这是朱慈炯回到南京之后的第一个大朝会，相比于登基之际，如今的朝堂一下子变得空荡荡的，显得有些萧瑟，不少人都是牵扯到了投敌的事情之中，现在还被关押在锦衣卫诏狱之中，等候审判，所以朝堂之上也就没有多少人了。
“宣旨吧！”朱慈炯看了一眼韩赞周，当下也是抬手示意道。
韩赞周会意，从龙案之上取来圣旨，当众宣读起来：“奉天承运皇帝，诏曰：朕年少懵懂，圣聪蒙蔽，奸佞立于朝而不自知，致使东虏南叩，宗祀几近湮灭，危难之际，皇祚克复，及危而能持，颠而能扶，奸宄具歼，诚能否极泰来，皆赖朝中贞烈之臣，尤以夔州总兵曹变蛟功勋最著，北逐强清，肃清奸佞，堪称本朝第一忠良，朕决议不循前例，以曹变蛟为内阁首辅大臣、大将军，总理朝中国内军政大事，进爵宁国公，赐赞朝不名、入朝不趋、临朝不跪……钦此！”
“臣领旨谢恩，吾皇万岁万岁万万岁……”曹变蛟也是躬身领旨，没有跪下去。
“奉天承运皇帝，诏曰：朕念历朝历代之前鉴，宦官参政，祸乱诸多，从即日起，废司礼监披红之权，朝廷之事，由内阁拟票而定，朕尚年少，准宁国公代行披红，待朕成年之后，再还归大政。”
“臣等遵旨，吾皇万岁万岁万万岁……”
“皇上，此番国难，虽有惊无险，然我大明元气大伤，诸多奸佞投敌，然也有诸多贤良以身卫国、坚贞不屈，内阁首辅史可法、凤阳总兵黄得功、漕运总兵张鹏翼……臣请旨皇上，能够加哀荣以示褒奖，恩赏其子孙后代。”
“准！宁国公可自行处置，事后呈报朕知晓即可，朕无异议！”朱慈炯也是点头应道，这些事情是常例了，也不是什么新举，臣子殉国，皆是如此。
“朕这一次受马士英等人挟持，颠沛流离，身子也是不适，就此散朝吧，一切国政，宁国公可先决，朝廷内阁六部等官职的安排，也需要尽快办理，使朝廷尽快安定下来。”
“臣遵旨！”
“散朝……”随着韩赞周一声长长的吆喝，当下也是就此散去。
不到一日，内阁六部的人选就确定下来了，曹变蛟早就有了安排，朝会不过是一个形式而已，一个曹变蛟独掌大权的形式，有了这个形式，曹变蛟就是名正言顺的，没有人能说闲言碎语，因为曹变蛟是领旨办事。
曹变蛟确定的新任内阁八人，由张慎言出任内阁次辅，其余六位分别是袁继咸、路振飞、熊汝霖、万元吉、方震孺、朱大典。曹变蛟依旧施行先前的制度，内阁不领部堂之事，对于这个制度，大家也没人反对，除非是那种对权利很热切的人，对于掌不掌部堂之事，是无所谓的，在内阁专司朝政，本就已经是责任重大了。
而六部则也是进行了重大调整，由沈犹龙出任部工部尚书兼任应天府尹，袁工部尚书张国维已经殉国了，加以追恩，曾樱依旧出任户部尚书，吴甘来出任吏部尚书，陈子壮仍为刑部尚书，黄道周出任礼部尚书，姜曰广出任兵部尚书。
原大理寺卿施邦曜在清军入城之际自杀殉国，大理寺卿一职由吕大器接任，原光禄寺卿许誉卿出任都察院左都御使，起用老臣熊明遇出任右都御使，吴钟峦出掌翰林院，起用各地一批有才名的人入仕为官，如夏允彝为扬州知府，陈邦彦为常州知府，黄毓祺、黄淳耀为御史，方以智为翰林院博士，用以稳定人心。
同时奏请分湖广为湖南、湖北二省，以长江为界，由左懋第出任湖北巡抚，刘熙祚出任湖南巡抚，方孔炤出任江西巡抚，樊一蘅出任河南巡抚，李若星为广西巡抚，苏观生为浙江巡抚，张秉贞出任四川巡抚，张肯堂出任福建巡抚，沈廷扬为两广总督，原两广总督张同敞调任京城，出任京营提督，统京中守备兵马，刘孔昭为南京水师提督，徐世荫为长江中督，李乾德出任长江左督，毕拱辰仍出任右督，朱聿键出掌宫廷御林禁卫军，田仰为五城兵马司指挥使。
曹变蛟任命袁枢为江北总督，节制两淮兵马，防备清军南犯。因北方失陷，暂撤漕运总督一职，长江水运，由长江三督负责，左督制四川、两湖，中督制江西、南直隶，右督制苏浙，海运之事，右海师提督陈子龙节制，以翁之琪为淮河水师提督，操练水军，驻守淮安。以秦良玉为四川总兵官，恩赐一品诰命，曹文耀为湖南总兵官，郑芝龙为福建总兵官，孙希贵为广西总兵官，曾英为贵州总兵官……
全面废除卫所军制度，所存卫所军，全部回归民籍，分拨田亩安置，改为募兵制和义务兵制，于国中各重要城镇设，如扬州、松江、徽州、承天、长沙、贵阳、梧州、广州等地，小镇置守备、中镇置都司、大镇置总镇驻防，守备兵马由各地青壮义务戍守，反年满十八、不过五十者，无有官爵在身者，尽皆需要服从兵役，全国实行本土轮守制度，小镇守备治民兵三百，中镇都司治民兵七百，归各省巡抚节制，大镇置总兵治常备军五千到一万，归大将军府节制，民兵两月一轮戍，常备军一年一调动，于南明全国境内设置小镇三十，中镇十一，大镇二十七，凡免服兵役者，可缴纳代役银每年一百两，身有功名者减半。
废除锦衣卫，东厂等官署，编为御林军，调整京师守备，御林军五千拱卫皇城禁卫，五城兵马司统内城巡防营人马三千，外城门由京门提督统帅五千人守