八木丰信被突然击毙后，八木丰信所部的山名军顿时乱作一团。和他对位的正是雨秋殇和井伊直政，两人毫不留情地发动反击，一举将八木丰信所部击溃。而直江登平也没有闲着，继续把炮口调高，对着吉冈定胜所部开始轰击。虽然在这样的距离上，想直接轰击马印的精准度是有些勉强，但是实心弹的乱射还是给吉冈定胜的部队带来了极大的混乱。不久后，这个山名家第一猛将也被迫败下阵来。
随着吉冈定胜和八木丰信两部退出战场，山阴联军的阵线已经断裂得再无章法可言。最南边的韧井教业所部率先被席卷而来的雨秋殇和井伊直政夹击，匆忙带着稻井城下的辅兵们一起乱哄哄地后退进入了稻井城里，途中不少人自相践踏，战死投降者无数。赤井直正在危机下匆忙调整阵型，挡住了久武长贺包抄过来的侧击，试图稳住局面。
就在这时，从东边的山路上，忽然杀来了一堆打着水色桔梗旗帜的骑兵——正是明智光秀的旗本队。只见明智光秀身先士卒，率领着部下直冲山阴联军北部阵线的背后。赤井直正分不出人去抵抗，率先遭殃。紧接着被波及到的，就是一色义道的部队。赤井直正和一色义道所部在三面夹击下先后败退之后，更北边的太田垣辉延和山名佑丰率领的山名军已经意识到大势已去，纷纷整顿部队退出战场，向着北边园部城方向的山路逃去。他们一撤可倒好，直接就把一色义道和赤井直正的后路卖给了水原子经和新显成亮。水原子经和新显成亮快速前插，堵住了一色义道和赤井直正所部的退路，将他们逼向了东边的山地。
走投无路的一色军和波多野军士气彻底瓦解，先后宣告崩溃。赤井直正在乱军中杀出一条血路，逃入了东边的深山里。而一色义道却没有那么走运，在乱军中被水原子经所部的两个足轻擒获。一色义道、赤井直正所部的溃兵，大多数也只得举手投降。
大获全胜的雨秋平立刻转而率军向南，汇合了从山路里姗姗来迟的明智军，对稻井城发动了总攻。直江登平直接调转了炮口，朝着稻井城内的天守阁轰击。不久后，天守阁的三楼就被火炮轰塌。无心再战的荒木氏纲、芦田国住率领大量人心惶惶的辅兵向雨秋平投降，而韧井教业则趁乱率军从稻井城东门突围，向着丹波国的山区逃去。
攻克稻井城后，雨秋平立刻让所部开始在附近的山区里追击和搜索溃兵。吉冈定胜躲在山谷里试图重整部队，被新显成亮发现后直接击溃，吉冈定胜孤身弃军潜逃，不知所踪。而赤井直正则在逃亡中不慎甩下马来，被随后赶到的常磐备骑兵俘获。韧井教业的运气要比赤井直正好上不少，虽然所部被追击而来的毛利贵志击溃，但是韧井教业却趁乱逃走。毛利贵志手上没有骑兵，没能追上他。
3月7日傍晚，稻井合战宣告结束。总人数16000人的山阴联军全军在明智光秀所部没能到场的情况下被雨秋平的红叶军击溃。八木丰信阵亡，一色义道、赤井直正、荒木氏纲、芦田国住被俘。山阴联军16000人中，跟着山名佑丰逃向园部城的只剩下3000人不到，粮草辎重也尽数失去。大量安置在稻井城的辅兵都被红叶军俘获，人数上万，以至于明智光秀不得不紧急从后方调配粮草来安置如此之多的俘虏。