新会城中的混乱由东城向全城迅速蔓延，震虏营的大开杀戒更让城中的百姓惨遭无妄之灾。混乱中，那些刚刚加入太平军的降兵凭着对城中地形的熟识开始趁火打劫，除他们之外，更有清军的散兵游勇也在混水摸鱼，到处都是杀人的、勒索的、放火的。
城中的混乱在周士相进城后得到遏制，当发现震虏营正在对城中平民进行屠杀时，周士相立即派人召回葛正，命令他的震虏营即刻接手四门防务，不得再在城中行动。
不过饶是周士相的反应迅速，也挽救不了已被震虏营杀害的上千百姓性命，这让他事后很是自责。说到底，这具身体的主人是地地道道的新会人，城中的这些从清军口中捡回性命的百姓也都是他周士相实实在在的乡亲，甚至其中可能都有沾亲带故的，可是他周士相作为新会城的征服者却夺去了他们的性命，这让他深深的自责，同时也意识到降兵过多的加入固然加强了太平军的实力，但同时也让太平军的军纪更加败坏，毕竟这些降兵都是些老兵油子，杀人抢劫对他们而言乃是家常便饭，指望他们立时能够为太平军的军纪所约束几乎不可能。
以流寇的裹挟方式壮大自身实力是周士相为太平军亲手选定的发展模式，但这不意味着他真的要将太平军打造成流寇式的队伍，尤其是不能接受他一手打造的军队成为屠城的凶手，若太平军每攻占一地都要对百姓进行屠杀，这和清军又有什么区别，又何以王师身份自居，更休提能够稳固根基，获得广东百姓的支持了。
自古得民心者得天下，周士相虽然不敢奢望能得天下，但却绝不愿失去民心，在清廷已经占领大半个中国的情况下，百姓的支持度对于严格来说还属一棵幼苗的太平军而言实在是最重要不过的事情。
太平军绝不能成为流寇式的队伍。也绝不能成为屠杀同胞的刽子手！
将葛正骂得狗血淋头后，周士相命令进城的雄威营和虎捷营接手对城中残余清军的围剿及追捕任务，近卫营则开始在太平军已控制的地盘进行军管。
虽说雄威营、虎捷营、近卫营在进城之后也有一些不良事迹，但相较震虏营却是好得太多。其中最大的原因就是这三个营头的绿营降兵并不多，多是从罗定始就参加太平军的青壮，也多是穷苦人家出身，因此在入城后，他们没有如同震虏营一样大开杀戒。而是还能有效的遵守军官的命令，对百姓没有妄动刀剑。
近卫营奉命军管后，立即对太平军已经控制的地区进行封锁，主要是封锁街道和巷道，不允许任何人活动，也不许非近卫营的太平军在这些地方抢劫放火。
秃子蒋和作为近卫营的百户，虽说和满脸横肉的葛正一样也是正宗土匪出身，不过和前者一旦杀得眼红就什么也不管的性子相比，后者的觉悟高得太多，自制力也强得太多。至少在周士相的命令传到后，他第一时间就率部执行了军令，而不是放任部下在城中胡作非为。
雄威营和虎捷营接手对残余清军的搜剿后，很快就在新会城中展开逐街逐巷的搜捕，这种如地毯式的搜捕工作，让那些妄想躲藏在民居中的清军根本无法藏身，他们不是被逼无奈负隅顽抗，就是交出武器投降，有一些脱了兵服的更是被藏身地的百姓直接捆绑押出。
以太平军为主的大规模屠杀在震虏营被调往四门防守后即告结束，余下的虽然也有不多的太平军士兵参与。但更多的就是那些清军的残兵败卒。
获悉新会守将郑国栋已从南门出逃后，周士相没有派兵追击，这些逃出去的清军在他眼中已无关紧要，现在紧要的是彻底稳定新会城的局面。然后迅速将炸塌的城墙重建，他要在这里抵御即将到来的广东清军主力，然后击败他们。
想要在香山县占住脚，前提就必须打击广州的清军主力，使他们无力围剿太平军，如此。太平军才可以安心在香山立足，不然，便是面对广州清军不断打击，在此情形下，立足恐怕就是奢望。
既然必须对广州清军加以一定打击，那么选择在香山和清军进行小规模战斗或游击战斗，那么就不如利用已被夺取的新会城消耗广州清军的实力，将新会变成如凡尔登一样的绞肉机，将尚可喜和耿继茂连同广东总督李率泰的标营血流干，如此，南下香山才不虞会被清军主力围剿。
再者，周士相并不想放弃新会城，新会作为广州的南大门有着独天独厚的地理优势，控制新会就等于在广州眼皮底下安下一根钉子，更可以将香山和粤西连成一片，便于同雷、廉、高三州明军联系。
孤军作战从来不是周士相所期望的，他更多的是想借助广东境内残余明军一同对清军进行压制，因此保留新会并控制它就有极为重要的战略意义，至少，控制新会城可以鼓舞西面明军，打击清军士气，也可以让太平军有进退余地，若香山真的无法立足，太平军也可以从新会往粤西撤退，而不是被重新夺回新会的清军围死在香山县。
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