第三阶段，第四团夺下滩头，向岛屿纵深扩展，第五团随后登陆，进攻全岛，在经过激烈的战斗后，第四团和第五团夺取了整座岛屿。
在三个阶段的作战中，华夏帝国阵亡258人、受伤369人、失踪35人，毙伤敌1514人，俘敌468人，缴获敌350毫米岸防重炮二十六门，炮弹四百多发，另有步枪多支，子弹多发。
这场战役还有海上作战阶段，海上作战分为两部分，第一部分，天龙舰、云龙舰在科雷希多岛海域与查理一世舰交战，交战的结果是，天龙舰和云龙舰将查理一世舰击沉；第二部分，天龙舰、云龙舰和女娲舰与西班牙科尔特斯舰和皮萨罗舰交战，交战的结果是，科尔特斯舰和皮萨罗舰遭到重创，撤回马尼拉。
这场战役史称“科雷希多岛战役”，华夏帝国获得了战役的胜利，这场战役的胜利，让林飞打开了马尼拉湾的西大门，从此可以畅通无阻地进出马尼拉湾。
这场战役结束后，林飞命令参战部队在科雷希多岛上休整两天，于6月6日继续向马尼拉进军。
在休整的两天中，林飞进行了一系列战役总结工作，林飞首先听取了孙勇的报告，孙勇对林飞说道：“陛下，在科雷希多岛海战中，我舰发射的炮弹和云龙舰发射的炮弹时间上间隔太小，导致炸点没法观测。”
林飞点点头，心想这个问题一定要解决好，如果不解决好，以后面对强敌的时候必然会导致失败，于是林飞让孙勇回去，自己开始思索解决的办法，他突然想到，在我的时代，英国海军曾经用过在炮弹中加装彩色发烟药剂的方法，我也可以尝试一下。
林飞于是制定了彩色发烟药剂的生产计划，不过这个计划中缺少各种化学药剂，只能暂时放下。
在频繁的交战中，火神炮还暴露出了一些问题，比如高射速条件下制退液过热，影响制退效能，火炮身管发生膨胀导致射击出现较大误差等等，林飞知道要解决这些困难必须改进炮身材料，可是现在他还没有条件生产性能更加优良的钢。
无法生产性能更加优良的钢有三方面的因素，第一是缺乏某些微量元素的矿石，无法对钢材进行调质；第二是炼钢设备的落后，华夏帝国此时只有炼钢转炉，没有冶炼高性能钢材的电炉；第三是人的因素，华夏帝国缺乏精通钢铁冶金的人才，林飞一个人毕竟孤掌难鸣。
林飞此时还无法解决这些问题，所以无法改进火神炮，只能从火炮的使用上想办法，那就是限制火神炮的射速，规定最高实战射速为十二枚每分钟。
改进了海军方面，林飞又开始对陆军进行改革，在第四团的登岛作战中，由于运输船间隔分散，导致上岸之后建制被打乱，各个部队混合在了一起，在这种情况下出现了指挥权不明的现象，比较典型的一例就是石强和孟栋国不知道谁该当主官，这次虽然没有造成不良后果，可在以后面对强敌时却后患无穷。
于是林飞决定，在军队全面推行军衔制，此前由于军队规模比较小，所以林飞没有推行军衔制，推行军衔制有一个好处，那就是在建制被打乱的情况下可以按照军衔的高低明确指挥权。