众人被孙伟说的热血沸腾皆曰：“愿与公平天下！”孙伟道：“我与诸公努力光复全中国。”
解除了众人的心结之后孙伟开始整编部队。
孙伟自任湖北革命军总司令，熊秉坤为副总司令。
孙伟从革命军中选取健壮者设一警卫营由王虎刘飞任正副管带。下设四个大队，每个大队设五个中队，每个中队设五个小队。大队设正副大队长各一名，中队设正副中队长各一名，小队设正副小队长各一名。孙伟设定每个小队十人，全营总计一千零二十人。警卫营军官均是从跟随孙伟冲锋的敢死队中选拔，即使从别处选拔的小队长也没有共进会的背景。
原步兵十五协因为起义一开始就被堵在了军营，只走了军官和部分士兵留下的将近两千千人。孙伟从中选一千二百人设其番号为湖北革命军第二标，由蔡济民、马明熙任正副标统下辖两营为湖北革命军第三营和第四营，由胡效骞和徐达明为第三营正副管带，由吴醒汉和方维为第四营正副管带。命令蔡济民和马明熙立即整顿部队，休息用餐之后伙同警卫营由孙伟带队进攻汉阳，尽快拿下汉阳兵工厂。
孙伟设湖北革命军第一标，由熊秉坤和周定原任正副标统。下设两营为湖北革命军第一营和第二营，由徐少斌和金兆龙任第一营正副管带，由徐少斌和罗炳顺任第二营正副管带。湖北革命军第一标也是一千二百人，由原工程第八营和原第十五协余部组成。
又设炮兵一营为湖北革命军炮兵第一营，由徐万年和蔡汉卿为正副管带，原炮兵第八营和黎元洪的起义的炮兵队的官兵只余四百余人，孙伟不得不从测绘学堂和有文化的士兵中挑选才达到满员五百七十六人，毕竟炮兵是一个技术性的兵种。
孙伟设辎重队一队为湖北革命军辎重第一营，由于辎重队大部由张彪带走所以辎重队的人员多为黎元洪的第二十一混成协辎重队，由率第二十一混成旅响应的****升和章斌做正副管带。该营下设两队有三百人。
孙伟设一工程营为湖北革命军工程第一营，由程正瀛和管心源为正副管带。该营下设两队有三百人。
整编完后还余二百四十一人被孙伟设为宪兵营，宪兵营管带是起义的唯一一个队官叫张守义，副官带原先是一个排长叫寒冬，这两个人都不是革命党只是革命党的同情者，不过他们都是素来有宽厚之名。这个宪兵营其实并不是真正意义的宪兵，只是一个番号的名称罢了。
在孙伟努力整编部队准备光复整个武汉三镇的时候，汤化龙家里也是人声鼎沸。在起义刚开始的时候，汤化龙大门紧闭躲在家里处观望态度。当汤化龙得知革命军攻占总督署瑞澂和张彪都败逃后，明白该自己出场投机了。他知道革命党在政治上没有一个可用之人，凭自己的威望如果此时投靠革命那么民政部部长肯定非自己莫属。于是他天亮之后便一面召集湖北谘议局同僚于自己家中商讨怎么能够使自己的利益最大化，争取能够获取革命的胜利果实。另一方面派人去楚望台军械所，邀请革命党代表商讨组建军政府。
湖北新军的军事素养普遍很高，盖因当年张之洞创建湖北新军时所选士兵皆是良善之人且身强体壮，没有旧军积习约束性良好而且训练精良。重新整编的士兵虽然战斗力有所下降，但孙伟相信通过战阵的洗礼与袍泽之间的磨合战斗力会很快提升上来的。
在整编士兵快结束时，孙伟看到军官领着十几个士兵压着一个人向楚望台军械所走来，看来人不情愿的样子看来是被逼迫而至。那军官孙伟认识叫程定国，是跟着熊秉坤最先起义的四十多人中的一人，原来是个副目现在被周定原推荐为队正。孙伟见被押之人衣着光鲜应是富家之人，猜想应该是黎元洪无疑。
孙伟赶快迎了过去，对程定国道：“程队正，你这是干什么，怎么干那打家劫舍之事。”周定国楞道：“队正？”这时孙伟旁边的王虎忙道：“总指挥已经提拔你为队正。”程定国惊喜道：“谢徐总指挥！”孙伟心道：“看来还是有喜欢当官的。”对程定国道：“你这是什么回事？”没等程定国回答，黎元洪急忙道：“我是第二十一混成协协统黎元洪，被徐总指挥的部下用枪劫持至此，请徐总指挥就我。”
孙伟虽知道原因仍装作很气愤的对程定国道：“我听说黎元洪协统没有率兵反抗为什么还要抓他！”程定国忙道：“我们是欲请黎协统出来主持大计，并非迫害。”黎元洪