“邠宁、凤翔兵追逼乘典，败神策指挥使杨晨于潘氏，枉鼓之声闻于行宫。田令孜奉上发宝鸡，留禁军守石鼻为后拒。置感义军于兴、凤二州，以杨最为节度使，守散关。时军民杂揉，锋摘纵横，以神策军使王建、晋晖为清道斩祈使，建以长剑五百前驱奋击，乘舆乃得前。上以传国宝授建使负之以从，登大散岭……三月以严遵美为内枢密使，遣王建帅部兵戍三泉，晋晖及神策使张造帅四都兵屯黑水，修栈道以通往来。”
田令孜失势后，杨复恭成为左神策军中尉。神策新军在其领导下保持了较高的效率和战斗力。神策军在杨复恭主政时，其多以假子担任都将、地方刺史，如杨守贞为龙剑节度使；杨守忠为洋州节度使；杨守信为玉山军使；杨守亮为金商节度使等。这时的神策新军对于在京瓷地区的动乱还是有一定的抑制力的。“六月，以扈跸都将杨守亮为金商节度、京歌制置使，将兵二万出金州，与王重荣、李克用共讨朱玫。”在此战中，保銮都将李挺，扈跸都将李茂贞在凤州击败邠州军，这加速了邠州军的分化，使王行瑜在光启三年正月反正诛杀了朱玫。同年六月，神策新军讨伐凤翔李昌符，后以李茂贞为凤翔节度使。
“天威都头杨守立与凤翔节度使李昌符争道，麾下相殴，帝命中使谕之，不止。是夕，宿卫皆严兵为备。己酉，昌符拥兵烧行宫，庚戌，复攻大安门。守立与昌符战于通衡，昌符兵败，帅麾下走保陇州。杜让能闻难，挺身步入侍。韦昭度质其家于军中，誓诛反贼，故军士力战而胜之。守立，复恭之假子也。壬子，以危驾都将、武定节度使李茂贞为陇州招讨使，以讨昌符。”
李晔继位后，由于杨复恭把持朝政，假子布于天下，李晔对其甚为猜忌，对神策军系统也加以分化。龙纪元年，李晔赐杨复恭假子杨守立李姓，改名李顺节。后又提升其为天武都头、领镇海节度使，后加同平章事。以李顺节对抗杨复恭，加以分化神策军内部。同时，李晔对禁军大肆扩充，其人数一度达到十万。但这些军士多为市贩，不能一战。后又借讨伐河东之名将神策军的统军权交由宰相张浚。“张浚帅诸军五十二都及邠、宁、郁、夏杂虏合五万人发京师，上御安喜楼饯之。”但此次出兵，战前换帅，张浚素与神策军毫无瓜葛。杨复恭手下的这批假子怎能为张浚所用，加上对手李克用沙陀精骑兵雄天下，故而王师大败，军队损失殆尽。
李晔对杨复恭的猜忌并未因神策军战败而减少。大顺二年，李晔出杨复恭为凤翔监军，杨复恭拒不领命请求致仕。他致仕后李晔认为其谋反，从而引发了神策军内部的火拼。
“乙酉，上御安喜门，陈兵自卫，命天威都将李顺节、神策军使李守节将兵攻其第。张绾帅家众拒战，守信引兵助之，顺节等不能克。丙戌，禁兵守含光门，俟其开，欲出掠两市，遇刘崇望，立马谕之曰：‘天子亲在街东督战，汝曹皆宿卫之士，当于楼前杀贼立功，勿贪小利，自取恶名。’众皆曰：‘诺。’遂从崇望而东。守信之众望见兵来，遂溃走。守信与复恭拿其族自通化门出，趣兴元，永安都头权安追之，擒张维，斩之。复恭至兴元，杨守亮、杨守忠、杨守贞及绵州刺史杨守厚同举兵拒朝廷，以讨李顺节为名。”
杨复恭出走后，李顺节又骄横过度，出入以兵相随。遭到了当时左右神策中尉刘季述和西门君遂的猜忌，二人将李顺节斩于银台门。其部下天威、捧日、登封三都大掠永宁坊。景福元年三月，左神策军勇胜三都都指挥使杨子实、杨子迁、杨子钊三人均为杨守亮假子，其知杨守亮必败，遂率其众两万余人降于王建。同年四月，因李顺节的继任者贾德晨对李顺节的死颇有怨言，使得右军中尉西门君遂对其痛下杀手，贾德晨死后，天威军数千骑投奔李茂贞。
从大顺元年开始到景福元年仅三年时间，神策新军便遭受了讨伐河东之败王师损失殆尽；杨复恭致仕使得玉山军与其他神策军火并；天威军李顺节被杀，神策天威、捧日、登封三都作乱；左神策勇胜三都投降王建；继任天威军都将贾德晨被杀，数千骑投奔凤翔。三年来，神策新军可谓是元气大伤。但李晔此时却要以神策军为主力讨伐李茂贞，这无疑是对神策军毁灭性的打击。
这次讨伐凤翔镇的大败，对于神策军来说是一次致命的打击。凤翔李茂贞、邠州王行瑜等看到中央权势己荡然无存，其政治野心大大增强，欲行挟天子以令诸侯之事。遂有乾宁二年王行瑜、韩建要求割神策军镇于己之事；王行瑜、李茂贞领兵进京之举。进而发生的凤翔军与邠州军为争夺李晔而进行的战斗中，神策新军被打得措手不及，几乎没发挥作用便被击溃，只有捧日和护跸二都前来护驾。故而李晔在重组禁军时将军权交由诸亲王手中。
李晔重组神策军并以亲王典军，可见李晔身边已无可信之人，但重组之军又败于李茂贞，仅余两万余人。李晔