到了康熙初年，钦天监汉官与在华西方传教士发生了一场“历法之争”。通过这场争论，康熙帝认识到西方科学的先进性，他大胆起用传教士，利用他们的知识为朝廷服务，他们还设计和制造火炮，为平定三藩之乱立下功劳，并充当宫廷教师，为康熙帝讲授西方科学。这一切使康熙帝十分满意。康熙三十一年，帝颁布著名的“宽容敕令”，公开解除禁令，允许传教士在中国自由传教。然而，礼仪之争的爆发，却使局面迅速逆转。
罗马教廷圣职部曾下达指令，明确指出：“只要天朝国人不公开反对宗教和善良风俗，不要去尝试说服人们改变他们的礼仪、习俗方式……不要因为和欧洲人的方式不同而藐视他们的方式，反而还要尽力做他们习惯的事情。”这道指令反映了亚历山大七世尊重不同文化传统的精神。可是，后来的教皇又摒弃了这种精神。
康熙三十二年，担任福建代牧的法国外方传教会士颜当突然下令，禁止辖区内的中国教徒祀祖敬孔。因此，礼仪之争进入了高潮，在清朝和欧洲引起激烈争论。康熙三十九年，闵明我等耶稣会士联名上疏，一方面表明耶稣会士对中国礼仪的看法，一方面请求皇上颁谕，证明中国礼仪与宗教无关。收到奏疏的当天，康熙帝就朱笔批示：“这所写甚好。有合大道。敬天及事君亲、敬师长者，系天下通义，这就是无可改处。”耶稣会士收到之后，立即派人送往罗马。
然而，教皇格勒门十一世无视康熙帝的看法，于康熙四十三年作出了关于禁止中国礼仪的决定，并派遣多罗出使中国，解决礼仪之争。