就在金钊忙着在福建大搞国防工业建设的时候，老蒋却指挥着手下的百万中央军，开始一门心思的剿匪大业。
早在1933年9月25日至10月间，老蒋便调集约100万兵力，采取“堡垒主义”新战略，对中央苏区进行大规模“围剿”。这时，王明“左”倾机会主义在赤军中占据了统治地位，拒不接受太祖的正确建议，用阵地战代替游击战和运动战，用所谓“正规”战争代替人民战争，使赤军完全陷于被动地位。经过一年苦战，终未取得反“围剿”的胜利。
1934年4月10日，广昌战役打响，赤军主力在广昌城于中央军血战18日，最终以失败告终。4月28日凌晨，广昌失陷。赤都瑞金对中央军敞开了大门。
1934年10月10日夜间，赤军总部悄然从瑞金出发，率领红一、三、五、八、九军团连同后方机关共8.6万余人进行战略转移，向湘西进发，开始了悲壮的、前途未卜的漫漫征程。这时的赤军领导人还没有意识到，他们正在创造一个人类军事史上的奇迹。
经过20多天的作战，赤军先后突破了敌人的三道封锁线。这时老蒋已判明赤军西进的企图，于11月20日任命湖南军阀何键为“追剿”军总司令，指挥25个师的兵力，分五路追剿赤军，同时令贵州“剿共”总指挥王家烈派出主力部队到湘黔边界堵截，企图将赤军“歼灭于湘江、漓水以东地区”，并手谕前线各部队：“力求全歼。毋容匪寇再度生根”。赤军长征一开始就遇到了长征中最残酷的一仗：湘江战役。
蒋军利用宽阔的湘江构成了第四道封锁线，赤军前有湘江拦阻。左有广西军，右有河南军，后有中央军和广东军阀穷追不舍，处境万分险恶。25日，中央军委发布抢渡湘江的作战命令，令中央赤军分四路纵队。迅速抢渡湘江，通过敌第四道封锁线。
湘江战役是赤军突围以来最壮烈、最关键的一仗，赤军与优势之敌苦战5昼夜，终于撕开了敌重兵设防的4道封锁线，粉碎了老蒋围歼赤军于湘江以东的企图。但赤军也付出了极为惨重的代价，渡过湘江后，赤军已由出发时的8.6万人锐减到3万人。
1935年1月。赤军攻占了遵义，并召开了著名的遵义会议。会上确定了太祖正确领导地位。
遵义会议后，在太祖的领导下，鉴于川敌布防严密，赤军确定撤离遵义后，在川黔滇边和贵州省内迂回穿插。特别是在四渡赤水的过程中，中央红军灵活机动地创造战机，运动作战，各个歼敌。以少胜多，从而变被动为主动。随后出敌不意，主力南渡乌江，直逼贵阳。迅即西进，4月下旬以一部在翼侧策应。5月初，抢渡金沙江，摆脱了几十万国军的围追堵截，取得了战略转移中具有决定意义的胜利。由于执行了正确的民族政策，赤军顺利通过大凉山彝族区。接着强渡大渡河，飞夺泸定桥，翻越终年积雪的夹金山。6月中旬，与四方面军在懋功会师。
一、四方面军会师后，赤军以北上建立川陕甘根据地为战略方针，中央决定将两个方面军混合编为左、右两路军过草地北上。中央随右路军跨过草地，抵达班佑、巴西地区。8座全歼国军第四十九师约五千余人后，打开了向甘南前进的门户。9月张国焘率左路军到达阿坝地区后，拒绝执行赤色中央的北上方针，并要挟赤色中央和右路军南下。太祖等于9月10日急率第一、第三军（后组成陕甘支队）继续北上，夺取腊子口，突破国军渭河封锁线，经固原翻越六盘山，于10月19日到达陕北吴起镇（今吴旗县城），先期结束了长征。
在蒋军的重兵对鄂豫皖根据地围攻的情况下，赤二十五军和鄂豫皖省委按照赤色中央指示，于1934年11月从河南罗山县开始西移，在鄂豫陕边建立根据地，粉碎国军两次“围剿”。次年7月过陇东，9月与陕甘根据地的第二十六、二十七军会师，合编为第十五军团。第一、三军团到达后，与之合编为红一方面军。
在湘鄂川黔根据地的赤军二、六军团，于1935年11月从湖南桑植出发，转战湖南、贵州、云南三省，击溃国军的拦截，渡过金沙江，经西康、四川，于1936年6月底至甘孜，与张国焘率领的南下受挫的四方面军会师。二、六军团合组为二方面军。7月，二、四方面军共同北上，在一方面军接应下，10月先后在甘肃省会宁县城和静宁县将台堡与一方面军会师，至此，红军长征结束。
其间赤军经过11个省，翻越18座大山，跨过24条大河，走过荒无人烟的草地、雪山，行程约二万五千里，创造了人类军事史上的一个伟大奇迹。
赤军主力离开江西苏区长征之后，金钊便派兵进占了原赤军占据的闽西等地的数县，此时老蒋忙着追剿赤军主力，根本顾不上金钊，算是默认了金钊的行为，本来按照协定这些地方也是归属福建省政府的，至此金钊占领了除厦门以外的福建省全境。
此时金钊的第七路军已经完成了第一阶段的整编，全军共七个师，总兵力达到十一万人。但是为了防止，老蒋出尔反尔，再次进攻福建，金钊下令部队进一步扩编，各部队番号不变，但是每个师扩编到两万人。之前老蒋给的七个师的番号，只有三个甲种师的编制，其它四个师都是乙种师编制，金钊可不管这一套，全部扩编成了甲种师，而且比之中央军甲种师的兵力更多。即便如此金钊心里还是非常委屈的，老蒋不但不拨给