又经过一整天的反复斟酌，蒋介石到16日晚才最终下定决心，同意照白崇禧的意见行事。他对自己改变态度的解释是：“此虽违反我意，但事既如此，则应撤消其番号，将叶项交军法会审，彻底解决，以立威信，而振纪纲”。因此时“若无最后制裁决心，则以后中共看破我心理，彼更可藉外力要胁，而俄国之已允拨武器者，其亦必以此作为容共之要求。以后我之国权全操之于人矣。故乘俄械将运到未到之时，以表示我对中共制裁之决心，决不因俄国有大炮二百门、飞机二百五十架等大量武器接济之故而有所迁就。”
1月17日，国民党以政府军委会发言人的名义，宣布新四军“违反军纪，不遵调遣，且袭击前方抗战各部队，实行叛变”，故撤销新四军番号，将新四军军长叶挺交军法审判。由上可知，皖南事变及其撤销新四军番号的做法，实际上不过是事到临头，蒋介石为安抚强硬派军人，和刻意表现强势的一种应变措施罢了，并不是蒋有计划的步骤。对此，亦可以证之这时与蒋态度相近的张治中1945年11月7日的回忆。张在给蒋的上书中劝蒋不宜对中共动武时特别提到几年前的皖南事变，称：“三十年春间解决‘新四军’事件时，以职之判断，觉钧座对当时之措施实未必赞同，事实上等于事后之追认。”
很明显，蒋介石对皖南事变的发生并没有足够的思想准备。其对军方的剿共方案一拖再拖，一压再压，就是力图避免过早地引发大规模的军事冲突。其后虽批准军方的作战计划，也仍旧是以新四军不遵从北移命令为前提的，并非要蓄谋消灭皖南新四军。因此，蒋事变后更不赞成进一步扩大事态，甚至对白崇禧的办法也一直态度犹疑。其最终虽不得不追认事变的结果，表现强硬，内心里却正如毛泽东此前所估计的那样，“实则他们很怕内战，很怕根本破裂国共合作”，极力想要缩小事变的影响范围。