上游明军在武昌集结，向九江、南昌等地发起进攻。原本九江和南昌城内的清军守军就已经不多了，只有地方绿营和民壮，都不算正规军。琼州军势如破竹，所到之处，各县城的县令不是出来投降的，就是抵抗被杀。
现在的琼州军攻打一座小县城根本就不在话下，架起大炮一轰，城门就破了，城墙垛口被轰得七零八落。城内守军本来就没多少，明军用火枪手和神箭手结阵，在城下压制，随后派遣炮灰蚁附攻城，转眼之间即可拿下。碰上不肯主动开城出来投降的县令，抓住之后都是当即斩杀。
明军攻到了九江城下，九江知府开城投降，明军兵不血刃攻克了九江。
攻打南昌的时候，却遭遇了清军顽强的抵抗。汉八旗出身的江西巡抚董卫国，江西布政使司佟国祯，南昌守将满洲都统根特，绿营总兵赵登举、吴友明，绿营副将许盛、杨以松等人，组织了顽强抵抗。城内有满蒙八旗五百余人，汉八旗一千余人，绿营兵五千余人，另外董卫国还招募了民壮两万余人，企图凭借南昌城坚固的城防顽抗到底。
围攻南昌的明军达到了十二万大军，有琼州军战兵一万，收编的粤军战兵两万，闽军战兵两万，水师两万，辅兵民壮五万。
自从耿精忠归顺了大明之后，他就成为了闽军主帅，曾养性、马九玉、白显忠等一批原闽军将领也都归了耿精忠管辖，加上耿精忠从南京带来的将领徐文耀、王世瑜等部件，闽军这时候也算是一支实力不弱的军队。
由于王新宇有意培养闽军实力，用来压制粤军，所以耿精忠的兵力超过了粤军。粤军自己内部，又有尚之信和尚之孝的内斗。
而以耿仲格为首的一批人，原本是想要王位。可是现在耿精忠来了，耿仲格见到自己要王位已经没有希望了，干脆就带着本部人马脱离了闽军，直接加入琼州军。
攻打南昌，王新宇都没有自己带兵了，只是让部将王[辅]臣和弟弟王子豪带兵，由姚启圣当军师，率领大军抵达南昌城下。而王新宇自己却和本部军师王余佑坐镇武昌城，负责收集粮草，准备军饷，为即将到来的襄阳和安庆等大战做准备。
南昌城下，炮声隆隆，明军开始了攻城战。
城内的守将董卫国和佟国祯拒绝了明军的劝降，在明军给出三个时辰的最后通牒时间到之后，明军就开始攻城战。
琼州军集中了一百多门大炮，对着城头一阵猛烈轰击。之后粤军和闽军争先恐后的向城墙发起进攻。辅兵推着盾车抵达城下，填埋护城河。
不过南昌城的护城河是依托东湖和赣江修建的，护城河引了赣江和东湖水灌入，该护城河宽度达到了十一丈，水深为一丈五尺。尽管比不上襄阳和北京的护城河，不过南昌护城河也算比较宽比较深，而且是活水，填平的难度比较大。
南昌城也算是相当坚固的一座城池，南昌城墙号称章江堤，高一丈五尺，是用石头堆积而成的，使用桐油、石灰和糯米粘合而成，城墙十分坚固，用大炮都很难轰塌。城头的垛口是用柴烧石砖构筑，十二磅以下的野战炮轰上去，垛口都很难炸开。各城门内有瓮城，城门里面设有千斤闸。
城头上，鸟铳、弓箭、虎蹲炮、佛郎机弹如雨下，箭矢如蝗。董卫国和佟国祯还让城内百姓打造了不少七稍炮投石机，在城内抛射出大量的石头，可以越过城墙，砸在城外。
大批辅兵倒在城下，护城河却只填了一点点，好容易投下的沙袋，又被清军打开水闸，放水冲走。明军攻势为之一滞，被阻拦在城下。
姚启圣发现，清军依靠连接东湖的水闸，给护城河提供水，而且随时可以开闸放水。于是姚启圣下令，派遣一万水师，一千骑兵和三千火枪手，去夺取水闸。
明军陆师官兵登上船，渡过东湖，去攻打水闸。
率先发动攻击的是明军水师的大口径舰炮，各种车船、内河炮舰、小型炮舰喷出火光，射出铺天盖地的炮弹。
明军水师舰炮炮弹下冰雹一样落下，把驻守水闸的清军轰得七零八落。接着三千琼州军火枪手跳下船，向水闸方向发起攻击。尚未靠近清军的时候，一百散兵率先自由射击，利用线膛枪射程远的优势，把清军打得不敢冒头。三千火枪手抵近之后，排队齐射，只不过两轮齐射，就把驻守水闸的清军完全打得蒙了头。
随后一千骑兵冲击了一阵，两座东湖水闸就落入明军手中。
南昌西南面和西北面，还有连接赣江两座水闸。琼州军依靠水师和步兵登陆战的办法，连续攻克了两座水闸。
四座水闸全部落入明军手中，南昌护城河的水就变成死水，这样辅兵填埋护城河的进度就加快了许多。在城下明军猛烈的火力掩护下，辅兵抵近护城河边，投下大量沙袋。经过了三天三夜的填埋工作，终于填出了三段护城河。
在填埋护城河的同时，姚启圣还下令，在南昌城外堆土修建炮台。
经过了七天七夜夜的连续作业，南昌永和门和德胜门外，明军修建起两座高两丈，长百丈，宽五丈的炮台。在高过城墙的炮台上面架设加农炮，直接对准城头猛烈炮击。在炮台的反斜面上，布置了六十四磅和三十二磅臼炮，不断发射开花炮弹。
有了两座高过城头的炮台，明军在炮台上面架炮，就能对城内的动静一目了然，砸下去的炮弹又狠又准，打得守城清军死伤惨重