但朱由检没让周遇吉与所部军士出现在殿内，而是藏在了殿后，以免被张缙彦等准备投靠李自成的官员发现自己增加了兵力而都不敢反对自己南迁，而使得自己找不到抄家的理由。
这还是朱由检第一次上朝，但他现在还没有心情去仔细体验上朝的感觉，只是让司礼监秉笔太监王承恩直接宣布了自己要南迁的旨意。
“……朕有愧于北方子民，然闯贼势大，建奴入关如入自家内苑……为将来振兴中华计，不得不南狩以待时机，他日必将北伐，以复北境，告天下北境臣工军民，朕允诸位自离家园，迁徙南方，仍为大明子民，若不愿南迁者，非大明食俸之士，将来复土不追其罪……免天下三饷，并准地方有能为者自办团练，以守御家园……”
王承恩念完后，文武官员们十分惊讶，他们都没想到皇帝陛下会突然下旨要南迁，而且还免除了三饷。
朱由检本来想带着皇宫内眷和周遇吉等偷偷离开京城的，这样无疑更安全点。
但朱由检想到他作为大明皇帝有责任让全北方的士民知道自己的去向和打算，也有必要让世人知道自己这个皇帝还在，而且已经去了南方，以避免将来满清入关侵占中华时，而导致群龙无首。
所以，朱由检最终决定还是明旨宣布自己要南迁的消息，并要求将自己的圣旨内容在自己撤离后张贴于京师城门各处以及让各省地方官将圣旨内容张贴于各地城门。
但同时，朱由检也借着此次下达南迁的诏书免除了他即位以来因为辽东战事与剿匪加征的三饷，以避免贪官污吏再借此机会盘剥百姓，加剧内部阶级矛盾，也避免将来满清入关后借此施恩于民，进而收取民心。
而且，朱由检还准许民间办团练，发展地主武装，也算是避免将来他这个皇帝依旧败了后，还有更多的汉家儿郎有力量与建奴对抗。
但朱由检这圣旨一宣布后，文武官员皆很惊讶，也很意外。
张缙彦首先站了出来：“陛下，不可南迁啊，天子守国门，君主死社稷，陛下岂能做逃亡君主！何况，如今闯贼只流窜于陕西，而未威胁京师，是故，臣建议陛下启用成国公朱纯臣为京营提督，守宣武门，招募兵马，整顿京营，如同当年整顿京营建勇士营而击退建奴一样！”
朱由检冷眼看着张缙彦，没有理会这个已决定投靠李自成的叛臣，只问着其他大臣：“还有要阻止朕南迁的吗？”
这时候，成国公朱纯臣站了出来：“陛下！臣认为大司马所言甚是，臣愿召集兵马，为陛下守城！”
紧接着，其他官员也有很多站出来吩咐附和，阻止崇祯帝南迁。
朱由检则道：“非朕想南迁，而是时运如此，留得青山在不愁没柴烧，朕他日必会重夺京畿，也非朕一人南迁，而是北方臣民尽皆南迁！朕意已决！诸卿不必再议。”
“陛下！”
这时候，张缙彦突然大喝一声，然后站了出来，露出其本来面目来，冷笑着问道：“陛下真以为你能南迁吗？”
朱由检淡淡一笑：“你还能阻止朕？”
“陛下现在京城中所遗禁军不过三千，而有这三千禁军尽皆掌于臣与成国公之手，臣与成国公不同意，陛下真以为你出得了京城？”
兵部尚书张缙彦说道。
与此同时，成国公朱纯臣也站了出来：“请陛下收回圣意！”
“怎么，这闯贼还没打进京城，现在大明就已经不是朕说了算了？”
朱由检见此冷言问了一句，拳头捏得很紧。