庭园东侧是明洪武御碑。该碑立于洪武三年（1370年），由明太祖朱元障授意，礼部情郎王玮撰文。朱元障因繁就简，取消南海神庙以往一切封号，重新加封南海神为“南海之神”。
这两块御碑前各栽种的一株古木棉树，据说已有二三百年的历史了。在古代，南海神庙树木葱茏，光是木棉树就有10多株。岭南著名诗人屈大均当年就曾在《广东新语》一书中将南海神庙的木棉树比喻为“十丈珊瑚”。现在的两株当然是后人补种的。由于栽种历史年代久远，它们均被列为广州的古树名木。
大殿
礼亭的背后是南海神庙中规格最高，也是最重要的建筑物。
大殿是南海神庙的第四进。它是仿明代木结构琉璃瓦歇山顶建筑。屋顶用绿色的琉璃瓦覆盖；中间有双凤飞翔、鳌鱼倒悬等纹饰的琉璃瓦脊；上部有两条躯体弯曲作腾飞疾走状的苍龙造型，它正在争夺当中的宝珠。据说，双凤代表美丽，整鱼代表自由，苍龙代表权力，而宝珠代表智慧。
大殿正中安放了连座3.8米高的南海神祝融。他头戴王冠，身着龙袍，手执玉圭，体态丰硕，神情却十分端庄，一派和蔼的王者风度。
大殿左右两旁有六侯塑像。据说这六个人都是为南海神治理海上风云而各自立下大功的，因此在“多神教”的道教寺庙中争得立足之地。他们分别是达奚司空为助利侯、杜公司空为助惠侯、巡海曹将军为济应侯、巡海提点使为顺应侯、王子一郎为辅灵侯、王子二郎为赞宁侯。
大殿东侧还有一面著名的东汉大铜鼓和一个明代的铁钟。铜鼓直径138厘米，高71.4厘米，厚0.4至0.6厘米，是一件极为珍贵的文物，仅次于广西、上海的大铜鼓，在中国现存大铜鼓中排位是第三。它是东汉时期铸造，鼓面正中太阳芒纹，鼓边原镶有6只铜蛙，不知怎的现已失散殆尽。其鼓身有圆形的方孔钱纹和云纹。大铜鼓是古越族人祭祀的重要礼器，代表着权力和地位。这面铜鼓除在神诞庆典中使用之外，据说它还有镇妖、定海的作用。
祝融像的背后有一块照壁，浩荡的海水上有一条龙腾云驾雾，两边有对联：“顺水千舟朝洪圣；伏波万里显真龙。”
昭灵宫
第五进叫昭灵宫，也叫做后殿，是南海神夫人的寝宫。南海神夫人在宋朝时期被封为“明顺夫人”。据说她原来是顺德的一个养蚕女子，后化为神，许配给了南海神。她除了具有与南海神一样的法力外，还有“送嗣”的职能，是妇女、儿童的保护神。
浴日亭
在南海神庙西侧，有一座小山丘，古时叫做章丘。这大约10多米高的山上有一座小亭。唐宋时这里是三面环水，“前临大海，茫然无际”，人立亭中，当然是观赏海景、对大海抒怀的最佳位置。
据有关史书记载，古代这山岗的阶梯共108级，但如今仅余72级岗阶了。这里东连狮子洋，烟波浩渺，夜幕渐退，红霞初现，万顷碧波顿时染上一层金光，一轮红日从海上冉冉升起之际，有一半仍沉在大海之中，吞吞吐吐，此景象壮观极了——这就是历史上宋元羊城八景之一的“扶胥浴日”。难怪当时有众多的文人墨客游完南海神庙，喜欢黄昏泛舟于此，第二天拂晓时分才登上古亭观日出呢！
北宋绍圣初年（1094年），大文豪苏东坡被贬至岭南途中，在广州停留，慕名拜祭南海神。他登上浴日亭，惊叹这大海的壮阔，太阳的辉煌，天地的浩茫，庙宇的古朴，便感怀身世地写下了“南海浴日亭”一诗：“剑气峥嵘夜插天，瑞光明灭到黄湾。坐看旸谷浮金晕，遥想钱塘涌雪山。正觉苍凉苏病骨，更烦沆瀣洗衰颜。忽惊鸟动行人起，飞上千峰紫翠间。”
诗因亭作，亭也因诗威。有好事者将苏东坡所吟之诗刻到石碑上以作留念。碑立亭中，亭也因而叫做浴日亭。后名声渐渐远播，更有许多文人墨客慕名而来观赏“海中浴日（因神庙古时叫波罗庙，故又叫为“波罗浴日”），亦留下不少与苏东坡应和的诗句。其中最著名的是明人陈献章的《浴日亭和苏东坡韵》一诗。诗是这样写的：“残月无光水拍天，渔舟数点到湾前。赤腾空洞昨霄日，翠展苍茫何处山。顾影末须悲鹤发，负暄可以献龙颜。谁能手抱阳和去，散入千岩万壑间。”
后人同样也将陈献章的诗凿刻立碑。现两诗碑并存亭内。
南海神庙像是一位历史老人，亲眼见证西汉以来海上丝绸之路发源于广州的历史，神庙真不愧是广州对外交通和对外贸易繁荣的一个缩影。它集我国的宗教、古建筑、书法、雕刻、诸种文学艺术于一体，具有较高的历史价值与旅游价值。
最近广州市政府已制定了南海神庙开发的总体规划，并即将实施。整个规划占地44万平方米，将恢复“古扶胥一条街”，在“海不扬波”石牌坊前，恢复古码头与海景，并开辟水道通珠江。还将筹建“南海海上丝绸之路博物馆”。建成后，游人可在此遨游极其壮观的海上丝绸之路的风情胜景，发思古之幽情。
古扶胥运河
中国的京杭大运河和连接汀江与珠江的灵渠已早为人知，然而