此时双方已打乱了套，你中有我，我中有你，搅在一起，阵营犬牙关错，将官找不到兵，兵也找不到将，最后成了各自为战，农民军是冲出一段算一段，而官军，则是尽可能多的杀死他们。
前军已损失得差不多了，高迎祥拔出宝剑，带着中军，亲自冲锋。这支中军是他的精锐人马，有不少的重甲骑兵，此时这些骑兵下了马，挺着长矛，仗着身上的重甲，不怕刀枪，排成一队队的，向前杀过来。
孙传庭看得清楚，他知道，高迎祥必在这支人马当中，于是下令吹号，全歼这股精兵。
他手下的大将沈周得了号令，也带领着精兵，从后面冲过来，迎头挡住高迎祥的人马。
这支官军精兵，一手挺着铁盾，一手抡着铁锤，排成阵线，死守不退，高迎祥手下人马的长矛刺不破铁盾，双方开始僵持，而沈周则命令官军，用铁锤猛砸，很多长矛被砸断，高迎祥的人马退了下去。
只是休息了一会儿，农民军再次冲上来，这次他们换了兵器，也找了很多铁锤，猛砸官军的铁盾。孙传庭立刻下令，站在高处的弓箭手们乱箭齐发，当场射杀了不少农民军。
但是高迎祥亲自督战，农民军们斗志昂扬，喊叫着继续冲锋，终于将官军的铁盾阵砸开一条口子，大队人马从中涌了进去。将官军冲在两边。
高迎祥也随着人流，一齐冲过。
哪知道孙传庭还埋伏着后招，他在黑水峪一共设下了三道防线，高迎祥突破的，只是第一道。
黑水峪三十里的山道，到处是官军的伏兵，这些伏兵很多埋伏在两侧高坡上，准备了弓弩乱石，只要农民军冲过来，就射箭扔石头，无数农民军倒毙在谷中。
第一天，高迎祥突破了第一道防线，农民军已精疲力尽，到了夜间，无力再冲锋，只得扎营休息。借着这个时候，孙传庭也整顿人马，准备再战。
第二天的战况与头一天差不多，高迎祥不要命地死攻，孙传庭指挥官军，毫不退让，这一天，孙传庭也受了箭伤，被箭射中大腿，但他还是峙立不倒，如同一棵青松般挺立着。
然而高迎祥的人马，还是突破了他的第二道防线，虽然付出了惨重的代价，农民军死伤已超过两万，还有不少人，实在禁不起这样的惨烈厮杀，吓破了胆，开了小差，跑掉了。高迎祥夜间查点人马，只剩下不到两万人了。
饶是如此，高迎祥还是坚信，他最终会突破孙传庭的包围。
此时高迎祥已完全肯定了自己判断，前面堵截他的人，肯定是孙传庭，因为别的人马，没有这么凶悍。
据高迎祥估计，孙传庭的官军，伤亡也不下一万人，而且打了两天，官军也开始精疲力尽了，双方已处于同一境地，最后要拼的，就是谁能坚持得更久一点。
第三天一大早，阳光刚刚刺破天际的朝云，最后的厮杀终于展开了。
孙传庭已将所有的人马，都囤积在最后一道防线，他也亲自上阵，孙传庭吩咐，将自己的大旗插在一块最高的石头上，自己就站在旗下，手提宝剑，以示自己死不后退的决心。