荷兰人的到来彻底葬送了明军的大好局面，由于后队战船上的士兵这个时候大多数已经集中到了前面参与厮杀了，明军这个时候根本没有能力抵抗荷兰人的进攻，黄庭明白明军败局已定，他一面下令明军动撤，一面亲自率领十数艘战船前去阻截荷兰人，以免他们直接冲击进明军的阵型中去，给明军造成进一步的混乱。
黄庭的这个举动拯救了数千名明军将士的性命，明军开始撇下清军开始后撤，清军这个时候见到援军到来，明军开始撤退，全军士气大振，连一直不敢作战的那些士兵这个时候也敢于追击明军。
明军向东突围了几十里，海面上到处都是冒着浓烟缓缓下沉的战船，清军这时候也无力再追，况且海面上还有许多落水的士兵需要搜救，便停止了追击，此时黄庭的舰队已经被荷兰人击败，黄庭带着剩余的几艘战船逃到了金门，带着岛上的一些明军准备向南边撤退，金门岛上这个时候也是一片混乱，厦门的清军趁着明军水军在金门北部跟清军水军决战之际，发兵直接进攻金门岛，郑经见败局已定，再也不肯在岛上多呆一刻了，带着陈氏和一众家眷乘船逃向台湾，好在这个时候金门附近的清军和荷兰人的主要目标都放在了击败明军水军上面，因此金门岛上许多士兵纷纷乘船东逃，在金门岛被完全攻陷之前逃出了一部分，由于岛上船只有限仍然有近八千名士兵无法逃离，这些士兵少部分战死在战场上，大部分都成了清军的俘虏，施琅和耿精忠为了向皇帝请功，将这部分俘虏凑成八千整数，押送进京，表奏朝廷以示福建明朝遗逆已经荡平。
前去金门增援的刘国轩部，还未到澎湖便已经接到了明军战败的消息，他怕清军和荷兰人联合起来进攻台湾，便驻军在澎湖，接收金门方向的败军，又派人将这一消息向郑成功禀报。
不料他的消息还没传来，金门方向的明军败军反而先行抵达了台湾城，这才使得岛上明军军心不稳，郑成功更是忧心忡忡。
不过这些消息项玉还是不知道的，他只知道上面调遣他的部队驻守在天兴县以西的这片区域放置荷兰人的突袭，可是一连好几天别说荷兰人了，海面上连个人影都没有见着，项玉这几天也没有闲着，他跟着渔村的几名渔民将这一带跑了个遍，根据地图上面绘制的地形对每一处地形都做了深入的了解，之所以要做这件事情一方面是方便日后作战的需要，另一方面就是因为项玉需要大量的资料来制作他的沙盘。
在何安和邓明的帮助之下，项玉的这个简易的沙盘算是制成功了，沙盘长约七尺，宽五尺，摆在项玉的中军大帐里面显得十分庞大，不过这东西确实是好东西，不仅是项玉自己觉得十分满意，就连张聪张三亮几人都觉得这沙盘看起来十分直观，对于日后排兵布阵确实有很大的帮助，比起一半的地图来更容易让人了解战场的地形特点。
项玉手中的新兵比较多，这个时候都在由老兵加以训练，汉人士兵和土人士兵的训练又有一些区别，汉人士兵们都是训练火器的使用，主要是火绳枪和燧发枪的操作，这个时代的枪械的做工比较差，加上士兵们在战斗的时候都市成排齐射，因此有许多士兵的枪械发生了阻塞，子弹淤积在枪管里面，并没有发射出去，由于齐射的时候产生的枪声和白烟的干扰，许多士兵并没有法相自己枪械发生了阻塞，还是照旧往里面装填子弹和火药，这样的结果是新装填的子弹当然还是射不出去的，如此一来不仅明军齐射的火力减弱了，而且这名士兵的枪管还很有可能发生炸膛，战场是士兵密集成排，一旦炸膛将会对士兵自己和周围的友军都造成杀伤，这种损失甚至有可能超过敌人给己方造成的伤亡，松锦大战中明军就有过这方面的惨痛教训。
对于这种情况，就需要在士兵平时的训练之中给他们着重强调这一点，让他们在每次射击完了之后要及时检查和清理枪管，并且规定一旦枪管发烫或者连续射击二十次之后要至少等到枪管完全冷却之后才能再行射击，这样做事为了进一步减少明军因为机械故障而造成的伤亡，这些事情是项玉在经过了几次大战之后总结出来的，涂岭大战之后他就发现，一个未必经过长时间训练的士兵使用火枪的战斗力要比使用冷兵器高得多，而且火枪操作起来比起弩箭弓箭来说更为简单，形成战斗力也要更快，就比如这群新兵，要是让他们到战场上使用冷兵器厮杀，恐怕他们会被吓得双腿战栗，一下子变成战斗力为五的渣渣，但要是让他们在远距离上面结成阵型放枪，由于没有近距离敌人给的压迫感，他们往往还能发挥出一些战力。
项玉一直比较重视军中的枪械的改造工作，之前的那个修理枪械的老师傅徐则清这个时候也在军中，项玉在出征之前就将他带上了，之前从葡萄牙人那里得到的燧发枪给了徐则清一部分用来研究，徐则清连同明军中的几位老匠花了一个多月的时间终于将洋人的燧发枪的结构研究透彻，只是明军这边的焊接技术暂时还不能够满足要求，因此无法试制明军自己的燧发枪，到了台湾岛这边之后，项玉在台湾城和赤嵌城中找到了几名荷兰人的维修工将，这些人中有几人是汉人，项玉便将他们要了过来，连同荷兰人的技术师在内一共十二名技术人员，和一些修理锻造的工具器械，明军有了这些装备之后终于可