三九年二月二十七日，赣榆县城被日寇侵占，朱爱周率县政府和保安大队部撤至莒县、赣榆边界山区，立即召天县政会议，议定：裁减机关，设立税卡，接管盐税，以保证财政收入；印发“赣榆县田赋流通券”，弥补法币不足；成立县保安总队，继续扩军。
为防止税务人员中饱私囊，朱爱周派青年学生收盐税，以杜绝积弊。其时，关税、盐税收入颇丰，虽养兵三千八百多名，财政仍很宽裕，农民除田赋之外，别无负担，一切苛杂全部废止。
朱爱周还清醒地认识到，保安总队成份复杂，军、政素质太差，一有缓急全不可恃。为提高军队素质，他请国民党东北军五十七军军事教官，严加训练，又叫政训处主任刘寄萍到山东请八路军派人来做政治工作。中共鲁东南特委先后派十余人来县，朱爱周分别委以大队指导员、中队政训员之职、与军事长官平级。
同年三月，八路军抗日军政大学山东分校开学，朱爱周接受刘寄萍的建议，两次派二十九名青年知识分子去学习，结业回县后，皆予委任。四月，朱爱周委托李克济（中共赣榆县工委青年部长）与胞侄朱明远，主持举办青年抗日救国团干部训练班，教官由政训处安排，多为中共赣榆工委干部。
刘寄萍到中共鲁东南特委要来《论持久战》、《论新阶段》、和《大众日报》等作教材。至九月，分两期培训青年干部六十六人。回乡组建各区青救团。十一月，保安总队编为旅，朱爱周任少将旅长，刘寄萍任中校政训处主任，下辖三个团、一个别动大队，一个迫击炮连和各区、乡民众自卫队，总兵力三千八百余人。
十月，成立政治工作大队，朱爱周兼任大队长，朱明远、王醒东任副大队长，李克济任政治指导员，三个中队正副队长全是中国***员和左翼青年，政工大队已为中共赣榆县工委所掌握。政训处创办《新赣榆》、《新闻简报》分发各机关、部队，由中共赣榆县工委组织部长陶君彦任主编，中国***员张廷垣任编辑、刻印，朱爱周为亲题刊头。
国民党江苏省党部派员来赣榆县视察，指责朱爱周**赣榆，朱爱周闻言大骂：“他妈妈的！我也不知道什么党不党的，就只知道抗日！”当省视察官员给军队训话，重弹防止**老调时，朱爱周当即予以严斥：“现在是国难当头，国共两党团结一致，共同抗日，共同流血牺牲，将来抗战胜利了，成果当然是两党都有份……”
一九八三年十一月二十四日，江苏省人民政府追认朱爱周为革命烈士，安葬抗日山（马鞍山）烈士陵园。