申时行当即便跪下道，
“君命崇严，皇上所赐之左柱国及诰命，臣不敢渎辞，至于三俸兼支、部宴再赐，则臣愚犬马心有万不能安也，国家设官分职，皆有常禄，或因事酬劳，则有加俸，然未有兼支矣。”
“而臣先以三年考满，奉旨加支正一品俸，续以《会典》书成，奉旨兼支大学士俸，本朝故事，阁臣惟九年考满，乃得赐宴礼部，而臣当初考，即奉特恩，不啻优礼过甚矣。”
“今灾伤迭见，饥馑日臻，太仓之积贮日亏，光禄之供应大窘，似此冗食冗费，宜首加裁节，为天下先，且民方啼饥，而臣益禄，民方哀鸣嗷嗷，而臣饮食衎衎，下之不能佐百姓之急，上之不能分圣主之忧，则何以称弼臣、居表率乎？”
“况勋诰禄荫，臣之所受者多，俸宴二端，臣之所辞者寡，望皇上俯垂鉴察，将兼俸、部宴允臣所辞，则皇上信臣之深，荣于三锡，待臣之厚，重于九迁矣。”
申时行这么一跪下来，朱翊钧心里就跟着那么一突，他实在是个太重视自尊与人格的好人，任何一点超乎平等的厚待礼节都只会让他感到在受洋罪。
朱翊钧在受了近一年洋罪之后，终于发现封建社会的人民本质上都是蔑视自尊的，只要他们的自尊替他们受了罪，那其他的罪就可以免受了。
因此在这一点上，朱翊钧虽然贵为天子，但始终处于人民的下风，毕竟一旦人可以蔑视自尊，随那被蔑视的自尊去受罪了，此人便已是战无不胜，永久地立于不败之地了。
现在申时行就用这种轻蔑自己的方法站到了朱翊钧的上风，于是朱翊钧只得道，
“先生何妨？船政积弊甚多，理应著实整顿，若是再因循违误，却不知责归何处？”
朱翊钧说到“著实整顿”这四个字时，未免申时行跪伏在地看不见自己认真的神色，还格外用力地加重了咬字音节。
申时行回道，
“船政河漕，为国家命脉所关，每岁漕粮，以两运京仓，一运通仓，京仓收十之四，通州十
之六，是故京仓为天子之内仓，通仓为天子之外仓。”
“近年以来，宗支益盛，官爵益多，灾伤益重，一应供奉上用、京军布花、外夷赏赐、京官俸禄、京民赈济、食粮边方，此等急务皆取办于京仓。”
“然漕之法，水运则有江河风涛之险，陆运则有飞挽负驮之劳，其动众不盈万不足以致利，臣以为，京仓系军国之急需，万姓之命脉，若要整顿船政海漕，则必先著实京通二仓之国用漕储。”
朱翊钧想了一想，觉得申时行的提议也没甚么毛病，自己坚持把漕运改成海运的目的是为了减轻百姓负担和发展海贸，内阁却还是要维持漕储稳定的，
“先生所言甚是，朕闻民间有论漕粮言，三月不至则君相忧，六月不至则都人啼，一岁不至则国有不可言者，兴船政而察漕粮，乃理所应当之事。”
朱翊钧觉得自己已然将话说得如此明白，足以打消申时行所有的不安之念了，毕竟万历朝上一个能“兼支尚书俸”的总裁辅臣是张居正。
不料申时行却继续道，
“京通仓厂乃钱谷之要也，实皆户部职掌，顷者添用内臣，至今皆内官主之，实于国计无裨。”
“祖宗朝设尚书、侍郎总领天下财赋，督察委之，台官放收属之郎署，当时不闻内官与事，法至善也。”
“宣德间京通二仓暂设总督、监督二员，其后复增至二三十员，创设中瑞馆处之，冗滥积弊，实为国家大蠡。”
“至皇祖世宗诏书裁革二仓内使至二十七员，又罢中瑞馆，尽取其余人代还内府供役，及临清、徐、淮监督之使，一切罢用不遗。”
“臣等惟人君法令，所以行诸天下而人莫敢不遵者，皇上登极之初，裁革各仓监收内官，后虽稍增于前，旋纳言官之谏，令今后俱依成化二十三年裁减事例，官省事简，一时传诵以为美谈。”
“不意近年复有内官之命，大与前旨相反，弊甫革而复生，令方行而自沮，诚为可惜。”
“且京通二仓原设止总督一员，监督二员而已，当时各治其事，未见废坠，后虽渐加，无益有损。”
“臣素闻，生一事则有一事之害，增一官则有一官之费，况人品不同，执勘者误事，贪婪者侵削，亲信者恃势求索，无所不至。”
“皇上以为内官忠实可用，例不可废，则每处置一二辈足矣，然今各处仓廒场库，少者五六辈，多者二三十辈，作奸索赂，虚名冗食，其弊尤甚。”
“夫‘一虎十羊，势无全羊’，何况十虎一羊也？臣窃计今事之势，内官者，乃皇上之腹心之病也，今皇上诚欲腹心安，则莫如铲内官之权也。”
朱翊钧这才恍然大悟，原来申时行绕了那么大一个圈子，就是想要皇帝把从宣德年间以来的监仓太监给革了，把漕粮处置权全数交还到户部手中。
其实晚明宦官对漕运仓储与钞关的掠夺，都是为了取悦皇帝，将所强取的钱财供奉于宫廷，因此晚明的宦官看起来是在作恶，但实际上很大程度上是在专为皇帝作恶。
所以申时行表面上是在说宦官掠夺太多，实际是在劝皇帝少从漕粮处索取一些，皇帝带头用得少了，漕粮富裕了，漕运转海运的工作就好办了。
不得不说，朱翊钧这近一年的皇帝没白当，申时行的话一入他的耳朵，就自动转成了万历皇帝所理解的那个意思