内。”
“但百合的芬芳，到何处都会使生命个体的精神领域姹紫嫣红。因为它同样属于感情之列。这羁绊，与其他的男欢女爱是完全不同的，正是由于道德或价值观的阻碍，才让它有更大的力量去触动人心。”
信奉柏拉图爱情理论的人坚信只有同性间存在真正的爱情，异性之间存在的无非是性和生育。
《神无月的巫女》，可以说是现实社会的一个缩影。以一种幻想的手法，将现实中那被歧视的恋情以一种全新的角度展现出来。
尤其是在西方社会，那边风气开放，有些国家已经为这种恋情立法，《神无月的巫女》在那里取得了轰动性的反响，甚至被誉为真正的大师之作——至少也是最接近大师之作的高度。
一些百合组织还以《神无月的巫女》作为了她们的组织标志。