惠帝即位后，采纳齐泰、黄子澄等人的建议实行削藩，为了对付拥有重兵的燕王，惠帝召回了镇守开平的北平总兵杨文，准备授予他新的军事任务。燕王朱棣先发制人，在北平起兵“靖难”，并很快控制了北平城，朝廷任命辽东镇将长兴侯耿炳文为征虏大将军，“自辽东率众二十万援真定”。不久，又命安陆侯吴杰、江阴侯吴高、都督耿等人分道并进，协助征讨。江阴侯吴高乃江阴侯吴良之子，此时接替耿炳文镇守辽东，而杨文则成了他的副手。杨文多次随吴高“出师攻永平”，尽管都被燕军击退，但因辽“为肘腋重地”，“藩屏攸赖”，故杨文等人的行动牵制了燕军的后方，支援了南部明军的行动。
辽东兵的进攻着实让朱棣非常忧虑，他对部下说：“辽东虽隔山海而数扰永平，当思所以靖之。”为了解除后顾之忧，朱棣决定除掉吴高，他认为：“吴高虽怯而行事差密，杨文粗而无谋，去吴高则杨文不足虑矣。”于是朱棣设计离间二人，“朝廷果疑吴高，削其爵徙广西，独命杨文守辽东”，史载，从此辽兵“兵无纪律，人怀疑贰”，战斗力大为削弱。
杨文代吴高镇守辽东以后，继续率辽东兵进攻燕军，杨文两次帅兵围攻永平，都以失败而告终。明廷命令真定、大同、辽东三路出师进军北平，杨文以“万人”再次围攻永平，并“出游兵万余掠蓟州、遵化”等地。由于同其他两路明军缺乏配合，辽兵为燕将刘江大败，被“斩首数千级”，“指挥王雄等七十一人皆被执”。为了从心理上瓦解辽东兵的士气，也为了争取杨文的归附，朱棣将被俘的广宁卫指挥王雄等人释放，并让他回去告诉杨文，他起兵是为了所谓的“诛奸臣，救祸难，保全骨肉，以安天下”，朱棣企图以此来换取杨文的理解和支持果然，此役之后燕王即接受属下建议，决定趁“京师空虚”出师南下，直取南京。
然而，杨文并没有降燕之心，只是在受到这次重创之后，他被迫改变了进攻方向，杨文派“右副总兵平安帅辽东兵十万围燕通州”，未能攻克。平安再次进攻通州又败，同年四月，“辽东诸将围燕保定，积四十日不克，乃还”。燕军已经渡过黄河进入凤阳府境，情急之下惠帝用齐泰、黄子澄之策，“命辽东总兵官杨文将所部十万”，至济南与山东布政使铁铉合兵，以断绝燕军后路。杨文率军前往济南，时靖难兵南下，杨文“帅至直沽，遇燕将宋贵等截杀，遂溃，竟无一人至济南者”，杨文也在这次战役中被俘。
杨文在直沽兵败被俘，从而宣告了他38年军事生涯的结束，明成祖即位后“怜其开国老将，得不死”，永乐四年病故，享年约57岁。鉴于杨文开国有功，后人将他同开国功臣安庆侯仇成、广德侯华高等人奉入功臣祠供奉，可见，杨文在后人心中的地位并没有因为“靖难之役”时的兵败而降低。