万历元年大明朝没什么大事情发生，张居正稳步的推进他的人事革新，冯保死后的皇宫大内也很平和。李太后开始信佛，太监们也各自忙碌着，他们想争斗暂时也斗不起来。
俞大猷在八月的时候进了京，打着就是看病的旗号。
朱翊钧找机会见了俞大猷，然后就把俞大猷交给了陈矩，陈矩掌管着兵仗局，俞大猷去那里正合适。作为一个经验丰富的战将，俞大猷对军械自然非常的了解。
有俞大猷帮着陈矩，那边也不会出什么问题，朱翊钧也放心。
万历二年，东南沿海大海贼林凤进犯内陆，被兵部尚书兼右副都御史两广总督殷正茂击破。
两广局面稳定，但是林凤却没有停下脚步，他从台湾开赴菲律宾，联合当地华人和土著共同驱逐西班牙殖民者。船队急航两天，到达吕宋边界，立即攻占密雁，西班牙守将撒示洛驾舟逃走，船队乘胜前进，直逼马尼拉。
兵贵神速，林凤即命先锋率七百精兵乘夜袭击马尼拉。不料入夜天气骤变，风雨交加，巨浪如山，船只一半沉没，损失二百余人，同时因天黑难航，错登地点，辗转至马尼拉时，天已大亮，西班牙人已有准备。
先锋部队不顾疲劳，奋勇进攻，攻入西班牙人的指挥部，杀死总指挥高第，许多西班牙人束手就擒。
万历二年十月，建州女真首领王杲大举入侵。辽东巡抚张学颜、总兵官李成梁命将分布要塞，从四面出兵围攻。王杲兵败，部众皆逃奔入王杲所居营寨。
寨在高地，形势险要，易守难攻，王杲深沟坚垒以自固。
李成梁用火器攻之，破数栅，把总于志文等将领兵冒死登高猛攻，王杲不能支，逃至高台，射杀于志文。此时适遇起大风，明军遂纵火焚烧王杲军营，先后斩杀一千一百余人，毁其营垒。
这两条消息一条是东厂在濠江的人送来的，一条是战事的情报，朱翊钧看到的时候心情有些沉重。
殖民者已经迈入东方了，他们在马尼拉站稳了脚跟了，而大明的船队还不见踪影。在帝国的北方，建州女真开始崛起了，虽然有李成梁等人弹压，但是会越来越麻烦。
随着建州女真的崛起，再加上草原上的蒙古，大明的北方边境会变得不宁。
朱翊钧到不是担心他们闹出什么乱子，可是万历皇帝知道，如果真的按照历史发展，建州女真会成为心腹之患。他们会把大明的精力牵扯到边境，每年大量的消耗粮草，让本就疲惫的大明，更加的疲于奔命。
万历二年秋，山西应州、朔州、山阴、马邑、大同等县及安东、中屯、山阴、阴和、高山等卫各以灾报。
南直隶高邮州以东两淮所辖吕四等场大旱之后，又发生狂风暴雨，河海并溢，庐舍倾圮万余区，溺死居民一千六百余人，家畜无数，仓库盐场漂荡无存，百姓流离失所，饥馑无食。徐州、扬州等大雨为灾，海啸河溢。
这件事情之后，朱翊钧知道地球不安分了，小冰川期来了。
从这个时候开始，大明便动荡不安了起来，各种各样的天灾会进一步吞噬大明的寿命。百姓流离失所，如果没有什么作为，农民起义的大火迟早都会星星燎原。
万历三年，这一年地球倒是太平了，可是朝廷又不太平了。
彻底掌握了朝廷的张居正开始了大规模的清洗，官员致士的致士，罢官的罢官，张居正开始大规模的提拔自己的人。整个大明朝的官场改天换地，正是步入张居正时代。
东南亚的战争进行的如火如荼，林凤与西班牙人的战斗越发的激烈了起来。
势单力孤的林凤在菲律宾兵败以后，引兵内犯，曾到达柘林，靖海，碣石等地。同时也到达过福建等处，依台湾魍港为基地四处劫掠。但是当时福建方面打击海盗很严厉，林凤四处碰壁，只得离去。
胡守仁再次击败林凤，林凤引兵退至广东进犯潮州。当时潮州的参政金浙主抚，林凤本人也看见了闽广两省的水师力量很大，意冷心灰不作进一步的抵抗准备。
于是林凤的手下马志善，李成等一千七百一十二人被招降，六百六十八名男女百姓被收容。林凤素知中国传统以来对待所谓盗贼毫不留情，只身逃往外洋，下落不明。
大明朝无论是官方还是私人，暂时退出了东南亚的殖民争夺。
只不过大明海贸利益太丰厚，在林凤之后，大明的沿海又一位大海盗崛起了，这个人就是李旦。李旦通过与倭国的贸易发家，他支持了倭国的德川家康统一倭国。
李旦借由日本海盗集团帮助，筹组武装船队，于日本、中国大陆、台湾、东南亚间与荷兰、英国所经营船只从事国际贸易往来，除此，也从事海盗掠夺行为。
因海上作风强悍，被西洋人取昵称为“cahina”中国船长），或称甲必丹李旦。“甲必丹”（caain）一词，为西班牙人统治马尼拉时期，对汉人领袖的称呼。
这些事情都是朱翊钧让澳门的情报人员搜集的消息，李旦崛起的很迅速，朱翊钧相信这后面绝对有东南豪族的支持。
万历四年，朝廷一切都很顺畅，北疆因为有戚继光在，一切都非常的平稳。
董狐狸被戚继光彻底打服了，董狐狸穿素服跑到戚继光那里大哭请降，戚继光与部下商议后决定接受其投降，董狐狸于是将劫掠的百姓放回，并发誓不再反叛，自此董狐狸与董长昂再也不敢侵犯蓟门。