关于它的起源，有一则有趣的故事。民间传闻，西元1661年时，荷兰军队占领台南，郑成功从鹿耳门率兵攻入，意欲收复失土，郑军势如破竹大败荷军，荷军在一怒之下，把米粮全都藏匿起来，郑军在缺粮之馀急中生智，索性就地取材将台湾特产蚵仔、番薯粉混合加水和一和煎成饼吃，想不到竟流传后世，成了风靡全省的小吃。另一种比较有根可循的说法是，蚵仔煎是随着郑成功大军和福建移民的迁入，带入了台湾本土。成为现在海峡两岸人民共同喜爱的美味佳肴。
在闽南东三角（泉、厦、漳）蚵仔煎是一道考验妇女厨艺的必备菜之一。虽然菜谱很简单，但是要做得特别好吃，还是有些难度的。不同的人炒煎出来的口味也是不同的。而新娘子入门后，第一次给公婆做的家常菜中最好要有它。做得好的，会让公婆另眼相看的。这道家常菜是家家户户“办桌”时的首选必备菜（其他还有炒“山东粉丝”“莆田米粉”等）。
蚵仔煎虽然到处都吃得到，但是很多人还是保持著要吃蚵仔煎，就要到蚵仔产地去吃的观念，例如要到台南安平、嘉义东石或屏东东港这些盛产蚵仔的养殖地去吃，因为要做出好吃的蚵仔煎，最首要的条件便是采用新鲜的蚵仔，这些新鲜蚵仔在产地现剥现卖，不必因为长途运送而浸水，所以颗颗肥美硕大、鲜美无比，做出来的蚵仔煎当然丰盛多汁。不过，不是住在产地的人也别抱憾，因为现代运输技术发达，所以即使是远在台北，也能吃到每天新鲜运送的甜美蚵仔。
有首台湾民谣叫“青蚵仔嫂”，齐秦和罗大佑都翻唱过，很多人不知道蚵仔为何物，实际上，蚵仔的学名叫牡蛎，瓣鳃纲，异柱目，牡蛎科，牡蛎属，属食用贝类。壳多为三角型，厚薄因种而异，分布于热带和温带。牡蛎的营养价值丰富，被人比喻为“深海牛奶”。
广东人称牡蛎为“蚝”，而在闽南泉州及台湾一带称之为“蚵仔”。闽南有句俗谚叫“肥蚵仔肥韭菜”，意思是农历二月，韭菜的生长最为旺盛的时候，也是蚵仔最为肥硕的季节。蚵仔煎则是两者奇妙的黄金组合。将韭菜切成一指节长短，和洗净的蚵仔搁在一起，加入稀释番薯粉作为粘合剂，入油锅煎至金黄……啊，不能再说下去了，否则我的口水就要流出来了。
据说，蚵仔煎的发源地在台湾鹿港天后宫前的一个露天的大排档，有一郭姓人士，是日据时代退伍下来的阿兵哥，摆摊做海鲜小吃生意，由于蚵仔的带有较重的海腥味，他就无师自通发明了蚵仔煎的吃法。
蚵仔煎除了运用了新鲜的蚵仔外，番薯粉也是使蚵仔煎美味的另一个重要关键。番薯粉的种类很多，但只有纯番薯粉才能调出香醇浓郁的粉浆。将粉浆以适当比例加水勾芡后，加入韭菜，做出的成品口感就能又q又爽口，而且精纯的番薯粉也能巧妙地将肥美蚵仔的鲜味充分提升，做最完美的搭配。