伏特加死了，不是死于“机构”，而是死于自己人的手中。
在遭遇袭击时，别墅内的所有人立刻作鸟兽散。正在这个绝对隐蔽和安全的别墅内享受晚餐的组织干部们猝不及防。
琴酒事先观察过别墅结构，从敌人的火力上，他知道对方是有备而来。让部下分散撤离，化整为零，琴酒也按自己的路线撤退。
让所有人没想到的是，对方和想象的完全不一样。炮弹和真正意义上的武装直升机表明，他们并不是警察和公安，而是一支训练有素的军队。轰炸刚一结束，这些武装人员冲进别墅，几乎没有给人们留下任何反击的时间和机会。
基尔也没有傻愣着，她确定袭击者不是公安和cia等情报部门，她也没有得到任何与攻击计划有关的东西。虽然怀疑毛利小五郎与此事有关，但也顾不得其他。
他们没有乘坐电梯下去。这种规模的攻击，明显表明对方不是一般势力，他们在海上肯定有部署。基安蒂和科恩决定从断崖附近索降下海。
贝尔摩德凭借高超的易容和隐蔽技术从敌方手中脱身，琴酒也有自己的办法。可是伏特加却没这么幸运，他没有来得及逃跑，和另一个组织干部被敌人围困。此时，意想不到的事情发生了。这个组织干部以伏特加为人质，企图让对方让步。
“机构”的行动目的就是抓获组织干部，一有机会，他们不会轻易开。伏特加也没有反抗，他知道，自己这边拖延一点，就会给大哥他们留出更多的时间。
劫持伏特加的组织干部代号为西拉，他要一辆车，准备劫持伏特加逃离包围。这时，“机构”下令，无论如何，也要抓到一个。
于是，武装人员向最有威胁性的西拉开。然而西拉为了求生，用伏特加替他挡了。
西拉逃跑，而这一切，都被基尔看在眼里。
……
“机构”的行动是成功的，他们虽然没有抓到琴酒等人，但还是逮捕了很多高级别组织成员。从伏特加的尸体上，他们也找出很多想要的答案。
唯一美中不足的是，毛利特工的身份被发现了。
“机构”一直想弄清楚佩特的动机，他们不相信佩特的所谓“复仇”的鬼话。
这一切都和毛利小五郎无关，身为钥匙，他为“机构”打开了一扇大门，他的使命完成了。
小兰没有从柯南那里问出什么，这让她着实有些气恼。一向乖巧听话的柯南竟然在这件事上三缄其口。
而且当天，老爸不仅给她发信息说不在家吃饭，晚上还说因为业务的关系要在朋友家借住一宿。一老一少都不正常，这算什么嘛！
第二天，小兰在学校见到了园子。相比她，园子对昨天的事情好像更为坦然。
“我家大厦被炸之后，我也见到了不少奇怪的人，比如什么公安，好像是在拍电影，”园子说，“估计你家小鬼和纪海宏也遇到了什么事吧，那些人比我见过的任何保镖都专业。”
灰原昨天晚上倒是给小兰打了个电话，让她别把今天这事儿放在心上。她不说还好，一说，小兰更加郁闷了。
什么天大的事情，连小孩子都知道，她这个当姐姐的居然不知道？
“嗨！兰桑！园子！”
“哟，是世良酱呀，昨天晚上休息的可好？”园子打趣道。
世良说：“哼哼~我不仅休息的好，还知道兰桑昨晚肯定和柯南君发生了不愉快的事情。”
小兰目瞪口呆，随后问：“世良酱，你是不是也知道什么？”
“我——知道一部分，但是柯南君知道的更多，他很快就会告诉你的。”
世良灿烂的笑容让小兰提不起追问的念头，这个问题萦绕在她的心尖，一直到放学。
放学后，校门口好像有些骚动。小兰走出校门，看到一辆身姿优美的蓝色超级跑车停止路边。一位打扮奢华的男子立在车前，头上戴着一顶亚麻帽。
这人看到小兰，向她走来。小兰很是奇怪，她下意识认为这个人很眼熟，可是她不能确定对方是谁——直到男子走到她面前。
“爸爸？你——这是！”当看清男子的真面目，小兰大吃一惊。
妃英理出现在毛利小五郎的身后：“兰，我知道你有很多疑问，有什么事情，上车再说吧。”
来到东京最豪华的餐厅，毛利小五郎轻车熟路的安排好一切。在餐桌前，小兰终于知道父亲的另一种身份。
毛利小五郎所在的“机构”是政府特别设立的部门，级别比公安还要高，是“秘密部门中的秘密部门”。十年前，为了应对一起危害国家安全的突发事件，“机构”急需一名可以担当关键角色的新面孔。恰好，正在警视厅任职的毛利小五郎引起了他们的注意。
这还要从犯人在警视厅脱逃，挟持妃英理的事情说起。毛利小五郎的处置手段在整个东京引起轩然大波，但“机构”认为，这种看似极端又合理的处置手段，非常人可以做到。
于是，“机构”联络到他，劝其自动离职，加入“机构”，为国效力。
经过一番考虑，毛利小五郎最终同意。他知道加入“机构”，会获得比警察还要丰厚的待遇和报酬，同时，也会获得比警察危险百倍的威胁。为了家人的安全，他以“妻子不懂事”为借口与其分居。
原本，毛利小五郎想着，在解决这个突发危机之后，就重返警察岗位，与家人团聚。可是没想到，危机解决后，他亲自发