随着时间一点点的消磨，最后跟着倒计时，轩辕擎天，以及携带的三名手下，酒香儿，花香儿，和饭香儿一起化作一道亮光，消失在原地不见了踪影。
玩过虐杀原型2都清楚，开局讲的是j哥原本有个温馨的小家庭，过着老婆孩子热炕头的幸福生活,但是这一切都被所谓的“莫瑟病毒”的爆发被打破，在海外服役的j哥回家后发现妻女已经被感染病毒的市民所杀，于是j哥认定阿历克斯?莫瑟（也就是被大家所熟知的a哥）为罪魁祸首，发誓要干掉莫瑟报仇。
时间的慢慢推移，并没有因为轩辕擎天他们的到来打断任何剧情，而轩辕擎天和手下的三个女人也不清楚现在自己到底在哪里，于是分头行动。
还好，超能游戏空间系统并没有太恶俗，将轩辕擎天他们带过来就扔到红色被生化生物占领的区域，而是红色区域曼哈顿附近的岛屿上面，也算是不太危险。
而另一边，j叔在目睹莫瑟干掉一架黑色守望者部队的武装直升机后j哥惊呆了，而就在此时一只巨大的变异怪物破土而出，剧情就此拉开，只不过这个时候却不是玩家操纵，也不会有无数条生命复活来供j叔完成任务，获得进化点了。一切的一切都要靠自己的身手和反应能力躲过眼前的巨大危险。不过，显然，本色出演的j叔对这些情况丝毫不乱阵脚，一个加速奔跑躲避掉怪物的攻击。
然而。好不容易躲过怪物的攻击，j哥躲到废墟中刚想喘口气，一只体形较小的怪物从天而降，扑倒j哥。张嘴就咬，身为老兵的j哥很熟练的拔出匕首，猛地刺向怪物，几个来回就干掉了怪物。干掉怪物后j哥找到莫瑟，但不敌实力强悍的莫瑟，并且被莫瑟在体内注入了“莫瑟病毒”，于是j哥就被黑色守望者部队带回了简泰克公司当实验用的小白鼠了！
一切的一切慢慢的延伸，剧情开始展开。被抓走的j哥刚一清醒就面临着数之不尽的感染体，情况非常的危机。
而刚刚进入到游戏位面的轩辕擎天没过多久就接到了游戏主线任务，不过看到这个主线任务的时候轩辕擎天差点没有摔桌子破口大骂。
系统提示：主线任务一：天启者必须获得“亚瑟病毒”。选择条件一：杀掉实力强大的a哥。获得母体病毒。获得母体病毒之后。天启者化身为a哥，阻止j哥所采取的一切武力报复，并且在最终决斗的时候。杀掉j叔。选择二：半个小时找到被抓进实验室的j个，然后吞噬掉宿主基因，并以j哥的身份完成一切属于j哥的任务。
尼玛，可以说两个选择都非常的操蛋，但系统提示已然成为了定局，实在是操蛋不已。将消息共享给手下之后，智囊花香儿给出了轩辕擎天最好的选择。
吞噬j哥，选择第二选项大的原因有三：第一，j哥刚刚获得病毒体，并没有足够的成长。第二。j哥本身就是退伍的老兵，实力方面即使是病毒体附身，也不算特别厉害。第三：现在的a哥处于各方面状态最强的时候，不建议选择，否则有生命危险。没得办法，轩辕擎天只能悲催的听取了花香儿的建议，独自一个人前往目的地。
至于说现在花香儿三人的任务，就是将游戏位面所有任务，生物，生化怪兽，机械，等增幅之后的威力做一个统计，然后依次给予轩辕擎天任务上面最好的建议。
而轩辕擎天自己，早在超能游戏空间系统给出自己任务的时候，就标记了j哥和a哥的方向标，轩辕擎天毫不犹豫的朝着j哥所在的实验室狂奔而去。
被抓住的j哥命运自然是不怎么好，鲁克斯上校认为j哥是个潜在威胁，他不希望再有另一个莫瑟跑来跑去。鲁克斯上校算是一个贯穿整个剧情的人物。在虐杀原型里面，一名黑色守望的指挥官，前期非常嚣张，压根就不知道死字怎么写，明明自己就是个普通人，helle（j哥）变成黑色守望的士兵时常常接到他的命令，而他每次下达完命令都会来一句：“要是遇见helle，直接把他干掉”。他在游戏中的作用就是helle吸收莱利中尉后，基本上变成了helle的情报员，在又一次接触中helle决定把他干掉时，突然发现他也是一个和自己一样有血有肉的军人，有自己的女儿，而且非常爱她，就冲这点逃过了一劫，到后面还帮助helle拯救了女儿。
不过对于鲁克斯上校的命令科尼博士不怎么赞同，他感觉j哥还有利用的价值，只不过，显然科尼博士的话没有起到任何决定性的作用，因为鲁克斯上校已经挥着手下达了命令。
科尼博士在虐杀原型里面也算是任务角色，刚开始被helle当做简泰克的成员抓住，表现得十分怕死，自称自己也反对简泰克和黑色守望的行为，为了活命愿为helle鞍前马后，成为helle的内应，经不住helle的试探露出本来面目。原来他和helle一样，都是进化人，为alex效力，却并非真心，科尼由于某种目的要致helle于死地（不是alex的命令，也许是想让自己更强大），可是他低估了helle的成长能力，很快被今非昔比的helle干掉了。
清除指令一经发出，火焰过后被烧焦的j哥杯具的躺在了地上！而已经在几分钟前悄悄吞噬一个警卫的轩辕擎天却是凭借着文卫卡走了进来。
被火烧的一幕之后，轩辕擎天渐渐的从侧门走了出去，没有任何动作。显然，轩辕擎天并不像在这里就动手，毕竟这里是重兵把守的军事基地，绝对不是说