刘秀实在不知道邓禹想要干什么。被自己这么猛批后，邓禹还是铁下心来，放弃长安城，北上攻打上郡。他还是先前那句话：现在不是攻打长安的最佳时机，我们必须等待…
邓禹更是征兵募粮，移驻北地郡大要县。而留冯愔、宗歆二将驻守栒邑县。谁知此二人争权相攻，互相不服。最后竟然冯愔将宗歆杀死，且不肯服罪，还要率兵反攻邓禹。邓禹将此事回报洛阳。刘秀问使者“冯愔平常最亲近的人是谁”使者答“护军黄防”刘秀道“你去回报邓禹，让他不用担心了。朕料定冯愔会被黄防所擒”
随即，刘秀派尚书宗广持节前往劝降黄防。果然不到月余，黄防便将冯愔拿住，交与宗广前来将功折罪。
冯愔造反时，还曾率兵西向，想攻打隗嚣的天水郡。结果在安定郡治高平县被隗嚣大败，辎重尽失。次年，邓禹索性就以刘秀的名义，派使节持节，册封隗嚣为西州大将军，可****凉州、朔方之事。
事实上，邓禹的理论是没错的。他就像那草原上的狼，最锐利的绝招不是进攻，而是看着满坡的牛羊，坚忍着等待下手的机会。果然就在邓禹的等待中，长安城内部就自己先乱了！
首先是投降的王匡、胡殷、成丹等更始诸将不为赤眉军所容，都来投降宗广。宗广带他们一起东归。走到河东郡治安邑县时，他们又想逃走，被宗广发觉，全部斩首。
接着是在腊日那天，赤眉君臣举行盛大宴会，可不知怎的，酒还没喝，大家就先吵了起来。接着大打出手，斯文扫地，鲜血四处迸射。最后负责京城治安的卫尉诸葛穉觉得看不顺眼，带兵入宫，在混乱中诛杀百余名官员，总算将局面压了下来。只是他们的皇帝、15岁的刘盆子经此一吓，开始日夜啼泣，苟延性命。
刘秀派刘延北上攻打河内、上党二郡交界的太行山天井关，与刘玄任命的上党太守田邑连战十余合，刘延不得进。但如今刘玄已死，田邑便遣使请降，被刘秀仍封为上党太守。接着刘秀又派储大伯持节前去招降刘玄任命的河东、并州大将军鲍永。但鲍永不知长安刘玄的具体情况，因此不肯投降刘秀。而将储大伯拘留，同时派人去长安探听虚实。
本年，刘秀派使者去接前妻阴丽华、大姐湖阳公主刘黄、三妹宁平公主刘伯姬来到洛阳。此时宁平公主刘伯姬已嫁给李通为妻，李通、李轶这对堂兄弟又是最先鼓动刘縯、刘秀兄弟起兵之人，刘秀于是封李通为卫尉、固始侯。
王谭之子王闳当年为堂兄王莽所忌，出为东郡太守。后来刘玄取代王莽，王闳投降后被封为琅邪太守，可琅琊郡却是梁王刘永所封的辅汉大将军张步的地盘。两人自然互不相让。王闳在得到赣榆等六县之地后便开始起兵攻打张步，屡战不胜。张步则以北海郡的剧县为基地，打下了泰山、城阳、东莱、胶东、北海、济南、齐7郡之地。王闳力有不敌，只得单骑去见张步。张步陈兵相见，怒目视闳“步有何罪？为君所不容？而致见攻”王闳按剑正色道“我是大汉太守，奉命守土。你却拥兵相拒，不服朝命。我之职讨贼，无论有罪无罪”此话说的张步心折，遂离席跪谢，与之宴饮，招待为上宾，并让王闳掌郡如故。
26年1月1日，日食。赤眉君臣开完腊日大会又开新年大会。刘盆子的大哥刘恭已密教刘盆子在此大会上让位保命。大会开始，刘恭先行发言“大家推举我的弟弟做了皇帝，厚意可感。但我弟弟做了这半年的皇帝，扰乱日甚，恐将来徒死无益。故今天情愿退位让贤，请诸君明察”樊崇等人则异口同声回答道“天下之乱是我等的罪过，与陛下无涉”刘恭仍坚持让位，突然有人厉声道“这不是式侯你一个人可以做主的，请勿复言”刘恭惶恐退出。但刘恭虽退，刘盆子却也直接解下玺绶，下座向众人叩头道“虽蒙大家推为天子，但大家依然为贼如故，导致四方怨恨，这都是我刘盆子的无能。愿乞骸骨，避贤路。若大家必欲杀死刘盆子以谢天下，我也不敢逃避。但求诸君哀怜，饶我一死，则感恩无穷”边说边涕泣嘘唏。樊崇等与会者数百人，见其情词悱恻，不禁哀怜，皆避席顿首道“臣等无状，辜负陛下。从今以后，不敢再放纵。请陛下毋忧”说完后，大家抱起刘盆子，仍将玺绶给他佩上。虽刘盆子号哭不已，但终由樊崇等人竭力劝说，护送入内。
之后几天，赤眉军各营皆闭门自守，不复出掠。三辅百姓齐声称颂天子英明。避乱的百姓纷纷回归家园，市无虚舍。谁知赤眉将士们贼心未改，眼看着百姓们携筐提箧，载货同归，就想着索性再大肆劫掠最后一次，将东西全部抢光然后再收手。于是百姓们这段太平安乐的时间不过短短的20余天…
刁子都被部下所杀，其余党在山阳郡瑕丘县的檀乡复起。之后又向西北渡过黄河，与广平郡曲梁县的五校乱兵集团合兵，大寇魏、清河2郡。刘秀派吴汉率王梁、朱祜、杜茂、贾复、坚镡、王霸、刘隆、马武、阴识9人前去平定檀乡乱兵。结果在魏郡郡治邺县的漳水边，吴汉大破檀乡兵，降者十余万众。接着刘秀再命王梁、杜茂率兵安辑魏、清河、东3郡