轩辕擎天本身进入到神雕副本里，快快乐乐的完成任务，可是谁知道超能游戏空间系统终于历经了一年多的时间，虐杀原型大场景总算是被系统给带入到地球来，只不过这个小地方，只能由轩辕擎天一个人进去闯一闯。 玩过虐杀原型的玩家大概都知道，虐杀原形这一款游戏的地域实际上是极小的，如果说面积，大概就是一个小岛差不多大，只不过就在这个小岛确实发生了一系列的严重事故。因为轩辕擎天解锁的原本是虐杀原形2，所以，作为虐杀原形一这个版本里面的dà_boss自然是存活在其中，至于轩辕擎天本身，实际上跟虐杀原型里面的主角并没有太大的联系，甚至这一次被系统强制的赶出来，主要就是因为次副本的解锁，导致轩辕擎天接下来的一系列的任务都全部取消，全力攻克副本位面再说。
虐杀原型一，主要剧情轩辕擎天了解过，游戏的主角（亚历克斯.默瑟）因被自己带出来的病毒感染，从停尸间醒来之后发现完全不知道之前做了些什么，然而突变的同时也获得了超乎常人的强大能力。当主角杀死路人或敌人时便可以吸收他们的记忆、能力，甚至能变成他们的样子。随着吸收被杀死敌人以及路人的数量不断增加，主人公的能力也会随之逐渐增强。最终将能够学会诸如将自己的身体变化成武器攻击或是硬化身体表面皮肤以抵御敌人进攻等神奇的能力。
病毒扩散首日。有人在纽约的释放dx—1118病毒。主角亚历克斯.默瑟的尸体在解剖台上苏醒。对 所发生的事情没有任何记忆。吞噬h追兵后得知吞噬生物能夺取其记忆，亚历克斯.默瑟记起自己有个妹妹，达娜.默瑟，并找到她。亚历克斯.默瑟试图回自宅寻找线索，向事件的原凶进行复仇，却正中黑色守望军事组织（h）的埋伏。逃离后回到妹妹达娜的住处。达娜告诉亚历克斯。她从亚历克斯的电脑中找到伊丽莎白.格林一个这个名字。亚历克斯进入k（一公司名，实为病毒武器研究公司）设施后遇见外表为19岁女孩的伊丽莎白.格林，与伊丽莎白.格林的对话中她自称是亚历克斯的母亲，这令亚历克斯百思不得其解，也从中了解到伊丽莎白.格林也与他一样为有特异能力的病毒集合体，却不料让其脱逃，造成曼哈顿区第二波病毒感染。
亚历克斯寻求前女友暨k员工。克伦.帕克（ pake）的协助。从克伦.帕克处了解到感染源来自两支不同的病毒株。这时核能航母uan抵达哈德逊湾（ bay），黑色守望组织提高了动员层级。黑色守望组织在市区内大规模部署病毒侦测装置。而k主席雷蒙德.麦克穆兰向黑色守望组织提供可消灭亚历克斯.默瑟体内病毒的病原体。亚历克斯.默瑟扰乱病毒侦测装置，意图接近麦克穆兰，结局以失败收场。此时克伦.帕克发现了此亚历克斯其实并不是真正的亚历克斯而是生化病毒武器－原形体（ype），克伦.帕克因此背叛了亚历克斯.默瑟。亚历克斯中了陷阱，亚历克斯.默瑟被黑色守望组织的队长罗伯特.荷斯（obet coss）注入病原体，丧失部分能力。并逃走了。病原体开始寄生并侵蚀亚历克斯。亚历克斯前往圣保罗医院。找上同为前k员工的拉格伦（agland）医生，请求他的协助。亚历克斯与拉格伦医生渗透进军事基地，调查病毒感染者的遗体。利用（一种变异怪物）作为培养体，拉格伦医生成功制造出对抗病原体的抗体，亚历克斯恢复原先的能力并成功进化。此时达娜却被不明绑走。曼哈顿感染程度持续上升。
亚历克斯为寻找妹妹，制服并吞噬头目。进一步找出绑架达娜的变种，将其吞吃后获知达娜的所在。亚历克斯利用军方的火力。进入核心巢穴并寻找达娜。 核心巢穴的中心，是黑光计划病毒（blacklig）的核心带原者伊丽莎白.格林。亚历克斯将抗体注入伊丽莎白，却被伊丽莎白排出体外，并形成之王，而亚历克斯并不知道。亚历克斯成功救出达娜，但她陷入昏迷。亚历克斯把达娜交给拉格伦医生保护。这时一名身分不明的神秘人向亚历克斯透露黑光计划病毒的起源与释放病毒的人其实是他，并告诉他伊丽莎白未死。同时，军方从空中散布病毒抗体x，并引入使用病毒技术制作而成的超级士兵。军方进一步在地面部属x散布装置。出于自保，亚历克斯企图颠覆x的散布行动。而这时亚历克斯从神秘人处得知军方打算利用特殊泵将x打至地底，消灭躲藏的感染体。神秘人要求亚历克斯伪装成士兵进行护送利用这东西引出伊丽莎白。特殊泵就位，并开始工作，大量的与hyda感染体从地底涌出。躲藏在地底下的伊丽莎白.格林被逼现身，被亚历克斯击杀并吞噬。
伊丽莎白.格林已被消灭，亚历克斯再次企图摧毁x的生产设施，佯装失手后与k主席雷蒙德.麦克穆兰对质。麦克穆兰为了不让亚历克斯夺取记忆，举枪自尽。亚历克斯的匿名连络人身分揭晓，他是黑色守望组织的队长－罗伯特.荷斯。军方开始撤离纽约市，并打算在市区引爆核弹以消灭病毒。亚历克斯开始追踪地面部队的领袖。亚历克斯将抗命逃亡的士官伊恩.塔格特（ian taggat）吞噬掉。亚历克斯变化为塔格特的外观，与罗伯特.荷斯两人成功登上哈德逊港外的uan航母。亚历克斯吸收了主导者彼得.兰德尔（pete andall）将军。由于军队领袖与感染核心伊丽莎白.格林都被消灭，扮成罗伯