当然，这样大规模的征服，是一把双刃剑，虽然使得埃及帝国的版图不断的增加，却是让其内部矛盾重重，无论是国内的阶级矛盾还是被征服地区的民族矛盾，都变成了火药桶。
这是一个在历史上空前强大的奴隶制国家，在埃及帝国之前，尚且没有出现过如此好战如此强大的奴隶制国家，为了解决内部这些问题，埃及帝国使用了总督这个办法，图特摩斯三世非常的聪明，他每攻占一个地方，就会在这里派遣总督，与这里原先的统治者合作管理。
同时，他会将这里统治者的孩子带到埃及，用埃及的方式来教育他们，让他们变成“二鬼子”，再放他们回去继承当地的统治权，然后，这里就变成了埃及的忠实傀儡。为了更好的进行统治，埃及帝国扩大了统治阶级，原先的官吏是从王室里挑选的，这个时期是从贵族以及法老子弟里选出来的。
这当然也导致负责祭祀的神职人员们的势力不断的增加。
古代埃及君主专制的最显著特征，是王权同神权的联盟。国王利用祭祀来增加自己的统治神圣性，而祭祀则是利用国王来谋取利益。在新王国时期，也就是埃及帝国时期，这种联盟却出现了破裂，当时的主神是阿蒙神。在埃及帝国不断胜利的时候，祭祀们将这种胜利都放在了阿蒙神的庇佑之上。
阿蒙神庙的势力越来越强大，开始插手国王的继承问题，甚至勾结贵族，成为国王的反对派，国王对阿蒙神庙忍无可忍，终于，在图特摩斯四世的时候，他抬出了一个古老的神。
那位神叫阿吞，他的形象是一个太阳圆盘。
甚至也一度抬出了古老的拉神。
随后继位的阿蒙霍特普四世，则是用了更加激烈的办法，他直接废除了对阿蒙神和其他一切神的崇拜，只准崇拜阿吞神。他将国王的名字改为阿赫那吞，取义为阿吞神的光辉，全力攻击阿蒙神庙。改革初期还是很顺利的，可是，在他死去之后，改革就失败了。
主要还是这样的改革对底层劳动人民没有任何利益，负担更加沉重，没有得到拥戴和支持。
随后，国王就彻底与祭祀们捆绑在一起，对祭祀就更加依赖了。
在接下来，为了转移内部的矛盾，埃及帝国直接将目光放在了强国赫梯身上，两个战狂国相遇了，互相殴打了一百年，两个国家都算是伤亡惨重，双方都无力再战，不过埃及帝国算是吃了不小的亏。
直到阿蒙神庙的祭祀篡夺了王权，埃及第20王朝终结，也标志了新王国时期的结束。
古埃及文明是一个灿烂的文明，他们创造出了自己的文字，我们甚至找到了很多古埃及人所写的文学著作，有小说，诗歌，神话，传记，战记等，而他们在应用科学领域，在天文，历法，医学，数学，建筑等方面也有巨大的贡献。
古埃及人将一年分为三季，没季四个月，共12个月，每个月30天，共360天，第12王朝的墓里发现了43个星座图，《艾贝尔斯纸草》里有900多个医治疾病的处方...堪称是人类文化宝库里的一个瑰宝，同时也是整个人类文明的一个重要组成部分。
不同的文明，有着不同的魅力，而它们，都是人类的无价瑰宝。