费巩教授只因为写文章就引来杀身之祸，说明看似团结抗战，而国民党当局一刻也没有放松其独裁统治。1945年3月5日的凌晨，在距抗战胜利不到半年的时刻，国民党特务在重庆千厮门码头秘密绑架准备去复旦大学讲学的费巩教授。费巩教授先被关押在重庆警备司令部，后被转移关押到中美技术合作所看守所，最后惨遭秘密杀害，尸体被丢入硝镪水池销毁灭迹。
费教授一家子人都在等着，孩子在盼望父亲的归来，等到所有的亲戚朋友都回来了，还是见不到，见不到父亲的身影。就是那天我记得很清楚，外面下很大的雨，弟弟和姐姐两个人放学回来，穿了雨鞋，撑了雨伞回来，一进门就看见费教授的夫人，他们的母亲哭得像泪人一样。
直到抗战胜利后，国立浙江大学的师生还不知道那位帮学生消灭臭虫的费巩教授已经遇害。
1946年国共重庆谈判时，中共方面要求释放的五名政治犯中还有费巩的名字。三十二年后，上海市政府正式追认费巩为革命烈士。
1945年，中国的全面抗战进入第八个年头。
8月16日，遵义出现了少有的晴天，繁星点点的夜空下一片宁静。晚上十点，遵义城里突然响起震耳的炮声。很快，人们就发现，这是中国军队庆祝胜利的礼炮声，日军无条件投降的消息从重庆传到遵义，遵义城里充斥着鞭炮声。
鞭炮声刚刚停歇，遵义城内礁窝井9号，竺可桢校长的寓所外突然传来吵杂的人声。
学校首先通过电台，浙大自己的电台收到消息以后，学生首先就想到的是告诉校长，所以马上就是何家巷的学生一出动，那么就大家互相一传，转告，学生大家都涌向礁窝井，敲开门就告诉校长胜利了，有学生冲上去，大家就把竺校长抬了起来，从住的那里就抬到城里面搞游行了，一直搞到天亮才歇。
年过50的竺可桢，因操劳过度，体重只剩下103斤了。兴奋之余，竺可桢校长想到，要尽快把学校迁回杭州。他马上启程返回杭州，准备视察原来的校舍，为回迁做准备。但是到了杭州后发现，许多校舍在日军占领期间已被损毁，需要大规模修缮，学校回迁的计划只能拖后一年再议了。
这一年，在著名的英国《自然》周刊上，李约瑟发表《贵州和广西的科学》一文，文中记述：在重庆与贵阳之间有一个叫遵义的小城市里，可以找到浙江大学，是中国最好的四所大学之一。湄潭是浙大科学活动的中心，可以看到科学活动的一片繁忙紧张情景。
抗战胜利后的第二年春天，李约瑟接到调令，赴巴黎担任联合国教科文组织自然科学部主任。两年之后，李约瑟返回剑桥，并最后完成《中国科学技术史》的写作。此后，李约瑟又多次访华。1993年，李约瑟被中国科学院选为首批外籍院士之一。