日本国内的“缓进派”一直对身为“急变派”的大隈有所警戒。结果此建白一提，立刻遭到缓进派的强烈反对。缓进派认为这个建白过于激进。而且大隈等“急变派”为了加强自己派系的实力。启用了一些旧幕臣。这让缓进派首领大久保利通极度不满。为了对抗急变派。大久保立刻催促维新元勋西乡隆盛上京任职。西乡到京后凭借自己的声望立刻成为缓进派的先锋。不久之后，西乡上奏《西乡吉之助意见书》公开指责大隈等人的富国计划。大隈等人立刻反唇相讥。两派的冲突再一次把政府拖入分裂之中。而在这时，明治2年12月1日，长州攘夷激进派原奇兵队军官大乐源太郎举兵造反。而在东京都。暗杀事件迭起，继横井小楠被暗杀后，另一名维新派的功臣广泽真臣也遭到暗杀。更糟糕的是同为攘夷激进派的两名公卿爱沰通绪，外山光辅和大乐源太郎里应外合。策划暴动。新政府内外交困。濒临倒台的危机。接下来，在6月 25日，大久保实行政府改造，往政府内部安插缓进派的人。激化了两派的矛盾。气氛极其紧张。大隈联合后藤象二郎和江藤新平。公开跟西乡叫板。导致冲突白热化。明治政府政务停滞，一片阴霾。7月5日， 面对乱糟糟的政局，特别是因为大乐源太郎等人的造反计划败露出来。这给政府内部的两派都带来的空前的危机感。为了不让维新功败垂成。两派终于妥协。9日，在太政大臣三条实美私邸。两派正式停战，达成妥协。缓进派同意在一系列条件下（例如对于旧藩士采取全包的政策等）接受大隈的计划，使对日本历史有重大影响的“废藩置县”终于得以实行。
废藩置县是日本维新史上的一件大事，标志着日本终于结束了长年的分裂状况而成为了中央集权的近代国家。统一的日本对于日本日后的发展奠定了极为坚实的基础。大隈做为废藩置县的始作俑者是功不可没的。但是，对于财政上的问题。废藩置县不但没有解决多少财政问题，反而还加剧了财政危机。因为各藩因为长年的补充军备招募人手以应付战争。早已债台高筑。废藩置县虽然可以从全国收税。但是做为废除藩国的代价，新政府不但要承担下所有的藩债。还要包下各藩那高达 200万人的藩士的生活。高达7800万两白银的巨大藩债和藩士们的俸禄支出让财政危机大大加剧。废藩置县实际上是让明治新政府向破产又大大的迈进了一步。
废藩置县的一个好处是，政治上达成统一的新政府终于有能力来对付严重的经济混乱了。大隈借助废藩置县，开始了整顿货币的工作。首先宣布废除各藩私自发行的私币藩札。限期兑换为所谓的府县札，然后兑换为太政官札纸钞。这期间。大隈为了应付各种开销，改变了自己的看法。默认了太政官札为不换纸钞并予以发行，希望借此收敛硬通货。经过几年的努力，纸钞的混乱终于被平定下来。中央政府的纸钞成为唯一的通行纸钞而散布各地。随后大隈开始布置铲除伪劣金银的行动。明治2年3月，大隈上建白书，提议改两为元，废四进十。设立造币局。所谓改两为元。即是将原来幕府发行的用两来计算价值的金银币一律改为统一规格的金银元。把方形的金银币都改为圆形以方便携带。确立金银元的规格和含量的标准。废四进十是把原来四进制的兑换比率改为西方的十进制。设立官方的造币局来生产标准规格的金银币和新的货币。大隈的建议得到了同意。于是大隈兴致勃勃的投入到这些工作中。不幸的是，大隈这一次的运气不怎么好，明治2年11月，造币局发生了一场严重的火灾。花大价钱建立的厂房和进口设备全部烧光。整顿金币和纸钞的工作不得不暂停下来。与此同时太政官札的问题也显现了出来。由于大量印发不可兑换的太政官札。其价值一路下滑。虽然官价是100札当作100两使用。实际价值下滑到到 185札兑100两。而且太政官札制作粗糙，仿制容易。结果伪钞四处横行。太政官札本身额面也高。所以民间对于太政官札普遍抱有抵抗情绪。甚至有地方因为官府强制推行纸币爆发暴乱。面对此情况，大隈主张发行另一种小额不换纸钞，即民部省札。以促进民间货币的流通。在日后重设造币局，印刷新钱来代替这些临时的不换纸钞。大隈的主张实行后暂时平息了货币的混乱。但是伪钞依然横行。民间对纸币的信任仍然不足。流通的主体货币仍然是金银币。
为了应对货币问题，大隈决定先修正金银币的混乱。明治4年4月。大隈联系五代友厚。紧急从香港进口机器，重设造币寮。聘请洋人技师。正式发行官方的金银币金元和银元。明治4年5月10日。大隈主导的大藏省发布条例。定含量为二分纯金，重量1.5克的金元为标准正金。以十进位兑换。引入元、钱和厘为兑换单位。设立金本位制。其他种类的金银币一律废除并兑换为标准金银币。这个条例就是日本第一部近代货币法《新货条例》。新货条例同时还根据日本周边的情况，将银币也定为正币。而在实际执行中。日本实行的是银本位制度。对此，大隈还制定了独特的“贸易银币”。专供外贸支付用。新货条例的颁布大大减轻了货币的混乱情况，稳定了经济形势。巩固了政府的财政根基。而后，随着日本金银加工技术的前进。金银币的混乱逐步得到彻底的解决。在稳定了金银币的秩序的