朱由检显然还未昏了头，他知道还必须依靠陈奇瑜、李绍翼这帮士大夫，并未勒令陈奇瑜和李绍翼等等一帮人辞职。
皇权，凭借手头掌握不多的武力，终于作为争夺的一方，登上了舞台。
对此变故，林纯鸿的应对措施非常简单，只是令骠骑军团控制了通州运河码头。不过，运往京师的物质仍然畅通无阻。
通过此举，林纯鸿向朱由检宣告，京师的武力，只是绣花枕头而已，并无多大意义。
朱由检和林纯鸿这次刀尖上的交流，吓坏了陈奇瑜一帮人。
陈奇瑜、李绍翼费尽脑力，提出，中央改制议可增加一些项目，皇帝对内阁总理人选有提名权；皇帝可提出弹劾内阁总理议案，交由光禄院表决；内阁形成的决议，由皇帝陛下同意后，方才正式具备法律效力，若皇帝陛下对内阁的决议不满，可封驳三次。三次封驳之后，由内阁组织召开阁幕扩大会议，对决议进行表决。阁幕扩大会议形成的决议，皇帝陛下不得再行封驳。
当陈奇瑜和李绍翼的提议交到朱由检手头，朱由检不满意，直接将提议扔回陈奇瑜手中。
陈奇瑜与李绍翼又琢磨良久，加上了一条，大理寺卿由皇帝任命。
朱由检方才留下了奏章，但未置一词，为自己留下了回旋空间。
当林纯鸿接到陈奇瑜和李绍翼的提议后，坚决反对皇帝对内阁总理有提名权，并认为皇帝三次封驳内阁决议后，由内阁召开会议，对决议进行表决，无需内阁扩大会议表决。
这点显然更具有可操作性，毕竟内阁扩大会议由从二品以上官员组成，许多都远在天边，若皇帝时常封驳内阁决议，如何集中从二品以上官员进行表决？
至于大理寺卿的任命权，林纯鸿理所当然地予以拒绝。
陈奇瑜、黄宗羲两边不停地跑，充当皇权和林纯鸿之间的桥梁，同时，还加入士大夫自己的要求。
按照朱由检的原意，掌握大理寺卿的任命权，无非想拥有随意兴起诏狱的权力。当他最终知悉，大理寺仅仅只有司法权，并无调查权后，便兴趣寥寥，抱着可有可无的态度。
不过，当陈奇瑜指明，大理寺除了享有重大刑案的终审权外，还享有重大争议的最终裁判权，朱由检才热衷起来，为了使皇帝拥有大理寺卿的任命权，朱由检甚至放弃了内阁总理提名权。
陈奇瑜、黄宗羲等人跑来跑去，还真让三方达成了一致：林纯鸿同意大理寺卿的任命权归属皇帝，而朱由检则放弃了内阁总理提名权及其他一些权力。
林纯鸿同意皇帝享有大理寺卿的任命权，自然由他的考虑：一则大理寺卿一人无法改变重大事件的裁决结果；二则，大理寺一众法官及官员均由具备基层经验的专业人士充当，区区一个首脑任命权，实质并无多大作用。
不过令林纯鸿想不到的是，朱由检看穿了这个实质，在今后相当长时间内，朱由检拿出他本该享受的财政拨款，建立了专门的司法培训学校，培养出无数的司法从业人员，撒到大明各地，借此增强自己的权力基础，最终牢牢将司法权控制在手中。
这是后话，暂且不谈。
自此，大明中枢权力被瓜分一空：皇帝陛下掌握了司法权，林纯鸿代表的新贵及大商贾掌握了行政权、军事权、监察权，而士大夫阶层则掌握了顾问权、部分监察权，力图将模糊不清的立法权掌控在手中，并保留了有可能掀盘子的权力。