战争初期，毛海峰率兵屡屡进犯大明，攻击沿海城镇，把大明的东南海疆搅得天翻地覆，大明官军却是羸弱不堪，根本无力对抗。后来胡宗宪启用俞大猷、戚继光等将领，另外征招“募兵”（即没有编制的临时兵，也叫雇佣兵，戚家军原本是雇佣军，等后来被收编成正规军了，战力就远不如以前了），不再使用大明的卫所兵，这才逐渐扭转局势。
但总的看来说，明朝还是出于被动，海商们控制着海洋，可以随心所欲的选择地方进行攻击，让明军疲于奔波，颇像后世的中英第一次战争。但当时的大明可不像后世患有软骨症的满清，对外一向都是以强硬著称，打得赢打不赢都要打，直到打倒对方，或是自己被打倒才罢休，这就注定了海商们不可能通过战争达到自己的目的，毕竟那时的大明还不是崇祯这个自以为是的白痴在当政。
期间，俞大猷曾提出组建国家海军，在海上击败倭寇，不仅可以让陆上的百姓免遭战火侵害，还能最终控制海洋，这无疑是非常有先见之明的建议。但组建海军，则意味着朝廷将会控制海洋，海禁政策自然也就没有必要了，东南士绅们当然是不允许的，他们宁可在陆地上“抗倭”，也不愿意在海面上去彻底打败“倭寇”，于是俞大猷的建议也就不了了之了。
而另一方面，战争的持久逐渐对海商们也不利起来，毕竟海商们的组织不是国家组织，他们的手下也不是正规的军队，全都是亡命之人，大家聚在一起，为的是“利”而不是“义”，他们不是国家的官兵，这样一场没有多少好处，同时又望不到头的战争，让他们逐渐的离心离德起来。而且大部分的船和人员都要参与战争，无法从事贸易，不仅损失了大量的人员和船只，还丧失了大量的收入，同时海商集团的储备也在以看得见的速度在飞快的减少。
李旦和谢和都察觉到了危险的倾向，于是提议与大明言和，只要开放一个港口，能恢复以往的交易就行了。但毛海峰却持强硬态度，他一心想为义父王直复仇，不愿意与大明妥协。“利”和“义”发生了冲突，于是海商集团分裂了，又到了需要兼并的时候。而毛海峰所部因为一直是攻击明朝的主力军，损失也最大，他虽然打着老船主王直的旗号，但却挡不住其他人的联合攻击，要知道，江湖儿女虽然口中从来都是“义”字当头，但最后大家想的、讲的，都还是“利”，于是最后李旦众望所归的取代毛海峰，成了海商集团的头目。
不过李旦也不好赶尽杀绝，他让毛海峰带领手下的人出走，毛海峰最后一次出海，去了琼岛，他听说义父的家眷被流放在那里。后来听说毛海峰在那里和大明军队发生了战事，以后就再没有消息回来了。
毛海峰的出走，使得海商和大明之间的战事逐渐的降低了烈度，后来几年的战事，更多的是一些边缘的团伙打着海商的旗帜，纯粹在搞窃掠了，他们随即遭到戚家军的围剿，很快就烟消云散了。到了隆庆元年（1567年），朝廷宣布开海，开埠福建漳州月港，海商们也宣布停止对大明的进犯，持续数百年的“倭乱”这才得以真正平息下来。
又过了几年，一只小船队来到了平户，带队的是原来王直的亲卫颜九，带回来了毛海峰的消息。毛海峰在琼岛一带不仅和明军作战，还和当地的海盗以及红夷人作战，渐渐的耗光了他的兵力，最后他死于一场和红蛮人的战斗中。颜九同时带回来的还有一个幼小的女孩，这是毛海峰派人在琼岛上找到的王直的唯一血脉，王直小儿子的遗腹，王海樱。