抗战不久，冯玉祥被召回武汉。中央训练团，冯玉祥受邀演讲《什么是你的成功》，讲了约4个小时，意思是说中华民国的成功就是你的成功，蒋先生的成功就是国家的成功。冯玉祥把蒋介石的成败与中华民国之命运视为一体。冯这样讲，当然也令蒋介石十分满意。
冯玉祥还专门把服从领袖作为训诫和要旨写入其日记及著作中。1938年1月，冯玉祥在日记中写有民众抗日注意事件：“一、必须拥护中央。二、必须拥护军事最高领袖。”1938年8月，冯在日记中记载其告宋哲元以为国之道，中有数语为：“二、与委员长共生死，爱国决不后人。四、要抱定有委员长，即有宋哲元，有宋哲元即有委员长，如此方不愧对国家与民众。”冯的《抗战哲学》第十一章为“服从最高统帅的领导，一致努力”，其中写道：“共同的目标和共同的努力就是打倒日本帝国主义，建设三民主义的新中国，为了达到这个目的，我们必须服从最高统帅的领导，在他的指示下一致努力，四年中领袖对于抗战建国有不少的训示，这些训示是我们每个人都应当遵守的，只有按着这些训示努力做才能将鬼子驱逐出去，才能建设新的中国。”
冯玉祥亦竭力避免蒋介石对自己的任何猜忌。1938年5月，冯在鸡公山上，见石壁上有邵力行题字“冯将军是抗日推动者”、“冯将军是抗日创造者”，冯以为，“当此抗战时期其字句间显有挑拨离间嫌疑，因今天只有一个政府，一个主义，一个领袖，决不能有其他，当命人执送信阳县署以惩之。”
对于蒋介石做得好的地方，冯玉祥更是十分注意宣传。他在日记中记述：有一天，蒋请冯玉祥、李任潮、李德邻吃饭，有林文蔚陪着，其中有一盘肉，蒋先生说：“我们的兵每一个星期要吃一回肉，是很要紧的事，找林先生记下来，告诉各军队照办。”有一块肉上带着毛，蒋先生说：“肉上带着毛，士兵们吃了一定要生病的，请林先生记下来，要告诉各军队，毛要拔净，拔不净要拿火筷子烫。”在碗里头捡出一块姜来，蒋先生说：“姜这个东西可以杀菌，炖肉的时候，是不可少的，也要林先生记下来，告诉各长官照办。”
周恩来曾称赞冯玉祥有“为人所不敢为，说人所不敢说”的精神。冯玉祥也把这种精神用在蒋介石身上，蒋的文胆和谋士陈布雷说过蒋的“人才与资望”决再找不出来，这个评论就当时的人看来，是并无多少夸张的，冯玉祥对蒋也是十分敬慕的，他写道：“以蒋先生之夙兴夜寐，终日勤劳，吾人回无懈可击。”
然人非圣贤，蒋自然也有许多招致不平反对的事。在冯玉祥看来，蒋的错误多是因为受下面人的蒙骗，如谈到国家军事状况时，冯玉祥就说：“蒋先生固是君子可欺。”
但有时蒋介石的某些政策和做法也实在是让人看不过去，冯玉祥也会进行劝谏和批评。冯对蒋的集权多有批评，他在日记里写道：“蒋先生可是国家的领袖，什么都是一人兼任，一个人即是万能，也不能分身万处，这什么都管的主义叫什么都不管。”冯玉祥因之专门给蒋写信建议：“请设智囊团及专门人才研究团，因一人的精力有限，如果有要事待商，可请智囊团研究参加意见，专门人才之设专为科学之讨论，如前方坦克车之如何破法，战略上之问题皆可付与研究。”冯以为罗斯福、斯大林所以能有大成就，与施行此建议有直接关系，故望蒋能以此项建议为当务之急。
蒋介石搞集权，这就常常造成越权指挥，冯玉祥对此也很有看法。淞沪会战，张发奎的一连炮队不知哪里去了，经调查，知道原来是蒋介石把炮队调走了，这让身为第三战区司令长官的冯玉祥非常气愤，他批评说：“前方打仗的军队，指挥的权限不一，最高统帅，连一连炮兵都指挥着。”
在用人上，蒋介石爱重用亲信，这些亲信经常身兼多职。冯对此加以劝谏说：“钧座实事求是，素恶兼差，此次仍请坚持原意，力祛此风，则用一人收一人之效，行一事得一事之益，庶务俱举可以翘首而待之。”
会后，蒋介石对他不满意的第三战区进行了人事调整，实际上只是调了一个人，那就是冯玉祥，他被调到新成立的第六战区去当司令长官去了。第三战区司令长官的职务由蒋介石本人兼任，顾祝同仍为副司令长官。蒋介石这么做，有他的考虑：一是随着战事深入，双方都在不断增兵，规模还有继续升级的势头，由自己亲自担任第三战区长官，足以向外界说明他重视的程度；二是让冯玉祥指挥并不是其手下的中央军和各个杂牌军组成的前线部队，显然不能得心应手，而第六战区在北方，那里多为冯的旧部，指挥起来比较容易。不过冯的确跟蒋合不来也是一个重要事实，冯玉祥不满自己被闲置，老是发牢骚说怪话，也招惹了蒋介石的极大不痛快。据说白崇禧也对冯看不过眼，白当时担任副总参谋长，往来京沪之间视察，见其每天不理前方战事，只管作诗骂人、不务正业、不干正事，回来向蒋介石作了汇报，建议调走冯玉祥。冯与蒋