对于处理军户所的问题，李国栋早就给崇祯上奏过了。大明经历了近三百年，那些军户所不但不是保家卫国的武装，反而变成了大明的累赘之一。
大明的累赘有三：第一是宗室，宗室被李自成和张献忠灭了许多，极大程度的减轻了负担。
第二个累赘是文官士绅集团，北方的文官士绅集团已经降清了，以后李国栋会慢慢收拾他们，南方的文官士绅集团，在李国栋的分化之下，变成了两种：一种是江南的工商业士绅，那些士绅得到李国栋的支持，将会变成新兴的资产阶级；还有一种是传统的土地士绅，李国栋会逐步消灭那些土地士绅，有些是军事打击消灭，譬如说广东等地的从逆士绅。湖北和江南的土地士绅，没有借口处理的，将会通过合法的竞争手段，把他们转变成工商业士绅。
第三个累赘就是各处卫所了，那些卫所也占了不少良田，却不缴纳税收，财富都落入那些卫所军官手里。可问题是，那些剥削军户的军官们能打仗也就算了，他们根本就无法打仗，大部分的人都是废物点心。所以李国栋要逐渐把卫所的土地都变成皇田，卫所军官清理出去。