新中国成立以后，占据光孝寺的广东省立艺专被撤消，但很快换成华南人民文学艺术学院（也就是华南文艺学院）。华南文艺学院进驻之后，把僧侣们全部遣散，接着开始平整土地，把寺里的所有台阶填平，一些学生甚至把天王殿的风调雨顺的四大天王泥塑给砸碎，将大雄宝殿中的如来佛祖的金身也砸了，并发现在如来佛腹中，藏了许许多多佛物、佛珠、小佛和木雕罗汉。多亏了当时的广东省文物单位也闻讯赶来，才使得那批珍贵藏品没有被热情的学生们毁灭。经考证，这些小佛和罗汉均为1700年前唐代文物，个个神采奕奕，动作各异，相当可爱，后藏于广东省博物馆内，才得以保存下来。
1953年，华南文工团因扩大建制而一分为二，分成华南歌舞团和广东话剧团。广东话剧团设在东山竹丝岗，而华南歌舞团却没有团址，广东省当局就命令原驻在寺里的华南人民文学院让位给华南歌舞团。从此，华南歌舞团成了光孝寺的代名词，这里就成了歌舞团的团部，歌舞团很多成员后来在此建立了家庭，院内新生的男孩子大家都称作小和尚，是一种纪念，是一种调侃，也是一种乐趣。
经过多次改造后的光孝寺已经面目全非了。山门上面的前楼，变成了民乐队的排练场，大雄宝殿则是管弦乐队的排练场，天王殿则成了合唱队的排练场。东面的洗钵泉旁边，是广东省文化局所在地，在文化局搬往新址后，该处变成广东舞蹈学校。而光孝寺里的其它地方多数变为宿舍、饭堂、幼儿园、图书室、办公室、资料室。就是到了1961年，国务院公布光孝寺为全国重点文物保护单位，这种状态也没有得到很好的改善。
到了*****时期，光孝寺自然而然的成为了破四旧的重点对象，红小兵、红卫兵频频前来，但因为此时的光孝寺大佛、神像早已被打烂，对联、牌匾早已被毁，住持、僧侣早已星散，已没有冲击重点，于是，住在光孝寺里的华南歌舞团的成员便成为攻击的新目标。据记载，外来的红卫兵与院里的红小兵联合起来，打开了院里所有高音喇叭，要求全院的人在半小时后，把他们所有的封、资、修（封建主义、资本主义、修正主义）文艺黑线的资料、乐谱、旧照片，集中到大殿前的广场进行焚烧，这样，许多宝贵的资料被付诸一炬。那场闹剧虽然最后因为彼此都是革命同志而不了了之，可是已经与光孝寺没有任何关系了。
直到1974年，光孝寺才开始进行全面复建和修葺；1979年再由国务院拨款60万元修建大雄宝殿和六祖堂；1986年，国务院批准光孝寺作为宗教活动场所并对外开放。1987年，广东省文物管委会将该寺交还广东省佛教协会，这才有了新一位住持本焕法师和后来的故事。
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