回到东都之后项玉赶到了军营里面，这个时候皇城里面的大火已经扑灭，明军士兵也已经打扫完了战场，只是城中的清理工作还在继续进行，只怕还要持续一段时间，项玉之前一直在考虑打完东都这一战之后明军下一步应该怎么做，要不要马上调过头去进攻台东，这个时候他已经不那么急迫了，东都的局面还没有稳定住，明军这个时候去打台东不是太好，这样一来东都的恢复恐怕要花上很长时间。
所以项玉还是决定先集中人力物力将东都恢复好了之后在行决定，东都目前首先要做的事情就是改名字，毕竟东都这个名字是梁军自己取的都城的名字，这个时候已经明显不再适用了，至于东都的名字改成什么，项玉心里早有腹案了，就叫台南吧，毕竟后世它也是这个名字的。
明军在这一整个战争中间一共战死了四百六十九人，有一千一百多名伤员，其中大多数都是之前巷战中的箭伤，并不是很严重，加上明军军中有完善的医疗护理队伍，因此经过一段时间的治疗之后，伤兵中间的大多数轻伤的士兵都已经没什么大碍了，只需要修养一段时间就能够回到军中作战了。
这段时间可算是忙换了军中的医生和护士了，由于军中的男性数量要远远大于女性，所以明军的士兵们平时就很喜欢经常跑去伤兵营去逗弄这些女护士，后来项玉出于安全方面的顾虑，派出了一批士兵保卫伤兵营的安全，防止其他人的骚扰，这种现象这才稍稍好转，但是自此之后便经常有士兵因为头疼脑热、感冒发烧跑进伤兵营里面去。
项玉对此也没什么好办法，只能稍微限制一下，这一次军中的伤兵暴增，这些个家伙们终于找到了冠冕堂皇的理由光明正大的进出伤兵营了，不过一个伤兵可不是那么好当的，明军护士给伤员清洗伤口都是用的盐水，项玉记得后世医院里面的输液用的生理盐水是0.9的浓度，这个眼下没办法精准计算，只能大致加些盐配置成接近生理盐水的浓度来给士兵们清洗，水里面含盐对伤口的刺激可是不小的，不是有种说法叫做往伤口处抹盐吗？虽然生理盐水的浓度比较低，但是还是疼的这些伤兵们龇牙咧嘴，好了嘛，这下子他们知道伤兵不好当了吧。
项玉自己到伤兵营中巡视一圈之后心里面放心下来，虽然护士门的工作量比较大，需要照顾的病人比较多，医生的数量也不够，但是士兵们的伤势并不是很重，要知道在古代伤兵的致死率是非常高的，接近百分之七十的残死率，即使在两百年后的克里米亚战争之中，当时医学技术已经得到了较大的发展，可是伤兵们的死亡率还是高达百分之五十，但是明军的伤员中间并没有出现这么这么高的死亡率，一方面是因为明军军中的医疗护理条件比较好，救治的比较及时，另一方面要归功于之前专门为每一名士兵装备的小型急救包，这个小包在战场上使用起来比较方便，这个时候的伤兵因为战伤死亡主要由于两个原因，一个是伤口失血，一个则是伤口感染。明军的这个急救小包可以在士兵们受伤之初就由士兵的同伴或者伤兵本人自己行给自己的伤口止血，可以有效地减少伤口处的失血，又能起到伤口跟周围环境隔绝的效果，以防止进一步的感染，给后续医疗护理伤口清创提供了时间。
这一仗明军虽然伤亡比较大，但是跟梁军的伤亡情况比起来，那时要好得多，梁军一共战死了超过六千名士兵，有将近三千两百名伤员，这些伤员跟明军还不太一样，他们大多数都是枪伤和炮击伤，要比明军严重很多，因此短短两天的时间里面，梁军的伤兵就已经死去了超过三分之一了，这倒不是明军这边偏心或者照顾不够，主要是他们的伤情和失血情况使得他们的救治变得比较困难。
除了伤兵以外，明军一共俘获了一万一千名梁军士兵，他们之中大多是都是战前刚刚招募的新兵，项玉将他们交给明军去城中各处清理干活，完事之后就会将他们放回家去，他们之中如果有人愿意留在明军中间，项玉自然也不会拒绝的，但是对于那些梁军之前的老兵，他们可没有这么好的运气了，由于梁军军纪散漫，而且喜欢吃拿卡要，所以项玉并不打算接纳这些老兵，尽管他们是郑成功带出来的，底子还不错，但是如果一个人变坏了，再让他变好是很难的，项玉不想在这上面花时间，干脆将他们全部打发道矿上去上工算了，反正日军战俘很快就要被送回日本去了，矿上这个时候正好比较缺乏人力。
除此之外，明军一共缴获了长短枪三千五百余支，火炮三十五门，冷兵器上万件，火枪全都是老式的火绳枪，这些对于项玉来说没什么意义，明军也用不上，也许还能发给民兵士兵，毕竟这个时候民兵的队伍还在不停的扩张，至于缴获的冷兵器项玉就完全没有了兴趣。
另外明军还从三座城里面搜出了大量的黄金白银和一些珠宝首饰，其中黄金一万三千五百两，白银一百五十万两，珠宝首饰若干，这些大多数是这些将领们的私人财产了，郑成功的父亲郑芝龙是海盗起家，他手底下的将领自然都有一定的私财，这些也都不奇怪，加上之前荷兰人留在城中的财产，这些加起来都被明军缴获了，冯信逃跑的比较匆忙，并没有携带很多的财宝随身，因此明军的收获还是比较大的。
这笔钱可谓是大大缓解了项玉眼下的财政紧