保罗;克劳斯少校和执行逮捕的人，以及跟在后面的记者们冲进东条的办公室。东条没穿外衣，摇摇晃晃地站在一张安乐椅旁，鲜血浸透了他的衬衣。他右手还拿着一支o.32口径的科尔特自动手枪，枪口对着冲进来的人。
“别开枪”克劳斯喊了一声。
东条并没有表示他听见喊声，但是手枪当啷一声落到地板上，东条身不由己地倒在椅子上。他向一个跟进来的日本警官示意要水喝。一杯水他几口便喝光了，还要喝。
4时29分，东条的嘴唇动了。陪同记者前来的两名日本翻译开始记录东条的话。“要这么长时间才死，我真遗憾。”他小声说。他的脸痛苦地抽搐着，但人们看着他毫不同情。“大东亚战争是正当的、正义的，”他说，“我对不起我国和大东亚各国所有民族。我不愿在征服者的法庭上受审。我等待着历史的公正裁决。”他的声音稍大了一些，但吐字并不完全清晰。“我想自杀，但自杀有时候会失败。”子弹几乎一丝不差地从铃木医生在他胸部所标的位置穿进去，但就是没有打中心脏。颇具讽刺意味的是，子弹刚巧错过了他那颗畸型的细长心脏。美军宪兵叫来医生，给他缝好前胸后背的贯通伤口后将他送往医院，在那里给他输了几位美国士兵献的血。东条逐渐恢复了健康，不得不接受同盟国的审判。
12日，日本内阁匆忙通过一项决议：由日本自己的司法机构抢在盟国审判之前逮捕并审讯战犯嫌疑人。东久迩相奏请天皇裕仁批准这项决议，却遭到拒绝。天皇声称这些战犯都是竭尽忠诚的人，不忍心以自己的名义加以处置。东久迩为了表示日本政府的存在，仍然要求从美军那里接过逮捕战犯嫌疑人的任务，然后再将其转交给美国宪兵。这一建议立即遭到了盟军最高司令部的否决。
同一天，尚未被列入逮捕名单的杉山元元帅在第1总军司令部里开枪自杀。
前东条内阁的厚生省大臣小泉亲彦和前近卫内阁的文部省大臣桥田邦彦二人双双服毒自尽。
有着“东条的副官”之称的前东条内阁海军大臣海军大将岛田繁太郎被美军宪兵从家中带走。
渐渐地，第一批剩下的战犯嫌疑人除东乡前外务大臣外，都经美军宪兵之手，送往横滨刑务所了。东乡茂德是因心脏病由美军军医诊断后，被允许在自己家中受监禁的。在这些人自前，内大臣木户幸一侯爵的秘书向他们其中最重要的人物传达了天皇的“慰问”之情。
第二批战犯嫌疑人的名单转给日本政府，其中有前相广田弘毅等与右翼势力有关系的人，内阁书记官长绪方竹虎也名列其间。重光外相急忙赶赴盟军总司令部，声称逮捕重臣和内阁阁员并不稳当。结果，绪方的名字被去掉了，但是，盟军对东久迩内阁的不信任情绪已流露出来。
为此，内阁里出现了“战时内阁的阁僚必须去职”的呼声。当时，东久迩内阁里有近卫、米内和重光三人曾任战时内阁阁员。米内倒是想辞职，但是，近卫和重光却以为自己在战争末期曾遭主战派的迫害，因而不会遭致盟军仇视。尤其是重光，一手包揽了与盟军联络的工作，不把其他阁僚放在眼里。结果，在17日的内阁改组中，重光外相被吉田茂替代。
19日，盟军总司令部命令美军宪兵，将以荒木贞夫陆军大将为的11名战犯嫌疑人逮捕后关进巢鸭监狱，其中有曾任天皇侍卫长和九一八事变时候的关东军司令官本庄繁大将。本庄得知消息后立即自杀身亡。
眼看着逮捕战犯嫌疑人的浪潮日益逼近皇宫，日本统治集团惊慌失措之余开始谋划天皇与麦克阿瑟会晤的问题。他们希望通过此举使天皇摆脱被指为战犯嫌疑人的可能，从而为天皇制的延续创造条件。
由于美国政府已在内部表明，要利用天皇在日本国民心中的威望来改造日本，因此，麦克阿瑟同意与天皇见面。
日本统治集团闻之大喜。27日，天皇一行乘坐四辆轿车，在没有摩托车开道的情况下，前往美国大使馆。麦克阿瑟为了显示自己的身份，只在二楼会议厅的门口迎接天皇。随后，他们两人通过奥村胜藏的翻译，进行了大约3o分钟的秘密会谈。据麦克阿瑟在其《回忆录》里的记载，天皇表示对因为日本推行战争而生的一切问题和事件负有全部责任。天皇的谦卑态度打动了具有贵族派头的麦克阿瑟，两人的会谈在和谐的气氛中进行。
天皇和麦克阿瑟会谈的具体内容，宫内省和盟军总司令部都予以高度保密。此时，在同盟国方面，苏联和中国都强烈要求废除天皇制，美国国内的一部分舆论也认为天皇应对战争负有责任。因此，盟军总司令部表现得很谨慎，只是向各报社传送了一张天皇和麦克阿瑟的合影。在照片上，身着开领衬衣、身材高大魁梧的麦克阿瑟与身着燕尾服、身材矮小的天皇裕仁形成了强烈的反差，深刻地反映了日本战败后的窘境。东久迩内阁特别召开内阁会议，决定将准备表照片的“朝日”、“每日”、“读卖”三大报纸予以停止行和停刊的处分。
盟军第二天获知此事后，立即以麦克阿瑟的名义出指令，立即撤消对通信及新闻报道所加的一切限制。29日当天下午，登载着那张照片的报纸就与日本国民见了面，在很少有机会看清天皇模样的国民心中引起了强烈的震动。<