11月，冯绲率军来到长沙郡。当地起义军望风请降。冯绲马不停蹄便杀进武陵郡，斩首四千余、受降十余万人。荆州平定。消息传回，刘志大喜，下诏赐钱一亿。冯绲固辞不受，让功于应奉，推荐其为司隶校尉。自己则上书乞休，但刘志不许。其实冯绲乞休的原因是他已得罪了监军张敞。因索贿不得，宦官们已恨上了冯绲。
11月，京兆虎牙都尉宗谦因贪赃罪下狱论死。
11月，滇那羌攻打武威、张掖、酒泉三郡。
11月，太尉刘矩罢官，太常杨秉升任太尉。三年前，杨秉刚被判去左校劳改不久，就出现大旱，遇大赦杨秉就自由了。接着天上又出现日食，有人就趁机上书，劝刘志不要打压杨秉太久，应立即让他出来工作。
很快，刘志就同意杨秉复出。有关部门派了公车来，接杨秉回去上班。但杨秉没上车，而是躺在床上装病，告诉来人“不好意思哪，我连床都起不了，哪还能做官”
这个官场老油条还真能装！有关部门被气得半天说不出话，拂袖而去。敬酒不吃你要吃罚酒？那好！这帮人回去后，立即上奏弹劾杨秉，说他大不敬，应该治罪…
但奏书被尚书署驳回去了。他们认为：杨秉装病不至，其实是谦虚退让之礼。不如再征召他一次。如再不来，再问罪也不迟。有关部门只好再去征召。
这次杨秉学精了。动作敏捷跳下床，整理衣服，精神抖擞地出门去了。干的是老本行——太常。现在又升为三公之首的太尉。君子报仇，三年不晚，我杨秉又回来了！
皇甫规平定羌乱有功，却因弹劾了一帮小人，又没给朝中得势的宦官们送礼馈赠，这些人便在皇帝面前日夜进谗。诬告皇甫规贿赂群羌，令他们假降以建功。汉桓帝刘志也不辨真假，便下玺书去责问皇甫规。
皇甫规忧愤交并，上书自讼。刘志看过后，便将皇甫规召回朝廷，封为议郎。这次，五侯中的徐璜、左悺二人又来见皇甫规，敲诈财货。皇甫规不理二人，二人便再将前案翻出，将皇甫规下狱。亲友同僚们都看不下去了，自发筹钱，想为皇甫规去疏通关系，但皇甫规誓死不从。最后廷尉以‘剿寇不尽’的罪名将皇甫规罚去左校做苦工。这下更激起了民愤！300余名太学生在张凤的率领下，诣阙为皇甫规讼冤。终于使得朝廷赦免此人，将其罢免归家。
延熹6年（163）2月11日，司徒种暠去世。3月22日，卫尉许栩升任司徒。大赦天下。
5月，鲜卑寇辽东属国。
7月，陇西太守孙羌击败滇那羌兵。
7月，桂阳郡起义军在李研的率领下复起。趁此机会，武陵郡蛮夷也复反。却被武陵太守陈奉悉数讨平。8月，冯绲因‘武陵蛮复起’的罪名被罢官。当然，真正原因还是冯绲得罪了宦官们。
10月13日，汉桓帝刘志往广成苑校猎。并游玩函谷关、上林苑。光禄勋陈蕃上疏劝谏，刘志不听。
11月，南海郡爆发起义。
11月，司空刘宠罢官。12月，卫尉周景升任司空。联合太尉杨秉一起上书“如今汉朝内外，出现了很多人不胜任官职的现象。汉朝有法律，宦官子弟是不允许当官的，更不许位居高位。可现在到处都是这些人出没的鬼影。所以我们建议：各部门清查下属，凡不合格的官员，都呈报三府，把他们一律清除出政府”
报告打上去后，汉桓帝刘志这次终于吃对了药，批准了周、杨二人清除宦官子弟的计划。
有皇帝支持，一场声势浩大的整肃运动很快展开。青州刺史羊亮等50余人被清除出汉朝官场。有的被拉出去砍了，有的收铺盖滚蛋了。
同时，刘志又下诏：征皇甫规入朝，封度辽将军。封段颎为护羌校尉。而‘凉州三明’的另一位张奂曾因‘梁冀故吏’的罪名被罢官禁锢。在皇甫规连续七次的荐举下，终于被任命为武威太守。这次，皇甫规度辽将军到任数月，又上书推荐张奂。最终，张奂被任命为度辽将军、皇甫规被任命为使匈奴中郎将。