佛郎机骗取了澳门的居住权后，也把天主教带到了澳门。
1562年，葡萄牙人历经数年，在澳门建起了这座教堂，取名“圣保禄”教堂。葡语“圣保禄”发音接近澳门当地方言中的“三巴”，所以也称“大三巴教堂”。
为了保护圣保禄教堂内的教士，同时防范海盗以及尼德兰的入侵，在1616年明神宗年间，修建了圣保禄大炮台。
大炮台位于距离港口约五百米的澳门半岛中部一海拔52米的小山头上，炮台占地约一万平方米，呈不规则四边形，边长均约为100米，四个墙角外突成为棱堡，炮台东北、西南及东南面墙身建基于3.7米宽的花岗石基础上，墙身以夯土砌建，并以蚝壳粉末作灰泥批荡，坚实非常，墙高约9米，往上收窄成2.7米宽。女儿墙高约2米，成雉堞状，可架设多达32门大炮。
炮台内备有水池及军需库，军需库储备充足，足以应付长达二年的包围。这座炮台为当时澳门防御系统的核心，构成一个覆盖东西海岸的宽大炮火防卫网。也一直是澳门的总督府。
在历史上，它曾多次帮助佛郎机打退尼德兰船舰的入侵。
郑家水师二十一艘福船上的将近七十门十三磅火炮齐齐对准着炮台炮轰，实心炮弹将炮台的外墙砸的碎石乱飞。
躲进炮台的马士加路总督此时也恢复过来，大声地命令：“给我打，一定要将那些黄种人赶出去。”
大炮台上的三十二门火炮都是重火炮，有二十二们十六磅的，十门三十二磅的；
郑家水师飘在海面上，海浪让郑家火炮的命中率更加低，再加上火炮的威力差，让郑家水师一时间处于劣势。
双方对轰了将近半个小时，郑家的一艘福船被炮台击中了三发实心弹，船甲被击碎。
战舰在海水的挤压下，撕裂成两半，慢慢沉入了海底。
看到郑家船舰受到重创，郑成功心痛不已。每一艘船都是自己赖以生存的利器啊！
林习山跑过来大声地喊道：“大将军，这样下去不行，我们船舰太吃亏了，先撤退吧！”
郑成功听到狠狠地说道，“先撤退十海里，将港口给围住，同时派兵上岸，将那炮台给困住。一个苍蝇都不能飞出来！”
“尊令！”
郑成功也绕过港口乘沙船登陆上岸，在离炮台三十里的地方设立军营。
郑家军将大炮台团团围住，马士加路总督几次想派人逃出去向东帝汶救援，但都给郑家军抓住。