整个孝陵建成历时30余年。规模宏大，建筑雄伟，形制参照唐宋两代的陵墓而有所增益。建成时围墙内享殿巍峨，楼阁壮丽，南朝七十所寺院有一半被围入禁苑之中。
明孝陵在清代曾受到过多次重创，尤其清代咸丰年间的战火几乎让明孝陵地表建筑毁于一旦，康熙手书的御碑甚至倒地破碎。一直到同治三年（1864年）九月，曾国藩奉诏祭陵，才着手修复明孝陵。当时，曾国藩派员勘估，明孝陵维修实际需白银20万两，但是清朝财政拮据，结果最后只用了740两银子做了一些小维修，那块“治隆唐宋”御碑也被扶起粘合，至今碑身上还看得到一道补过的裂痕。原本人们可以从石碑左右二边绕过，而在1980年代以后，整个石碑左右都被水泥所固定，一直到屋顶；所以要先从御碑殿出来，才可以看到龟趺的后面。
明孝陵经历了600多年的沧桑，许多建筑物的木结构已不存在，但陵寝的格局仍保留了原恢弘的气派，地下墓宫完好如初。陵区内的主体建筑和石刻有方城、明楼、宝城、宝顶，包括下马坊、大金门、神功圣德碑、神道、石像路石刻等，都是明代建筑遗存，保持了陵墓原有建筑的真实性和空间布局的完整性。