巴甫洛夫在指示退却的最后路线时。并不知道部队已经没有燃料和运输工具了。它们在战斗的最初几天里被敌人夺走或是被摧毁了。各兵团零乱的退却是在华军空军握有制空权、华军的快速集团迅速迂回运动的极其困难的条件下进行的。斯大林指望得到令人宽心的消息是没有根据的。事态的悲剧性发展日益加剧。
此后几天内。特别是到月底时，斯大林终于意识到了致命威胁的规模。他在一段时间里简直丧失了自制力，处于精神极其压抑的状态。4月6至8日，斯大林极为沮丧和震惊，以致不能表现出自己是一个认真的领导者。他的精神危机是深刻的，虽然为时不算太久。而在这次危机到来之前，他曾试图采取一些措施，发布某些命令。尝试过给最高指挥机构打气。在2日早晨讨论成立武装力量统帅部最高统帅部时，他出乎大家意料，打断了讨论，建议在最高统帅部下设立常任顾问室。马林科夫和铁木辛哥正在起草文件。他们交换了一个眼色，可是并没有表示异议。斯大林迅速地口述了常任顾问的名单：在最高统帅部下设立最高统帅部常任顾问室，成员有库利克元帅、沙波什尼科夫元帅、梅列茨科夫、空军司令日加廖夫、瓦图京、防空司令沃罗诺夫、米高扬、卡冈诺维奇、沃兹涅先斯基、日丹诺夫、马林科夫、梅赫利斯等。作为政府决议发出的这份决定由波斯克列贝舍夫签署后，用电报发给各军区和方面军。但是这个顾问室只存在了两星期，就悄悄地“寿终正寝”了，没有来得及发挥作用。
斯大林和总参谋部战前失误的还有事先不曾仔细地研究成立战时领导国家的特别机构——国防委员会，以及武装力量的最高战略领导机构——最高统帅部的问题。这两个机构是在战争已经开始之后才成立的。此外，总参谋部也被削弱了，总参谋长就接连换了三个。这些失误，还有其他的许多疏漏立刻就尖锐地显示出来了。
从各方面军司令部来的零星消息、航空侦察所得资料和最高统帅部全权代表的报告使斯大林陷入极端的惘然若失的状态。在听取瓦图京的例行报告时。他本人表现出的几乎是令人麻木的惊慌不安。瓦图京字斟句酌，低声报告东方方面军和东北方面军试图进行反击，但空中掩护薄弱，行动不协调，炮火保障很差，因此没有获得预期的结果。部队受到了巨大损失，继续退却。而且往往是凌乱的后撤。瓦图京补充说，处境特别艰难的是第3和第10集团军各部。它们实际上已经被包围。华军的坦克纵队已逼近鄂木斯克。
“您说什么？逼近鄂木斯克？！您怕是搞错了吧？！您这是从哪儿来的消息？”
“不是，我没有搞错，斯大林同志。”瓦图京仍旧声音不高，用歉意的口吻回答说，“总参谋部派到部队去的代表的报告和航空侦察的材料是一致的。今天可以说，一线部队没能在国境线上阻住敌人并保证后续部队的展开。东方方面军的战线实际上已经被突破了……”
“……可是五六天里怎么会让敌军深入苏联国土150至200公里？！这简直不可理解！巴甫洛夫、库利克、沙波什尼科夫是干什么的？总参谋部为什么不去指挥部队？”
军人们一声不响，听着斯大林恶狠狠的、令人难堪的唠叨。等到终于得到准许时，赶紧返回自己的总参谋部去了。
斯大林并不知道。战争的最初几天里，各条战线都是乱糟糟的，有时简直是一片混乱。司令部不断发出新的命令和指示，而这些命令和指示又都落后于急速变化的形势。不仅处境危殆的东方方面军是这样，而且其他各方面军的情况也是这样。第8机械化军军长里亚贝舍夫后来回忆战争的最初几天时（在专送总参谋部的报告里）说：“直到2日10时，我才接到26集团军司令员的命令。让我军在比斯克市以西集结……我们行军80公里后。在3日19时到达指定的集结地区，而在22时30分又接到新的命令：2日12时前，我军应开到以东25公里处。这天下午，已划归第6集团军的我军又奉命开到巴尔瑙尔地区……我们赶到了。23时，东南方面军司令员的命令又给我们提出了新任务：4日早晨对敌人实施突击。而在此以前，我军一昼夜半中行军300公里……4月3日，第8机械化军在指定地区集结。早晨转入进攻，获得局部胜利，但整个说来没有完成任务。燃料耗尽了。空中只有中国人的飞机。6日4时，我们接到新的命令：全军后撤。作为方面军的预备队。我们开始后撤。6时40分来了新命令：向敌人实施突击。但部队已经开始后撤。10时，东南方面军军事委员、军级政委瓦舒金来到军指挥所。他以枪决相威胁，要求我执行命令。但部队已被包围。后来查明，方面军司令部原定的进攻已经取消了……我们以两个师的兵力据守时。才得知进攻的命令早已取消了……我们各部队分别突围出来。按照方面军司令部的命令撤退。我们向方面军司令部送去报告，但司令部所在地已被敌军占领……”由于战斗和不停的调动，“撤到安全地带的只有不超过10％的坦克和21％的装甲车辆。后来该军即被解散……”
在战争的最初几天和几个星期中，苏联最高领导和方