按照设计，淮河穿黄工程共包括四个涵洞，上游连接洪泽湖上的高家堰大坝，下游则是被苏昊称为“苏北灌溉总渠”的入海通道。
在平时，四个涵洞只需要有一个开放，就可以实现淮河水的下泄。在洪泽湖水位不高时，高家堰大坝可以不开闸，从而使洪泽湖起到蓄水的效果。在干旱季节，打开高家堰大坝上的水闸，洪泽湖水可以通过穿黄涵道进入苏北灌溉总渠，为淮安府的数百万亩农田提供灌溉。
到了雨季，高家堰大坝可以同时开启多个水闸，同时四个涵洞也全部开放，帮助洪水下泄。苏北灌溉总渠的通过能力是按照几十年不遇的洪峰流量设计的，因此洪水能够顺畅地排入东海，不会对淮安府造成危害。
有了穿黄工程之后，洪泽湖就不需要再为了能够下泄入海而维持一个高水位了，这样上游的泗州、凤阳等府都将不再受到洪水威胁，困扰淮河中下游多年的水患将得到极大的缓解。
潘季驯治河多年，一直困扰他的，就是黄、淮、运这三者之间互相牵制的问题，最后不得不为了保运河和黄河，而牺牲淮河。穿黄工程的修建，一举解决了淮河的问题，下一步潘季驯只要平衡黄河与运河之间的关系就可以，这比过去同时面对三条河的问题，就要简单得多了。
除了这些治河方面的好处之外，这四个穿黄涵洞的修建，还有另外一个小小的影响，那就是平常不开放泄水的那三个涵洞，可以作为百姓跨越黄河的人行通道，黄河两岸的货物和人员交流就更为便利了。
“苏主事提议，咱们可以在涵道口设一个钞关，收取过路费，每趟2文，这些钱可以用于补贴河道工程的花销。”马玉硬着头皮把苏昊出的鬼主意说了出来。
“胡闹！”潘季驯下意识地斥道，“这不是与民争利吗？本督如何能做这样的事情？”
马玉道：“潘总督，苏主事说，他了解过，现在百姓要过黄河到对岸去办事，每次需要付船资10文。若是从我们的涵道里通过，每次付2文，也是极其节省了，他们肯定会感念大人的恩典的。”
“是吗？”潘季驯想了想，忽然笑了起来：“这个说话倒也不错，反正过去百姓过河也要花钱，现在让他们少花一点，也算不上是与民争利了。这样吧，广平，等涵道修好之后，你安排人去设这个钞关，至于收上来的钱，河道上也用不着，就拿给看护涵道的兵将们，让他们补贴补贴膳食吧。”
“明白！”熊恩正爽快地应道。
“这个苏改之啊，脑袋里都装的是什么东西，这点蝇头小利，他也能看在眼里。”潘季驯面含微笑地说道。
“改之兄一向擅长全盘考虑问题，不像下官这样，只懂得工程，不食人间烟火。”马玉惭愧地说道。
“不食人间烟火也不行，若是不知民间疾苦，这样的官也不会是好官。”潘季驯说道，说到此，他忽然想起一事，便小声地向马玉问道：“对了，马玉，苏改之有一次曾对本督提起，你们工部那几个在河道上管役夫的典吏，有贪腐之嫌，他说先放一放，日后再找他们的麻烦。现在苏改之到淮安也快有半年光景了，此事他打算如何处置啊？”
“此事下官所知有限，不过听改之兄的意思，似乎已经在做准备了。他说，等到准备好了，自会向潘总督禀报。”马玉答道。
“哼，我就知道他弯弯肠子多，怕是担心本督嘴不牢靠，泄漏了他的大计吧？”潘季驯愤愤然地说道。
马玉不敢回答，只是在心里哑然失笑。能够让潘季驯屡屡心生恼火的人，在整个大明恐怕也找不出几个。潘季驯嘴上骂得越凶，其实说明他对于苏昊越是看重，寻常之人，想让老潘骂几声还没这个资格呢。