周恩来副主席不反对实施对国民党军队的报复性作战，但他基于苏北新四军在曹甸战役的教训，认为不宜打韩德勤、沈洪烈所部，而应打李品仙和李仙洲所部。从事后分析来看，周副主席的判断是非常明智的。第一韩德勤所部经黄桥决战后已元气大伤，主力基本被歼灭，剩下的虾兵蟹将已不成气候。第二当时我们的部队装备虽稍有改善，但打攻坚战实事求是还是不太行的。
周副主席在16日的电中说明：打韩德勤、沈洪烈，在政治上为报复，在军事上为攻坚，易于持久，消耗弹药，为敌增援，且可引起胡宗南在西北报复的藉口。如准备打李品仙或李仙洲，则在政治上是为了自卫，军事上可以逸待劳，易于求得速决的运动战，且可获得的补充，使韩、沈更孤单，使顽固派军队更胆寒，更可教训蒋介石、白崇禧他们所代表的国民党反共派。因为我们一出手，以能打得响、打得快，而仍争取抗战继续为有利。如拖和延长，消耗大，陷于被动，而造成不得不扩大局面，是不利的。
然而，1月17日蒋介石宣布取消新四军番号的举措，再度使毛泽东坚信蒋介石国民党发动皖南事变是有备而发，是准备国共大破裂的信号。
在18日召开的政治局会议上，毛泽东主席明确讲：国民党准备与共产党大决裂，何应钦、白崇禧齐皓电是对全国准备破裂的具体步骤，朱、彭佳电仍不能转变其态度，就证明了国民党其决心反共。国民党干出皖南事变这件大事，定有帝国主义的指使，这或者是英国、美国，或者是德国、意大利。现在国民党准备大举进攻华中部队，一网打尽大捕共党，捕杀各办事处，因此我办事处必须实行自卫式的撤退。在这种情况下，资产阶级中间派让我让步，顾全大局，实际上是有利于国民党而不利于我们”的。
中共中央书记处据此密电周恩来等：国民党宣布新四军为叛军，审判叶挺，证明国民党有准备破裂之决心。而重庆谈判中证明蒋纯以鬼话欺骗你们。在重庆环境日险，作用日小，因此应立即设法借故离渝返延。渝办干部设法分批回延，仅留三数人敷衍门面即可。
20日，周恩来副主席报告毛泽东主席称，白崇禧已下令对华中决以4个师扫荡，另以138师和173师扫荡淮南路以东。如八路军南下增援，仍以新四军看待，惟战术上应避开其主力，专门消耗其弹药，以游击战对游击战。战斗后对上级报告，则说他们打我们。周分析：蒋的策略是要分区剿共，各个击破。毛泽东主席因此更加印证了自己的估计，他在这一天的政治局会议上提出，要“从根本上考虑”国共关系问题。从蒋介石于十七日宣布新四军为叛军后，我们是否能承认国民党为上司？！实际上蒋已准备得罪我们中国共产党，得罪了苏联！